Cà chua chứa nhiều vi sinh vật có nguồn gốc từ đất, nước, không khí và các môi trường khác có thể chứa một số tác nhân gây bệnh ở thực vật. Các vi sinh vật này sinh trưởng rất nhanh trong các quả cà chua bị trầy xước, dập nát và gây ra bệnh thối ướt. Một số vi sinh vật thường gây bệnh thối ướt ở cà chua như Rhizopus nigricans, Fusarium, Aspergillus niger, Clostridium, Pseudomonas, Erwinia. Cà chua khi bị bệnh thối ướt sẽ mất giá trị dinh dưỡng và mùi vị đặc trưng, giảm chất lượng nhanh chóng .
Bệnh thối ướt do vi khuẩn Erwinia sp. gây hại với các triệu chứng như thối nhũn một phần hoặc cả quả cà chua, có mùi thối, màu sắc biến đổi, vỏ nhăn. Các triệu chứng trên sẽ phát triển nhanh chóng khi nhiệt độ và độ ẩm cao. Đây là loại bệnh phổ biến và gây thiệt nghiêm trọng đối với cà chua trong quá trình bảo quản, cất giữ, chuyên chở và xuất nhập khẩu. Nếu không phát hiện và cách ly kịp thời những quả bị hỏng thì dễ làm lây nhiễm sang các quả nguyên vẹn khác, gây tổn thất cả lô hàng. Vi khuẩn gây bệnh là loài đa thực, ký sinh và gây hại trên nhiều loại cây trồng khác nhau. Vi khuẩn xâm nhập chủ yếu qua vết thương, vết dập nát.
Bệnh thối ướt có thể phát sinh ngay từ khi cà chua mới thu hoạch và kéo dài trong thời gian bảo quản. Bệnh xuất hiện với tỷ lệ thấp ở tháng 1 đến tháng 3 bởi vì giai đoạn này nhiệt độ thấp không thuận lợi cho vi khuẩn xâm nhiễm gây bệnh. Bệnh thối ướt quả cà chua phát triển mạnh trong điều kiện nhiệt độ cao và ẩm độ cao. Trong những tháng mùa hè bệnh thối ướt phát triển mạnh nhất, cao điểm của bệnh vào các tháng 6, 7, 8. Bệnh tiếp tục phát sinh gây hại và mức độ bệnh giảm dần khi điều kiện ngoại cảnh không thuận lợi cho vi khuẩn gây thối ướt (tháng 10 - 12).
Trong quá trình bảo quản trong kho, bệnh thối ướt có thể phát sinh nhưng mức độ bị bệnh nặng hay nhẹ phụ thuộc vào nhiều yếu tố, trong đó yếu tố nhiệt độ, độ ẩm và chất lượng cà chua giữ vai trò quyết định. Khi bề mặt quả bị ẩm, không khí trong kho lưu thông kém hoặc bề mặt quả bị tổn thương thì vi khuẩn sẽ xâm nhập và gây hư hỏng.