Quan hệ ASEAN – Nhật Bản đã có từ lâu đời. Từ thời kỳ Mậu dịch Châu ấn thuyền (cuối thế kỷ XVI đầu thế kỷ XVII, Nhật Bản và Đông Nam Á đã có những giao thương gắn với hằng hải) (36, tr. 16). Ở Nhật, hình thành các thành phố thương mại lớn như Edo, Kyoto, Sakai, Osaka, Hirado… với tầng lớp với thương
nhân giàu có tham gia các hoạt động thương mại quốc tế. Các thuyền buôn của Nhật Bản thường sang các nước Đông Nam Á như Thái Lan, Phi-líp-pin, Căm-pu- chia, Việt Nam mua các sản phâm như tơ lụa, gốm sứ…. Mối quan hệ truyền thống này cũng tạo tiền đề cho mối quan hệ sau này giữa ASEAN và Nhật Bản và đặc biệt trong những thập kỷ gần đây, tiến trình quan hệ hai phía ngày càng thắt chặt. Bên cạnh đó, sự gần gũi về địa lý, lịch sử, văn hoá và quan niệm về giá trị giữa hai bên cũng góp phần tăng cường quan hệ giữa hai bên.
ASEAN và Nhật Bản là những nước thuộc khu vực Đông Á, có lịch sử, văn hoá gần gũi. Cả hai bên cũng đã có mối quan hệ lâu đời. Trong quá trình hợp tác, cả hai bên đều thúc đẩy phát triển, nhằm tạo ra sự hiểu biết giữa các nước ASEAN và Nhật Bản. Những hoạt động văn hoá, như trao đổi giáo dục, phong trào học tiếng Nhật, giao lưu thanh niên, hội hữu nghị Nhật Bản với các nước ASEAN đã tạo sự hiểu biết lẫn nhau.
Hai bên đều có ý chí hợp tác cùng nhau đặc biệt là sự bổ xung cho nhau về kinh tế. Như đã trình bày trong các phần trên, có rất nhiều nhu cầu hợp tác giữa ASEAN – Nhật Bản và điều này mang lại lợi ích cho hai phía trong đó có lợi ích về hợp tác kinh tế để cùng phát triển. Cả ASEAN và Nhật Bản đều được hưởng lợi từ mối quan hệ kinh tế này. Nhất là khi ASEAN đang ngày càng thể hiện là một tổ chức khu vực năng động, hợp tác và có những bước phát triển đột phá trong thời gian gần đây. ASEAN cũng là khu vực được sự quan tâm của nhiều nước lớn trên thế giới. Vì vậy, quan hệ giữa ASEAN và Nhật Bản sẽ có động lực phát triển trong thời gian tới từ những mối lợi từ kinh tế cũng như chính trị mà mối quan hệ này đem lại. Thêm vào đó là lợi ích chung của hai phía trong việc thúc đẩy các tiến trình hợp tác ở Đông Á và Châu Á -Thái Bình Dương.
Trước hết, ASEAN và Nhật Bản có ý chí hợp tác cao có thể coi đó là nhân tố chủ quan ảnh hưởng đến tương lai của hai bên. Hợp tác ASEAN – Nhật Bản đã đóng góp thiết thực vào sự phát triển của mỗi nứơc cũng như vào việc duy trì hoà
bình và ổn định trong khu vực. Do vậy, các nhà lãnh đạo ASEAN – Nhật Bản đã nhiều lần khẳng định quyết tâm thúc đẩy hợp tác giữa hai bên.
Thêm vào đó, chính sách của ngoại giao của cả ASEAN và Nhật Bản đối với nhau đã trải qua quá trình hình thành phát triển từ ngoại giao kinh tế đến ngoại giao toàn diện về cả kinh tế, chính trị và an ninh. Bước sang thế kỷ mới, chính sách đối ngoại với ASEAN của Nhật Bản cũng đã có những bước tiến triển mang tính đột phá nhất định. Mối quan hệ song phương này càng mật thiết, từng bước tiến tới giai đoạn vững chắc. Tuy nhiên, do sự ràng buộc của một số nhân tố mang tính kết cấu như chính trị bên trong và bên ngoài, kinh tế an ninh và nhận thức lịch sử nên ở một mức nào đó mối quan hệ này có những tính bị động và mềm yếu nhất định.