Dựa trên các mức độ tác động của việc phát triển kinh tế - xã hội đến hệ sinh thái rạn san hô khu vực đảo Bạch Long Vỹ và tham khảo ma trận tính toán các tác động của các hoạt động nhân sinh đến môi trường, sinh thái và tài nguyên khu vực đảo Bạch Long Vỹ [18]. Điểm trọng số cho các tác động tiêu cực đến hệ sinh thái rạn san hô của các hoạt động là bằng chứng của dòng kinh tế - xã hội bao gồm: xây dựng cảng, đánh bắt, giao thông thủy, cơ quan quản lý và người dân tham gia thực thi pháp luật đối với hành động đánh bắt trái phép, dân di cư ra đảo, chế biến thủy sản, khai thác vật liệu xây dựng, du lịch, nuôi trồng biển.
Xây dựng cảng: và khu neo đậu tàu thuyền: theo báo cáo tình hình kinh tế-
xã hội của Ủy ban nhân dân huyện Bạch Long Vỹ trong những năm gần đây, số lượt tàu trung bình vào âu cảng và khu vực ven bờ đạt 13 746, đã gây ô nhiễm nặng cho khu vực. Đồng thời do chưa quản lý tốt và chưa có cơ chế đủ mạnh, tàu thường xuyên xả rác và nước thải trực tiếp đến lòng âu. Ven bờ đảo thường xuyên xuất hiện váng dầu, ảnh hưởng đến các hệ sinh thái ven bờ, trong đó có san hô.
Đánh bắt thủy sản: Bạch Long Vỹ là một trong số những ngư trường lớn của
vịnh Bắc Bộ. Đánh bắt bằng thuốc nổ là phương pháp có tính hủy diệt, vụ nổ còn giết cả san hô trong khu vực, tiêu diệt chính cấu trúc của rạn, phá hủy nơi cư trú cho cá và các động vật quan trọng khác có tầm quan trọng đối với việc bảo tồn một HST san hô mạnh khỏe. Ngoài ra, còn có hiện tượng tàu thu mua, bảo kê tàu lặn của địa phương khác đến khai thác san hô đen tại khu vực.
Giao thông thủy: thường xuyên có hàng trăm tàu đánh cá cùng nổ máy quanh
đảo, hàng chục máy phát điện va rađa hoạt động làm tăng lượng CO2vào không khí. Lượng khí CO2 trong không khí tăng làm tăng lượng CO2 hòa tan trong nước biển. Điôxít cacbon tan trong các đại dương phản ứng với nước và tạo thành axít cacbonic, gây ra sự axít hóa đại dương. Nghiên cứu đã cho thấy rằng quá trình tạo canxi của san hô bị giảm hoặc sự hòa tan canxi bị tăng lên khi san hô phải chịu lượng CO2 tăng.
Năng lực quản lý và ý thức của người dân tham gia khai thác tài nguyên
vùng bờ còn yếu kém, cụ thể là dùng thuốc nổ khai thác thủy sản chưa được ngăn
chặn triệt để. Nếu không có biện pháp quản lý tốt, và truyền thông môi trường cho ngư dân đánh bắt thì sẽ dẫn đến phá hủy các rạn san hô ven đảo.
Đưa dân di cư ra đảo: theo quyết định số 379/TTg của Thủ tướng Chính Phủ
phê duyệt luận chứng khoa học kỹ thuật xây dựng huyện đảo, quy định dân số tối đa không quá 500 người nhưng trên đảo thường xuyên có từ 1000 – 3000 người với hàng trăm tàu cá hoạt động quanh đảo. Dân ra đảo hầu hết là các hộ nghèo trong đất liền, dân trí thấp, ý thức bảo vệ môi trường kém, xả rác bừa bãi, đồng thời sẽ dẫn đến tăng cường phát triển đánh bắt và nuôi trồng thủy sản, khai thác tài nguyên vùng bờ.
Chế biến thủy sản: xưởng sản xuất bột cá công suất 80 tấn/ ngày đã gây bức
xúc lớn trên địa bàn do mùi hôi thối, rác bẩn và nước thải.
Khai thác vật liệu xây dựng: việc khai thác cát, đá xây dựng làm ảnh hưởng
đến môi trường nước, gia tăng độ đục trong môi trường nước.
Du lịch: tuy hoạt động du lịch chưa phát triển như một số đảo khác nhưng
đây là nơi giao lưu hầu hết các tàu đánh cá, vận tải, quân sự .. hoạt động trong vịnh Bắc Bộ. Việc du lịch kết hợp ra đảo công tác ngày càng nhiều, đồng thời việc tăng các chuyến tàu trong những năm gần đây gắn kết việc đi lại giữa đảo và đất liền.
Nuôi trồng biển: chủ yếu là nuôi bào ngư bằng hình thức nuôi lồng gần khu
vực cầu cảng đã được phát triển, bào ngư là loại đặc hải sản quý, có giá trị kinh tế và xuất khẩu cao, vì vậy nuôi trồng và khai thác bào ngư khu vực này diễn ra mạnh mẽ.