Các thông số cho dòng bằng chứng hóa học làm đầu vào để tính toán cho điểm trọng số bao gồm hàm lượng trung bình của các thông số môi trường nước theo từng mặt cắt xung quanh đảo Bạch Long Vỹ trong năm. Các bằng chứng tác động của yếu tố môi trường nước gây ảnh hưởng đến san hô bao gồm:
Xyanua: Kết quả thí nghiệm độc tố cấp tính đối với san hô trong 96 giờ của
xyanua đã khẳng định mức độ độc tố nghiêm trọng gây tác động và gây chết cho san hô. Cụ thể là đối với loài san hô Acropora pulchra, nồng độ CN- gây tác động 50% ( EC 50) khoảng 1- 1,8 mg/l và nồng độ CN- gây chết đối với san hô (LC 50)
khoảng 1,8 -3,2 mg/l [1]. Tại vùng biển quanh đảo Bạch Long Vỹ, việc khai thác quá mức nguồn lợi hải sản bằng các hình thức đánh bắt hủy diệt như thuốc nổ, chất độc, đặc biệt đánh bắt cá bằng chất độc xyanua là một trong những mối đe dọa nghiêm trọng đến môi trường và tác động đến sức khỏe của hệ sinh thái san hô.
Các chất dinh dưỡng: Chất dinh dưỡng như phốt pho và nitơ có thể gây ra
vấn đề cho hệ sinh thái rạn san hô. Nitơ và hoặc phốt pho trong các hệ sinh thái thủy sinh có thể dẫn đến tốc độ tăng trưởng cao hơn của một số loài tảo. Tảo có thể cạnh tranh và có khả năng hạn chế lượng ánh sáng sẵn có đối với san hô. Điều này đe dọa sức khỏe của san hô.
Nhiệt độ: Trong tự nhiên, ngưỡng nhiệt độ phù hợp cho san hô phát triển
nằm trong khoảng 20-30 oC. Khi nhiệt độ tăng cao, cơ thể san hô có một số thay đổi nội tiết tố và bài tiết các chất nhầy, tảo cộng sinh ra ngoài làm cho cơ thể chúng bị mất màu (màu trắng) và mất cân bằng dinh dưỡng và trao đổi chất, khi tảo cộng sinh bị đẩy ra ngoài chu trình trao đổi chất khép kín trong cơ thể của chúng bị phá vỡ và không còn chất lượng dinh dưỡng cần thiết cung cấp cho cơ thể san hô sẽ bị chết, nhiệt độ cao có thể gây ra hiện tượng tẩy trắng san hô. Thí nghiệm đã chỉ ra khi nhiệt độ môi trường nước tăng trên 32oC có ảnh hưởng đến san hô, đặc biệt là các loài như: Acropora, Goniopora [14].
Độ muối: độ muối giảm ảnh hưởng đến san hô, khi độ muối từ 12- 18% có
thể coi là ngưỡng gây tác động đối với Fungia và 11- 12 %o là ngưỡng gây tác động đến hầu hết các loài san hô. Độ muối 10%o là ngưỡng gây chết đối với tất cả các loài san hô [14].
Tổng chất rắn lơ lửng : Khi độ đục tăng, lượng ánh sáng cung cấp cho cho
tảo quang hợp giảm làm cho vùng san hô dưới chân rạn có thể bị chết. Hàm lượng TSS cao góp phần làm tăng độ đục, giảm sự xuyên thấu của ánh sáng, gây một số bệnh nguy hại, đặc biệt là bệnh tẩy trắng san hô. Theo Bộ Tài nguyên môi trường Jamaica thì GHCP của TSS đối với các khu vực có rạn san hô là 10mg/l .
pH: San hô rất nhạy cảm với sự thay đổi của pH. Độ pH thấp làm san hô bị giảm khả năng tạo xương cacbonat canxi, và trong trường hợp tột cùng, những bộ xương này còn bị phân rã hoàn toàn.
Dầu: Nồng độ dầu trong nước cao sẽ làm san hô thay đổi về cấu trúc, số lượng loài và độ phủ của san hô, hạn chế khả năng sinh sản và phát triển của san hô.
Tai biến thiên nhiên: như bão gió, hàng năm Bạch Long Vỹ hứng chịu 1-2
cơn bão đi qua, bão lớn tạo sóng lớn tàn phá rạn ở vùng nước nông bằng cách bẻ gẫy hoặc làm cho các tập đoàn bật khỏi giá thể và theo sóng trà cọ vào nền đáy cùng các tập đoàn san hô khác, vì vậy sau mỗi trận bão, rạn ở vùng nước nông bị tổn thương nặng nề, chính vì vậy mà mặt bờ hướng sóng ở Bạch Long Vỹ ít san hô phân bố hơn.