− Đối tượng nộp thuế chính là chủ doanh nghiệp: Chủ DN nào cũng muốn công ty mình thu được nhiều lợi nhuận và cũng không muốn đóng nhiều thuế để giảm đi chi phí. Do vậy mà Ông Đoàn Trinh cũng không muốn nộp thuế cho
NSNN nên đã điều hành và chỉ đạo bộ phận kế toán làm thế nào để thực hiện đúng các chuẩn mực kế toán nhưng cũng giúp cho DN không phải đóng nhiều thuế theo giá trị thực tế. Dựa trên thực tế là các công trình hiện nay mà Công ty mới thực hiện ngành nghề mới này đã ảnh hưởng rất lớn tới việc quyết toán thuế TNDN và thuế GTGT.
− Bộ máy kế toán và hình thức kế toán tại Công ty: Việc thực hiện chế độ, chính sách và các quyết định của Nhà nước và Công ty, thì bộ máy kế toán chưa vận dụng được đúng chế đô luật thuế quy định. Nhân viên kế toán còn hạn chế kiến thức, trình độ và kinh nghiệm hiểu biết thực tế cũng như các văn bản, các chính sách thuế và luật thuế, và chế độ kế toán nên việc thực hiện công tác thuế tại Công ty gặp rất nhiều hạn chế và sai sót.
Phòng kế toán của Công ty hiện nay đang áp dụng hình thức kế toán Nhật ký chung. Đây là hình thức kết hợp giữa việc ghi chép theo thứ tự thời gian với việc ghi sổ theo hệ thống và theo nội dung kinh tế của nghiệp vụ đó. Việc áp dụng hình thức kế toán này giúp ban lãnh đạo Công ty thực hiện kiểm tra, giám sát mọi hoạt động kinh doanh của Công ty một cách thuận lợi và dễ dàng. Nhưng khối lượng ghi chép còn nhiều, chồng chéo, chưa thật sự hiệu quả. Đặc biệt việc sử dụng phần mềm kế toán MISA của nhân viên kế toán chưa khai thác hết công dụng của phần mềm, chưa biết cách lập và tạo ra các tài khoản cấp 2, cấp 3 phù hợp với việc quản lý hóa đơn chứng từ đàu ra, đầu vào, sổ sách chi tiết, tổng hợp cụ thể tại Công ty.
− Trình độ nhân viên trong bộ máy kế toán: Trình độ kiến thức về kế toán tài chính đặc biệt là công tác thuế GTGT nói riêng tại Công ty còn yếu kém, chưa có hiểu biết rộng về văn bản, thông tư, hóa đơn của bộ máy kế toán chưa khoa học, hiểu quả dẫn đến việc nhầm lẫn trong cách phân loại chứng từ, hạch toán không đúng nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Đồng thời các hóa đơn, chứng từ hóa đơn hàng tháng vào tờ khai, bảng kê và các phu lục thuế GTGT chưa đúng, còn nhiều hạn chế và sai sót.