Những hạn chế trong cơ chế quản lý vốn của Sonadezi xuất phát từ những nguyên nhân cơ bản sau :
3.3.3.1. Nguyên nhân chủ quan
+ Mô hình tổ chức chưa hoàn thiện, mô hình CTM-CTC bắt đầu bộc lộ một số yếu kém
Về cơ bản mô hình tổ chức của TCT hiện nay hoạt động theo mô hình CTM- CTC. Tuy nhiên mô hình tổ chức bộ máy của TCT hiện nay còn chưa được hoàn thiện ở những điểm cụ thể sau :
- CTM đang trong quá trình chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, hình thức đơn sở hữu làm hạn chế khả năng huy động vốn
Theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Tổng công ty Sonadezi sẽ thực hiện cổ phần hóa vào năm 2009. Tuy nhiên do suy thoái kinh tế, các điều kiện để tiến hành cổ phần hóa chưa được đáp ứng đầy đủ. Mặt khác Luật doanh nghiệp nhà nước hết hiệu lực vào ngày 1/7/2010 do đó Tổng công ty đã chuyển sang loại hình công ty TNHH một thành viên hoạt động theo Luật doanh nghiệp.
Việc chuyển sang loại hình công ty TNHH một thành viên với cơ cấu bộ máy vẫn không thay đổi thì về cơ bản vẫn chưa phải là đổi mới cơ cấu, chưa theo xu hướng phát triển của thị trường. Một trong những nguyên nhân cơ bản hạn chế khả năng huy động vốn chủ sở hữu của TCT trong thời gian qua là do hình thức đơn sở hữu. Tuy hầu hết các CTC đã được tiến hành cổ phần hoá nhưng tính đến nay chính CTM lại chưa được cổ phần hoá nên hình thức sở hữu ở CTM vẫn là hình thức sở hữu một chủ (sở hữu nhà nước), chính hình thức đơn sở hữu này chưa cho phép
TCT thực hiện đa dạng hoá sở hữu và áp dụng các phương pháp, công cụ huy động vốn khác nhau.
- Mối quan hệ pháp lý giữa CTM và CTC chưa rõ ràng
Đây cũng là nguyên nhân chính hạn chế quá trình thực hiện phân cấp trong quản lý, điều hành cũng như việc hình thành các liên kết kinh tế trên cơ sở đầu tư vốn giữa CTM với các CTC và CTLK.
- Chưa có trung gian tài chính có tư cách pháp nhân độc lập
Hiện tại trong Tổ hợp chưa thành lập công ty tài chính, việc đầu tư vốn vào các công ty thành viên trong Tổ hợp thực chất chỉ là kết quả của việc tập hợp các đơn vị trong Tỉnh có ngành nghề kinh doanh thuộc về lĩnh vực kinh doanh bất động sản về cùng một Tổ hợp theo quyết định hành chính của UBND Tỉnh. Bản thân Sonadezi cũng chỉ mới thành lập 4 CTC, CTLK xuất phát từ nhu cầu phát triển kinh doanh. Chính vì vậy việc đầu tư vốn chưa mang tính chuyên nghiệp. Các đơn vị cũng vẫn hoạt động như trước khi nhập vào Tổ hợp chỉ có việc thay đổi chủ sở hữu từ UBND Tỉnh về Tổng công ty. Tại TCT việc quản lý vốn đầu tư thuộc chức năng của Ban quản trị tổng hợp và cũng chỉ dừng lại ở việc tập hợp các báo cáo, lập kế hoạch kinh doanh, tổng kết hàng năm… Việc điều hòa vốn trên nguyên tắc thanh toán do đó chưa phát huy được những nguồn vốn nhàn rỗi tại các đơn vị nhằm tối đa hóa hiệu quả đồng vốn.
+ Trình độ, năng lực cán bộ là những người đại diện phần vốn còn hạn chế Người đại diện năng lực kém, chưa đáp ứng được yêu cầu công tác điều hành doanh nghiệp có qui mô lớn nên có những quyết định chưa đúng, lạm dụng quyền, làm sai các qui định của pháp luật hiện hành.
Người được cử tham gia quản lý vốn góp của TCT, hay được cử làm người đại diện vốn góp của TCT còn mang tính chủ quan, không có tiêu chí chọn lựa rõ ràng.