Vấn đề biên giới lãnh thổ và tình trạng người nhập cư cũng chứa đựng những mâu thuẫn giữa hai nước. Mặc dù vấn đề gai góc và nhạy cảm nhất trong quan hệ Nga - Trung là vấn đề biên giới đã được giải quyết căn bản, song chưa hoàn toàn triệt để, bởi giải pháp chia đôi những hòn đảo tranh chấp - khi cả người dân Nga và Trung Quốc đều chưa hoàn toàn thoả mãn - bản thân nó vẫn còn ẩn chứa những bất ổn. Hơn thế nữa, nhìn vào thực tế thì vấn đề biên giới luôn là một vấn đề nhạy cảm, nhất là đối với Trung Quốc - một quốc gia có va chạm biên giới với nhiều nước láng giềng nhưng dường như không muốn giải quyết dứt điểm vấn đề này với bất kỳ nước nào, mà luôn muốn dùng vấn đề biên
giới như một lá bài chiến lược trong đối ngoại - thì việc xảy ra những những biến số là khó loại trừ. Đặc biệt là vấn đề di dân từ Đông Bắc Trung Quốc sang Viễn Đông của Nga ngày càng tăng khiến Nga không thể kiểm soát nổi. Theo số liệu không chính thức, hiện nay có khoảng 10 triệu người dân Trung Quốc đã nhập cư vào khu vực này và hầu như tất cả các hàng hóa tiêu dùng ở vùng Viễn Đông đều đến từ châu Á, và chủ yếu là từ Trung Quốc [30,67]. Tình trạng đó khiến Chính phủ và nhân dân Nga lo lắng về sự xói mòn ảnh hưởng của Nga ở khu vực này trước “mối nguy cơ từ Trung Quốc”. Thực chất, xét về vai trò trong lịch sử và hiện tại của chủ nghĩa dân tộc ở hai nước thì sự di cư ào ạt dẫn tới việc “Trung Quốc hóa” vùng Viễn Đông sẽ có thể trở thành cực đoan, tạo nên những thách thức luôn tiềm ẩn trong quan hệ hai nước.
Ngoài ra, sự hiện diện ngày càng tăng của Trung Quốc tại khu vực Trung Á, nhất là trong lĩnh vực khai thác năng lượng được coi là sự thách thức đối với địa vị bá chủ của Nga về nguồn cung năng lượng từ Trung Á. Thực tế này đã gieo mầm cho nguy cơ xung đột về lợi ích chiến lược giữa Nga và Trung Quốc ở ngay trong khu vực.
Trong hoàn cảnh hiện nay, sự mất cân bằng giữa Trung Quốc và Nga đang tăng lên nhanh chóng trên cả lĩnh vực kinh tế và quân sự cũng tạo nên những tiềm ẩn, thách thức quan hệ Nga – Trung trong tương lai. Nga sẽ phải rất khó khăn để quen với thế lực đang ngày càng lớn mạnh của Trung Quốc cũng như quên đi vai trò lãnh đạo đã từng có của mình trong lịch sử ở khu vực châu Á. Khi sự cân bằng giữa Nga và Trung Quốc mất đi, chắc chắn Nga sẽ phải đối mặt với sức ép ngày càng lớn của nền kinh tế năng động Trung Quốc. Lực lượng quân sự của Nga ở vùng Viễn Đông sẽ khó có thể đối đầu với lực lượng quân sự đang lớn mạnh của Trung Quốc mà không gia tăng sự phụ thuộc vào vấn đề ngăn chặn hạt nhân.