San hô là nhóm sinh vật rất nhạy cảm, vì thế chúng rất dễ bị tác động bởi sự thay đổi của các yếu tố môi trường tự nhiên và tác động của con người như neo đậu
tàu thuyền, rác thải, xây dựng cầu cảng, đánh bắt hải sản. Gần đây, do việc khai thác quá mức nguồn lợi hải sản ở khu vực Bạch Long Vỹ bằng các hình thức khai thác hủy diệt như: chất độc, thuốc nổ, lưới điện đã và đang làm cạn kiệt nguồn lợi và gây ô nhiễm môi trường, đánh lưu ý là đánh bắt cá bằng chất độc xyanua là một trong mối đe dọa nghiêm trọng đến môi trường và tác động đến sự sống của nhiều loại hải sản cũng như hệ sinh thái rạn san hô. Số tàu thuyền khai thác thường xuyên trong rạn san hô khu vực đảo Bạch Long Vỹ là 32 chiếc [10]. Bằng chứng cho tác động từ khai thác hải sản là những mảnh lưới còn sót lại trên các tập đoàn san hô, hay những tập đoàn san hô bị chết còn nguyên cấu trúc do đánh cá bằng thuốc độc. Theo thống kê của năm 1997-1999 ngoài các tàu đánh bắt nước ngoài, hàng năm có khoảng 100-200 tàu lặn của Việt Nam từ các tỉnh ra đảo Bạch Long Vỹ đánh bắt cá bằng chất độc xyanua, đây thực sự là nghề khai thác hủy diệt nguồn lợi và làm suy thoái môi trường, đồng thời là nghề ảnh hưởng đến tính mạng con người, trong vài năm gần đây việc đánh bắt bằng chất độc xyanua đã giảm xong vẫn còn làm ảnh hưởng đến sức khỏe hệ sinh thái rạn san hô [1].
Theo Nguyễn Hữu Cử, 2007 các yếu tố tiêu cực ảnh hưởng đến tiềm năng bảo tồn hệ sinh thái rạn san hô khu vực đảo Bạch Long Vỹ được đánh giá theo thang điểm sau:
Mức độ tiêu cực do thiên nhiên gây ra cho bảo tồn: 2/10 điểm.
Đánh bắt thủy sản bằng phương thức có tính hủy diệt nguồn lợi: 6/10 điểm.
Tác động của lắng đọng bùn cát: 2/10.
Ô nhiễm môi trường: 5/10 điểm.
Khai thác san hô: 2/10 điểm.
Tổng số điểm các yếu tố tiêu cực đạt tương đối cao 17/50 dẫn đến suy giảm nguồn lợi hải sản, tổn thương các HST trong đó có HST rạn san hô. Bạch Long Vỹ được xếp vào tiêu chí khu bảo tồn tài nguyên biển [3].