Tính đa dạng di truyền trong quần thể là nhân tố rất quan trọng để có thể thích nghi với những thay đổi môi trƣờng và dẫn đến sự tồn tại lâu dài và tiến hóa của loài (Đặng Thúy Bình, 2011). Do đó, xác định sự đa dạng di truyền hiện đang đƣợc coi là một mục tiêu chính trong nỗ lực bảo tồn sự đa dạng sinh học.
Tỷ lệ đa hình cao trong trình tự gen CO1 mtDNA của trai tai tƣợng bị giới hạn bởi sự di chuyển gen giữa các quần thể của loài (Kochzius M. và cộng sự, 2008).
Trong nghiên cứu hiện tại, các quần thể T. squamosa thu ở Nha Trang và Phú Quốc thể hiện tính đa dạng di truyền ở mức độ thấp với 8haplotype/37 trình tự gen CO1 mtDNA (chiếm khoảng 21,6%). Điều này có thể liên quan đến tính chất trẻ về lịch sử hình thành của vùng biển Việt Nam. Khu hệ sinh vật biển Việt Nam chỉ mới đƣợc hình thành từ sau đợt biển bị thu hẹp sau kỷ băng hà vào cuối kỷ Pleistoxen (Tạ Thị Thủy, 2011; Lê Đức Tố và cộng sự, 2003). Do đó, trong thành phần động vật thân
mềm biển Việt Nam cũng nhƣ trong các nhóm động vật biển khác, rất ít thấy hoặc hầu nhƣ chƣa có thấy các loài đặc hữu. Một số loài nhƣ trai Isocardia vulgaris, mực Sepia
harmeri, Loligo vietnamensis cũng chỉ có thể tạm thời coi là đặc hữu cho biển Việt Nam (Lê Đức Tố và cộng sự, 2003).
Theo Neo và cộng sự (2013) loài T. squamosa là loài có tập tính đẻ ở đáy nên sự
phát tán ấu trùng theo các dòng hải lƣu rất thấp, chỉ chiếm khoảng 10% so với lƣợng đƣợc sinh ra. Đây cũng là nguyên nhân dẫn đến sự đa dạng di truyền thấp của các quần thể này.
Ngoài ra, biển Việt Nam nằm trong khu vực biển Đông, tiếp giáp với vùng biển Indonesia – Malaysia ở phía nam và nhất là gần với trung tâm phát sinh, phát tán cổ xƣa và lớn nhất của sinh vật biển ven bờ vùng phía tây Thái Bình Dƣơng – vùng biển Philippine – Malaysia (Vũ Trung Tạng,Nguyễn Đình Mão, 2006; Lê Đức Tố và cộng sự, 2003).
Do đó, mức độ đa dạng di truyền trong quần thể trai tai tƣợng T. squamosa ở Việt Nam nói chung và ở Nha Trang, Phú Quốc nói riêng là không cao. Bên cạnh đó, tính đa dạng di truyền với mức độ thấp của T. squamosa còn có thể do tình trạng khai thác quá mức nguồn tài nguyên biển và sự suy thoái của môi trƣờng. Trong những năm gần đây, tình hình khai thác và xuất khẩu trai tai tƣợng nói chung và loài T. squamosa nói riêng diễn ra với qui mô lớn. Theo số liệu thống kê của CITES, từ năm 2000-2003, ở Việt Nam xuất khẩu 37004kg vỏ của T.squamosa trong khi đó T. crocea hầu nhƣ
không xuất khẩu vỏ. Ngoài ra, từ năm 2001-2003, ở Việt nam xuất khẩu khoảng 13894 cá thể T. crocea sống còn T. squamosa thì lên đến 38119 cá thể sống (theo số liệu thống kê của CITES). Thị trƣờng xuất khẩu trai tai tƣợng chủ yếu là Hoa Kỳ, Châu Âu, Nhật Bản, Hàn Quốc....(Hoàng Đình Chiều, 2009). Theo các nghiên cứu bƣớc đầu của Viện nghiên cứu Hải Sản và một số tổ chức khác, trai tai tƣợng ngoài tự nhiên của Việt Nam ngày càng cạn kiệt. Nhƣ vậy, tình trạng cạn kiệt nguồn lợi trai tai tƣợng dẫn đến
sự suy giảm nguồn gen và dẫn đến sự đa dạng di truyền thấp trong quần đàn trai tai tƣợng T. squamosa ở vùng biển ven bờ Nha Trang và Phú Quốc.
Trong nghiên cứu hiện tại cũng chỉ ra rằng, quần thể trai tai tƣợng T. squamosa ở khu vực Nha Trang có sự đa dạng hơn ở vùng ven biển Phú Quốc với 6haplotype/19 cá thể (khoảng 31,6%), sự khác biệt giữa các trình tự gen là 2,56%, trong khi ở Phú Quốc chỉ có 4haplotype/18 cá thể (22,2%) đƣợc quan sát với sự khác biệt trình tự là 0 – 2,05%.
Nguyên nhân của chênh lệch này có thể do vị trí địa lý và tính chất địa sinh học của mỗi vùng. Cả 2 vùng Nha Trang và Phú Quốc đều nằm ở các vịnh, đƣợc che chắn bở các đảo, eo biển nên ít có sự trao đổi về mặt di truyền nên cả 2 vùng đều có sự đa dạng di truyền thấp. Tuy nhiên, vịnh Nha Trang nằm trên đƣờng di chuyển của các dòng biển nóng lạnh ở khu vực biển đông nên có thể có sự trao đổi di truyền hơn vùng Phú Quốc đƣợc che chắn kín đáo bởi mũi Cà Mau và Malaysia. Do đó sự phát tán và thu nhận ấu trùng của các loài sinh vật biển từ các vùng biển khác diễn ra ít hơn so với Nha Trang.
Thêm vào đó Nha Trang có khu bảo tồn Hòn Mun đƣợc quỹ động vật hoang dã thế giới đánh giá là khu vực đa dạng sinh học biển phong phú nhất nƣớc ta, ở đây có khoảng 350 loài trong tổng số hơn 800 loài san hô cứng trên thế giới (Nguyễn Văn Hoàng, 2012) chính là nơi cƣ trú của nhiều loài sinh vật biển trong đó có T. squamosa.
Theo nghiên cứu của viện nghiên cứu hải sản năm 2012 (Trƣơng Văn Tuân và cộng sự, 2012) thì các họ trai tai tƣợng trong đó có T. squamosa phân bố chủ yếu tong vùng biển có độ mặn từ 30,7-33,9‰. Nhƣng trong nghiên cứu chất lƣợng môi trƣờng của 4 khu bảo tồn biển, trong đó có Phú Quốc thì vùng biển này có độ mặn không ổn định, dao động từ 32,5-27‰, đặc biệt độ mặn giảm mạnh vào tháng 5 đến giữa tháng 11, độ mặn thấp nhất là 27‰ ở tháng 8 (Nguyễn Công Thành, 2009), đây chính là thời gian sinh sản của loài T. squamosa. Vì vậy, tính đa dạng di truyền của các loài sinh vật
biển ở đây thấp hơn ở Nha Trang, mà cụ thể là tính đa dạng của quần thể trai tai tƣợng
T. squamosa.