- Đoạn gen mã hĩa cho PreS1 của HBV được thu nhận bằng phương pháp
PCR với cặp mồi đặc hiệu là PreS1-for (CGGAATTCCATGGGAGGTT
GGTCTTCCA AACCTCGG) / PreS1-rev (CGGAATTCGGCCTGAGGATGACT).
Sản phẩm PCR chứa vùng PreS1 cĩ kích thước 357bp mã hĩa cho một peptid 119 axít amin.
- Đoạn gen mã hĩa cho PreS2 được thu nhận dưới dạng gen mã hĩa protein M (tức là PreS2-S) bằng phương pháp PCR với cặp mồi PreS2-for (GCTGGA
TCCATGCAGTGGAACTCCACA) / PreS1-rev (CGGAATTCGGCCTGA GGATG
ACT). Sản phẩm PCR cĩ kích thước 843bp mã hĩa cho M chứa 281 axít amin, trong đĩ PreS2 là đoạn 55 amino acid đầu tiên và S chứa 226 axít amin.
- Đoạn gen mã hĩa cho 26 axít amin đầu tiên của PreS2, được đặt tên là PreS226 được thu nhận bằng phương pháp PCR dùng cặp mồi PreS1-for
(CGGAATTCCATGGGAGGTTGGTCTTCCAAACCTCGG) / PreS2-rev (GCTGG
ATCCGTTCGCTGCAGGGTCCCC). Sản phẩm PCR cĩ kích thước 78bp.
- Đoạn gen mã hĩa cho PreS1-S226 (bao gồm vùng mã hĩa cho PreS1 chứa 119 axít amin và vùng mã hĩa cho 26 axít amin đầu tiên của PreS2) được thu nhận bằng bằng phương pháp PCR với cặp mồi đặc hiệu là PreS1-for (CGGAATT
CCATGGGAGGTTGGTCTTCCAAACCTCGG) / PreS2-rev (GCTGG ATCCGTT
CGCTGCAGGGTCCCC). Sản phẩm PCR cĩ kích thước 435bp mã hĩa cho một peptid chứa 145 axít amin.
Tất cả các phản ứng PCR nêu trên đều được thực hiện trong phản ứng với thành phần như saut: 0,5µl DNA HBV; 5µl dung dịch đệm 10X; 3µl MgSO4
25mM; 5µl dNTP 8mM; 1µl mồi xuơi F; 1µl mồi ngược R; 0,5µl Pfu DNA polymerase (2,5U/µl); 34µl nước cất hai lần. Điều kiện phản ứng PCR là: 95°C - 1phút, 55°C – 1 phút, 72°C – 1 phút (30 chu kỳ); 72°C - 15 phút; 4°C - 15 phút. Sau khi kết thúc phản ứng, lấy 5µl sản phẩm thu được tiến hành điện di kiểm tra trên gel agarose 1,5%. Các bước tiến hành như sau: cân 0,45g agarose cho vào erlen 100ml. Bổ sung 30ml dung dịch TAE 1X, đun cho đến khi agarose tan hết. Để ở nhiệt độ phịng cho đến khi dung dịch hơi nguội rồi đổ vào khuơn điện di. Khi gel đơng, cho dung dịch TAE 1X vào, gỡ lược. Trộn mẫu với dung dịch nạp mẫu (loading dye), bơm vào giếng. Tiến hành điện di với cường độ 100V, khoảng 20 phút. Sau khi điện di xong, ngâm gel trong nước chứa 1 - 2 giọt ethidium bromide khoảng 10 - 15 phút, xem kết quả bằng hộp soi đèn tử ngoại.