Từ năm 1997 đến năm 2006, mối quan hệ giữa ASEAN và Nhật Bản đã đạt được những thành tựu đáng kể. Tuy nhiên, bên cạnh đó vẫn còn những hạn chế trong cặp quan hệ này như sau:
Cả hai phía tuy đã có những nỗ lực hợp tác nhưng thực tế vẫn chưa khai thác hết tiềm năng hợp tác của nhau, đặc biệt là trong lĩnh vực hợp tác về kinh tế. Trong lĩnh vực hợp tác kinh tế, Nhật Bản vẫn còn đóng cửa thị trường xuất nhập khẩu nông sản đối với các nước ASEAN. Việc Nhật Bản ban đầu chỉ ký FTA với từng nước ASEAN chứ không ký với cả Hiệp hội cũng làm giảm đi sự hợp tác và tin tưởng giữa hai bên. Chỉ đến khi Trung Quốc ký ACFTA với ASEAN, Nhật Bản mới cạnh tranh và tổ chức các cuộc đàm phán ký FTA với cả Hiệp hội. Hơn nữa, việc chuyển giao công nghệ Nhật Bản sang các nước ASEAN cũng tồn tại nhiều vấn đề chưa hợp lý. Về mặt lôgic, các nước phát triển chuyển giao công nghệ cho các nước đang phát triển, họ không thể chuyển giao công nghệ tiên tiến nhất và hiện đại nhất cho các nước đang phát triển. Trên thực tế, họ chỉ chuyển giao công nghệ loại 2, loại 3 thậm chí cả công nghệ gây ô nhiễm môi trường nếu như vấn đề thẩm định, tiếp nhận của các nước đang phát triển còn hạn chế. Vì vậy, việc Nhật Bản chuyển giao những công nghệ cũ sang các nước ASEAN cũng phần nào làm hạn chế sự hợp tác về kinh tế giữa hai bên.
Nguyên nhân dẫn đến hạn chế này cũng có thể nói xuất phát từ Chủ nghĩa dân tộc về kinh tế của Nhật Bản. Đất nước Nhật bản tự hào với nền kinh tế lớn thứ hai trên thế giới và vì vậy, họ nắm rõ những thuận lợi và khó khăn đối với bản thân
để từ đó có những chính sách bảo hộ đối với nền kinh tế mình mà ASEAN cũng là một trong những đối tác phải chịu ảnh hướng.
Từ phía ASEAN, sự nghi kỵ của các nước thuộc khu vực này đối với Nhật Bản vẫn còn tồn tại. Cho đến nay, sau bao nhiên năm kể từ khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, người dân những nước ASEAN vẫn còn đọng lại những ấn tượng không tốt về đất nước Nhật Bản đã chiếm đóng và cai trị họ. Đối với nhiều người ở các nước láng giềng của Nhật Bản tại Châu Á, đền Ya-su-ku-ni, nơi có những can phạm tội ác chiến tranh thời Thế Chiến Thứ Hai được thờ chung với các liệt sĩ khác, là một chứng tích cho thấy Nhật bản vẫn chưa thật sự hối lỗi về những hành vi xâm lăng cách đây hơn 60 năm. Nhiều người vẫn cũn nhắc nhở và ghi nhớ những ký ức cay đắng về những cuộc xâm lăng của Nhật bản và về vô số những hành vi tàn ác của quân đội Thiên Hoàng. Đối với đa số người dân Việt Nam, có lẽ ai cũng biết tới trận đói kinh hoàng năm Ất Dậu, gây tử vong cho cả một triệu người ở miền Bắc, phát sinh từ việc quân đội Nhật ép nông dân trồng đay thay vỡ trồng lỳa. Dù thời gian xâm lược các nước Đông Nam Á của Nhật Bản chỉ diễn ra trong thời gian ngắn nhưng vẫn tạo ra sự nghi kỵ trong hợp tác giữa hai bên.
Trung Quốc cũng tác động một phần đến sự hợp tác giữa ASEAN và Nhật Bản. Chính vì cả hai đầu tàu kinh tế Nhật Bản và Trung Quốc với những toan tính riêng đó cú những cuộc ganh đua trong các hoạt động chính trị và ngoại giao nhằm lôi kéo các nước trong khối ASEAN về phía mỡnh. Kết quả là Trung Quốc và Nhật Bản vỡ những mục đích riêng của mỡnh mà kỡm hóm quan hệ giữa hai bờn. Trong những năm qua, trong khi Nhật Bản đang mải đối phó với những khó khăn trong nền kinh tế nội địa thỡ Trung Quốc đó đi những nước cờ chiến lược trong việc thắt chặt mối quan hệ với ASEAN, và qua đó chứng tỏ tham vọng muốn làm đầu tàu kinh tế trong khu vực. Ba năm trước, Thủ tướng Chu Dung Cơ bất ngờ đề nghị thành lập Khu vực mậu dịch tự do (FTA) với các quốc gia Đông Nam Á trong thời hạn 10 năm. Sáng kiến này được đưa ra ngay sau khi Hàn Quốc đề xuất một FTA
toàn Đông Á. Ba năm sau, vào ngày 5-11-2003, đương kim Thủ tướng Trung Quốc Ôn Gia Bảo và đồng nhiệm 10 nước ASEAN đó ký hiệp định khung, tạo tiền đề cho các cuộc đàm phán tiến tới thiết lập khu vực mậu dịch tự do lớn nhất thế giới gồm Trung Quốc và ASEAN. Có thể thấy Bắc Kinh muốn gạt hai đối tác truyền thống của ASEAN là Nhật Bản và Hàn Quốc ra ngoài cuộc chơi. Những bước đi như vậy của Trung Quốc đó tạo ra những lo lắng tại Nhật Bản rằng Trung Quốc đang là một ―mối đe dọa‖ gây ảnh hưởng đối với các nền kinh tế Đông Á, rằng Nhật Bản đang ở thế bất lợi và rằng các lợi ích của Nhật Bản ở Đông Á và Đông Nam Á đang bị đe dọa. Cũn nữa, sức mạnh và ảnh hưởng lan rộng về kinh tế của Trung Quốc kéo theo ảnh hưởng về mặt chính trị. Chính vỡ vậy, trong quan hệ với ASEAN, Nhật Bản luụn tỡm hiểu về cỏc chớnh sỏch và hành động của Trung Quốc để đối phó. Điều này ảnh hưởng đến hợp tác giữa ASEAN và Nhật Bản trong thời gian qua.
CHƢƠNG III
Triển vọng quan hệ ASEAN - Nhật Bản trong thời gian tới
3.1 Những thuận lợi và khó khăn cho sự phát triển quan hệ hợp tác ASEAN - Nhật Bản trong những năm tới.