Công nghiệp phát triển, hoạt động của các cơ sở sản xuất kinh doanh sẽ làm tăng lượng chất thải vào môi trường mà nếu không được xử lý tốt sẽ gây nguy cơ ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng đến chính cuộc sống sức khỏe của con người.
Tỉnh Khánh Hòa hiện nay có ba khu công nghiệp (KCN) đi vào hoạt động là KCN Suối Dầu, KCN Đắc Lộc (Nha Trang), KCN Diên Phú, tập trung nhiều các doanh nghiệp có vốn đầu tư trong và ngoài nước hoạt động nên lượng chất thải và nước thải thải ra môi trường rất lớn. Một số doanh nghiệp tại KCN Suối Dầu đã có hệ thống xử
lý nước thải nhưng thời gian qua không vận hành hoặc vận hành mang tính chất đối phó với các cơ quan chức năng. Vấn đề xử lý ô nhiễm không khí của các nhà máy chưa được quan tâm đúng mức, hệ thống xử lý còn sơ xài.
Tỉnh Khánh Hòa có bốn cơ sở phải thực hiện Quyết định 64/2003/QĐ – TTg của Thủ tướng chính phủ về xử lý các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng trong các khu dân cư: Nhà máy điện Chụt, bãi chứa than của Xí nghiệp than Nha Trang, bãi rác Rù Rì, kho chứa nix thải của công ty trách nhiệm hữu hạn nhà máy tàu biển Hyundai Vinashin.
Đến nay, bãi chứa than của Xí nghiệp than Nha Trang đã tiến hành di dời đến vị trí mới tại xã Phước Đồng (ngoại ô thành phố Nha Trang) và thực hiện các biện pháp phòng chống ô nhiễm. Nhà máy điện Chụt đã chấm dứt hoạt động từ cuối năm 2007. Đối với bãi rác Rù Rì, từ cuối năm 2008 đã triển khai Dự án cải thiện vệ sinh môi trường với tổng vốn đầu tư 77 triệu USD, trong đó có xây dựng bãi chôn lấp rác thải kiểu mới dự kiến hoàn thành vào cuối năm 2010 và thực hiện đóng cửa bãi rác cũ nhưng đến nay việc đóng cửa bãi rác Rù Rì vẫn chưa thực hiện được. Bãi rác Rù Rì là vấn đề môi trường nhức nhối đối với tỉnh Khánh Hòa và người dân sống cạnh bãi rác.
Chất thải sinh hoạt: Phần lớn chất thải sinh hoạt (kể cả từ các doanh nghiệp) ở Nha Trang do công ty môi trường đô thị Nha Trang thu gom và đẩy ra bãi rác Rù Rì để thiêu hủy làm tăng thêm tình trạng ô nhiễm đất, nước, không khí khu vực xung quanh.
Chất thải nguy hại: Việc quản lý chất thải nguy hại là một vấn đề cấp bách hiện nay trong công tác quản lý môi trường ở Khánh Hòa. Hiện nay tỉnh Khánh Hòa kể cả Nha Trang vẫn chưa có đơn vị chức năng nào đứng ra thu gom, vận chuyển, và xử lý chất thải nguy hại. Trên địa bàn thành phố Nha Trang có các bệnh viện lớn như bệnh viện tỉnh, bệnh viện điều dưỡng…cùng với nhiều trạm y tế ở các xã, ngoài ra trong các hoạt động công nghiệp, nông nghiệp ,đóng tàu…cũng phát sinh một lượng lớn chất thải nguy hại chính vì thế mà lượng rác thải nguy hại trong một ngày là tương đối lớn. Việc
xử lý chúng bằng cách thiêu hủy vừa tốn kém, vừa gây ô nhiễm môi trường. Cần thiết phải có biện pháp hiệu quả hơn trong công tác xử lý chất thải nguy hại.
Khai thác – chế biến khoáng sản là một trong những ngành ưu tiên phát triển của Nha Trang nói riêng và tỉnh Khánh Hòa nói chung. Trong quá trình khai thác đá tại mỏ đá Hòn Thị (xã Phước Đồng, Tp Nha Trang) cùng với việc khai thác cát…cũng tác động đến môi trường đất, nước, không khí, hệ sinh thái tự nhiên như: Bụi do công tác bốc xúc, vận tải; ảnh hưởng của tiếng ồn…Sau khi khai thác xong các doanh nghiệp vẫn để nguyên hiện trường và chưa có phương án cải tạo, sử dụng mặt bằng có hiệu quả. Khi mưa đến thì nơi đây trở thành những vũng nước chết người.