Lập kế hoạch kiểm toán chi tiết và xây dựng chương trình kiểm toán là bước cuối cùng trong giai đoạn Lập kế hoạch kiểm toán. Tại đây, KTV sẽ thiết kế và lên kế hoạch cụ thể các thủ tục kiểm toán sẽ được thực hiện cho từng phần hành nhằm đáp ứng các mục tiêu kiểm toán. Với mỗi phần hành kiểm toán sẽ có một chương trình kiểm toán riêng. Chi tiết của chương trình kiểm toán được trình bày trên các tập tin MAP (Model Audit Programs) lưu trong phần mềm AS/2 và được đánh tham chiếu dưới dạng xx30.
Một chương trình kiểm toán chuẩn cho chu trình mua hàng và thanh toán sẽ gồm các thủ tục kiểm toán được thiết kế cho nghiệp vụ mua hàng (kiểm tra chi tiết nghiệp vụ và kiểm tra chia cắt niên độ), cho khoản phải trả nhà cung cấp.
Trong chương trình kiểm toán, ngoài các thủ tục kiểm toán thì còn có thông tin về KTV thực hiện, thời gian thực hiện và tham chiếu đến những GTLV liên quan. Đây là cơ
sở để trưởng nhóm kiểm toán kiểm soát chất lượng và tiến độ công việc của các KTV trong nhóm kiểm toán.
Tại khách hàng A
Với chu trình mua hàng và thanh toán, KTV xây dựng chương trình kiểm toán cho nghiệp vụ mua hàng và cho khoản phải trả nhà cung cấp. Tuy nhiên, qua tìm hiểu KTV nhận thấy nghiệp vụ mua hàng trong năm không đóng vai trò trọng yếu ảnh hưởng tới thông tin tài chính của doanh nghiệp. Nghiệp vụ mua hàng của A trong năm chủ yếu bao gồm các nghiệp vụ mua nguyên vật liệu phục vụ cho các công trình xây dựng, giá trị của hàng mua hầu hết được kết chuyển sang giá trị của giá vốn hàng bán và chi phí sản xuất kinh doanh dở dang. Vì đặc thù này của A nên KTV sẽ không lấy mẫu và kiểm tra chi tiết nghiệp vụ mua hàng trong kỳ mà thay vào đó tập trung vào kiểm tra số dư của giá vốn hàng bán và chi phí sản xuất kinh doanh theo từng công trình. Tuy nhiên, để đảm bảo tính thận trọng, KTV vẫn sẽ thực hiện kiểm tra chia cắt niên độ kế toán của nghiệp vụ mua hàng.
Tại khách hàng B
KTV thiết kế chương trình kiểm toán cho nghiệp vụ mua hàng tại B bao gồm đầy đủ hai thủ tục là kiểm tra chi tiết mua hàng và kiểm tra chia cắt niên độ. Về cơ bản, thủ tục kiểm tra nghiệp vụ mua hàng ở đây hoàn toàn tương tự với thủ tục áp dụng tại A. Tuy nhiên, do đặc trưng hàng hóa mua về của B có tỷ trọng lớn hàng nhập khẩu, được ký kết trên cơ sở đồng ngoại tệ (đồng USD Mỹ và đồng JPY Nhật) nên KTV sẽ làm thêm khâu tính toán lại việc quy đổi ra giá trị VNĐ mà kế toán khách hàng đã thực hiện.
Đối với khoản phải trả nhà cung cấp tại B, KTV đã thiết kế một chương trình kiểm toán đặc thù phù hợp với đặc điểm riêng của khách thể. Chương trình kiểm toán của B có một số khác biệt so với chương trình tương ứng dành cho B. Do giá trị khoản phải trả nhà cung cấp rất lớn và chiếm tỷ trọng lớn trong tổng nguồn vốn, đồng thời bản chất là các khoản công nợ với công ty nước ngoài nên KTV đặc biệt chú trọng khi thiết kế các thủ tục kiểm toán. Vì thế có thể thấy rằng thủ tục kiểm toán ở đây được miêu tả tương đối chi tiết hơn cũng như có sự xuất hiện của thủ tục đánh giá tính hợp lý trong quy đổi ngoại tệ.