Phân tích đa dạng trai tai tƣợng T. squamosa đƣợc thực hiện dựa trên tập hợp
trình tự gen CO1 mtDNA của nó đƣợc thu ở vịnh Nha Trang (Nha Trang-Khánh Hòa) và Phú Quốc (Kiên Giang) và các trình tự gen trên Genbank, cụ thể nhƣ sau:
Các trình tự CO1 mtDNA:
19 trình tự ở vịnh Nha Trang và 18 trình tự ở Phú Quốc trong nghiên cứu hiện tại. 36 trình tự từ Genbank của loài Tridacna squamosa ở 2 địa điểm thu mẫu : Indo-West Pacific -18 trình tự, Singapore - 18 trình tự.
Thông tin về các trình tự, mã số gen của T. squamosa sử dụng trong nghiên cứu đƣợc trình bày ở Bảng 2 phần phụ lục bảng
Các trình tự 16S mtDNA:
9 trình tự ở vịnh Nha Trang và 10 trình tự ở Phú Quốc trong nghiên cứu hiện tại. 11 trình tự từ Genbank của loài T. squamosa ở 2 địa điểm thu mẫu: the Coral
Triangle 1 trình tự và Biển Đỏ 10 trình tự.
1 trình tự từ Genbank làm nhóm ngoại : trình tự loài T. crocea. Thông tin về trình tự đƣợc trình bày ở Bảng 2 phần phụ lục bảng
Phương pháp phân tích cây tiến hóa
Phân tích đa dạng di truyền của loài T.squamosa đƣợc tiến hành dựa trên 3 thuật toán Maximum parsimony (MP), Neighbor joining (NJ) và Maximum likelihood (ML), các phƣơng pháp đƣợc phân tích bằng các phần mềm MEGA 5.10 (Hall B. G., 2013), Dnasp5 (Librado P.,Rozas J., 2009) và Network (Bandelt H. J. và cộng sự, 1999). Giá trị bootstrap (BT) đƣợc tính toán để xác định tính chính xác của thuật toán MP, ML và NJ với độ lặp lại 1000.
Xây dựng mạng lưới haplotype- haplotype network
Việc xây dựng các lƣới haplotype đƣợc sử dụng để trình bày sự liên kết giữa các haplotype. Đây là cách sắp xếp các haplotype thu đƣợc từ một mẫu nghiên cứu một cách tối ƣu và đơn giản. Việc này không chỉ tiết kiệm thời gian mà còn thuận tiện trong việc xem xét mối quan hệ giữa các haplotype.
Để xây dựng mạng lƣới haplotype, sử dụng phần mềm Network 4.6.1 (Bandelt H. J. và cộng sự, 1999). Phần mềm này sử dụng kết nối mạng dữ liệu đầu vào đƣợc tạo ra phần mềm DnaSPv5 và sử dụng thuật toán Median Joining (chức năng Calculate Network) để tính, chức năng Draw network cho phép tự động vẽ ra mạng lƣới giữa các haplotype đƣợc xem xét.
CHƢƠNG III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN