− Sự phức tạp của thuế GTGT còn nhiều bất cập, không phù hợp với thực tại và yêu cầu của nền kinh tế, cũng như tại Công ty.
Cơ sở tính thuế là GTGT chứ không phải là doanh thu hay lợi nhuận; hai phương pháp tính riêng cho hai đối tượng nộp; quy trình thu và quản lý mang tính công nghệ; diện chịu thuế với thuế suất 0% khác cơ bản với diện không chịu thuế; giá tính thuế khác với giá người mua thanh toán; khấu trừ thuế khác nhau giữa các mặt hàng chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT; hóa đơn GTGT khác với HĐ thường…những điểm nói trên không chỉ phức tạp với người nộp thuế và cơ quan thu thuế, chính vì lý do đó mà Kế toán tại Công ty TNHH EXCADO Việt Nam hiểu một cách lệch lạc, không hiểu rõ bản chất của từng nội dung dẫn của luật thuế GTGT dẫn tới việc thực hiện vẫn còn chưa đúng và nhiều thiếu sót.
− Sự thay đổi liên tục của các văn bản hưỡng dẫn về thuế GTGT và không có sự thống nhất.
Các thông tư nghị định vừa ban hành thì sau một thời gian ngắn đã có chỉnh sửa và bổ sung. Chính vì điều này dẫn tới vấn đề mâu thuẫn giữa các thông tư và nghị định. Đống thời các thông tư, nghị định ban hành chưa được tuyên truyền hưỡng dẫn phổ biến một cách cụ thể của cơ quan chức năng. Công ty luôn phải chủ động cập nhật thông tin nên khó khăn trong việc tiếp cận một cách nhanh nhất với các văn bản quy định sửa đổi thông tin của các cơ quan chức năng ban hành. Dẫn tới việc thực hiện vẫn còn chậm chạp và sai lệch, sai sót trong một thời gian ngắn chưa được áp dụng ngay.
− Thiếu sự quyết liệt trong xử phạt.
Các hành vi vi phạm chế độ sử dụng hóa đơn, làm hóa đơn khống, tẩy xóa nội dung chỉ tiêu trên hóa đơn đã sử dụng hay áp dụng sai những quy định của thông tư pháp luật thì cũng chỉ phạt hành chính bằng tiền, mà chưa có hình phạt thích đáng cho các cá nhân hay tổ chức. Chính vì vậy mà pháp luật chưa đủ sức ngăn chặn các hành vi vi phạm pháp luật hay các gian lận trốn thuế, gây thất thoát NSNN.
− Sự thoái hóa của một số cán bộ cơ quan thuế.
Trong quá trình nộp thuế và kê khai thuế GTGT tại Công ty TNHH EXCADO Việt Nam khi có những sai phạm hay thiếu với mối quan hệ ngoại giao với một số cán bộ cơ quan thuế tốt đẹp, thì chỉ cần sửa đổi, chấn chỉnh, và đính chính, nộp lại là được. Chính vì thế Công ty có thể đi cửa sau một cách dễ dàng, hay là tình trạng thất thu NSNN luôn luôn diễn ra.