Các trình tự trai tai tƣợng thu đƣợc sẽ đƣợc kết nối bằng kỹ thuật Contig Express trong phần mềm Sequencher 4.1.4 và kiểm tra lại bằng mắt (Kochzius M. và cộng sự, 2008).
Sau đó, các trình tự đó sẽ đƣợc kiểm chứng bằng chƣơng trình Blast Nucleotide trên webside của ngân hàng Gen (ncbi.nlm.nih.gov/Blast/). Các trình tự đƣợc gióng hàng bằng phần mềm Mega5 (Hall B. G., 2013) và đƣợc kiểm tra lại và chỉnh sửa bằng mắt thƣờng.
* So sánh trình tự của trai tai tƣợng
Sự khác biệt di truyền của các cặp trình tự của các loài cần so sánh đƣợc tính toán theo công thức:
* Phân tích đa dạng loài trai tai tƣợng Tridacna quamosa dựa trên haplotype
Đa dạng di truyền (Genetic diversity) giữa các quần thể trai đƣợc tính bằng tổng số haplotype (k), số lƣợng vị trí đa hình – polymorphic sites (s), đa dạng haplotype – haplotype diversity (hd) và đa dạng nucleotide – nucleotide diversity (Π), số đột biến (η).
Tổng số hapotype:
Haplotype là một biến thể thứ tự duy nhất của một gen tại cùng một locus trong bộ gen. Các trình tự gen có cũng số điểm đột biến lập thành một haplotype. Các haplotype khác nhau bởi một điểm đột biến
Đa dạng haplotype: xác suất hai lựa chọn ngẫu nhiên các haplotype trong một mẫu là khác nhau (tƣơng đƣơng với dị hợp tử đƣợc mong đợi )
h = (1- 2i)
*100% Sự khác biệt di truyền =
Số Nucleotide khác biệt
Trong đó: h là đa dạng haplotype
n là số lƣợng các haplotype trong một mẫu
p là tần số của từng haplotype trong mẫu
Đa dạng nucleotide: là số lƣợng trung bình của các vị trí nucleotide khác nhau giữa hai chuỗi nucleotide đƣợc rút ra ngẫu nhiên từ một mẫu
Cách tính: Số lƣợng trung bình của các vị trí nucleotide khác nhau giữa hai chuỗi
đƣợc rút ra một cách ngẫu nhiên từ một mẫu:
Trong đó, xi, xj là tần số của các alen i và j; πij là tần suất sai khác giữa alen i và j; n là chiều dài của chuỗi nucleotide.
Số đột biến:
Xác suất mà bất kỳ một vị trí nào xảy ra đột biến là:
Xác suất đột biến = số đột biến/tổng số nucleotide trong chuỗi/thế hệ Tổng số đột biến trên cả chiều dài chuỗi nucleotide là:
η = xác suất đột biến * (tổng số nucleotide – số nucleotide đã bị đột biến).
Phần mềm Network4.6.1 đƣợc xử dụng để xây dựng mạng lƣới haplotype với các trình tự đƣợc dóng hàng bởi Mega5.05 và các số liệu đƣợc xử lý bằng DNAsp5