Bên cạnh những kết quả đạt được như trên, hiện nay trong quá trình hoạch định chiến lược kinh doanh công ty còn có những hạn chế còn tồn tại sau:
Công ty tuy đã sử dụng ma trận TOWS để phân tích môi trường chiến lược nhưng chưa thực sự hiệu quả, mô thức IFAS và EFAS xây dựng còn chưa chính xác, từ đó ảnh hưởng rất lớn đến việc xây dựng được chiến lược phù hợp nhất. Việc tổ chức thu thập xử lý thông tin môi trường kinh doanh còn hạn chế, đánh giá các điều kiện môi trường ở trạng thái tĩnh, tính dự báo còn thấp.
Công ty chưa quan tâm đến sự phân bổ nguồn lực, vốn, nhân lực, công nghệ một cách tối ưu để thực hiện mục tiêu cụ thể, chưa đề ra được các chiến lược dự phòng trong các tình huống diễn biến theo môi trường.
Nguồn nhân lực tuy có trình độ khá cao nhưng chính vì lẽ đó mà công ty không quan tâm nhiều đến việc đào tạo và phát triển nhân lực. Những kĩ năng như chăm sóc khách hàng còn nhiều hạn chế nhưng chưa được cấp quản lý chú ý đào tạo. Bên cạnh đó việc hỗ trợ, khuyến khích nhân viên làm việc mới chỉ thông qua chính sách lương thưởng, chưa thực sự có hiệu quả.
Chiến lược marketing mới chỉ tập trung vào chính sách giá thấp, dịch vụ sau bán cũng khá được chú trọng nhưng vẫn chưa đủ để tạo ra sự khác biệt và nâng cao năng lực cạnh tranh trên thị trường.
Công ty quy mô nhỏ nên chịu sức ép của các nhà cung cấp về giá, điều kiện vận chuyển hay thời hạn có hàng… ảnh hưởng rất lớn đến cơ hội kinh doanh cũng như sự linh động, nhạy bén của công ty.
Như vậy nhìn chung sự hình thành các yếu tố chiến lược trong kinh doanh ở công ty TNHH TM Nhất Tín nói riêng và của nhiều doanh nghiệp nước ta nói chung là hình thành một cách tự phát với tư cách là những mảng bộ phận, những nội dung mang tính chiến lược ẩn dưới những kế hoạch kinh doanh dài hạn mà chưa được chắp nối, lắp ghép thành một kế hoạch chiến lược hoàn chỉnh. Do vậy độ tin cậy cũng như hiệu quả khi thực hiện rất thấp chưa đáp ứng được yêu cầu thực tiễn kinh doanh trong cơ chế thị trường.