Thứ nhất, cạnh tranh sẽ diễn ra gay gắt hơn, với nhiều “đối thủ” hơn, trờn bỡnh diện sõu hơn, rộng hơn. Đõy là cuộc cạnh tranh giữa hàng nụng sản Việt Nam với nụng sản cỏc nước, giữa nụng dõn Việt Nam và nụng dõn cỏc nước, giữa doanh nghiệp kinh doanh nụng sản Việt Nam với doanh nghiệp kinh doanh nụng sản cỏc nước, khụng chỉ trờn thị trường thế giới mà ngay trờn thị trường trong nước. Sau khi gia nhập WTO, nụng sản Việt Nam phải cạnh tranh với nụng sản đến từ cỏc nước cú nền sản xuất nụng nghiệp phỏt triển khỏc. Ngoài ra nụng nghiệp Việt Nam cũn phải chịu sự cắt bỏ bảo hộ
của chớnh phủ với mức độ lớn và thời gian tương đối ngắn. Đõy là thỏch thức lớn của nụng nghiệp Việt Nam trong quỏ trỡnh tham gia vào tự do thương mại thế giới.
Trong vũng 3 đến 5 năm tiếp theo thuế nhập khẩu nụng sản phải cắt giảm từ mức trung bỡnh 17,4% (2006) xuống cũn mức trung bỡnh 13,4%, với nhiều mặt hàng cũn giảm mạnh hơn. Chớnh điều này đó ảnh hưởng đến những ngành sản xuất mà Việt Nam ớt cú lợi thế so sỏnh như: chăn nuụi gia cầm, lợn, trõu, bũ…; những ngành thay thế nhập khẩu như: mớa đường, sữa, bụng, ngụ, đậu tương…. và nụng sản chế biến cũng sẽ bị sức ộp nhiều hơn. Mớa đường là ngành mà Nhà nước chủ trương phỏt triển để thay thế nhập khẩu nhưng do năng suất thấp chỉ đạt 55 tấn/ha/năm và cụng suất chế biến 1.000 tấn mớa/ngày, trong khi ở cỏc nước phỏt triển năng suất mớa là 100 tấn/ha/năm và cụng suất chế biến trung bỡnh 8.000 tấn mớa/ngày nờn giỏ thành phẩm cao, nguy cơ ngành này thua cuộc ngay trờn sõn nhà là điều khụng trỏnh khỏi chưa núi đến việc cạnh tranh trờn thị trường quốc tế. Cạnh tranh gay gắt hơn cú lẽ là thỏch thức lớn nhất cho ngành nụng nghiệp Việt Nam trong quỏ trỡnh hội nhập.
Thứ hai, với trỡnh độ phỏt triển thấp, quy mụ sản xuất nhỏ, manh mỳn (trung bỡnh chỉ cú 0,8 ha đất nụng nghiệp/ một hộ dõn) nờn năng suất lao động trong nụng nghiệp, sản lượng ớt, chất lượng khụng đồng đều. Trong khi đú, việc buụn bỏn với thị trường thế giới đũi hỏi hàng hoỏ cú số lượng lớn, đồng đều, giao hàng đỳng hạn, chất lượng đảm bảo. Đơn cử như việc phỏt triển cõy ăn quả: cả nước cú tới 750.000 ha, nhưng kim ngạch xuất khẩu chỉ đạt trờn 200 triệu USD/năm, trong khi Thỏi Lan chỉ cú 260.000 ha, thỡ kim ngạch xuất khẩu mặt hàng này lớn hơn nhiều lần so với Việt Nam (khoảng 1,2 tỷ USD). Cụng nghiệp chế biến chậm phỏt triển nờn cú tới 90% sản phẩm nụng nghiệp được xuất dưới dạng thụ, khụng đạt tiờu chuẩn về chất lượng, nờn giỏ thành
sản xuất cao nhưng giỏ xuất khẩu thấp gõy thiệt hại cho người nụng dõn và nhà nước.
Ngay tại thị trường nội địa, do chất lượng nụng sản hàng hoỏ nhỡn chung cũn thấp, lại khụng đồng đều, chưa đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm, nờn người tiờu dựng trong nước đụi khi cũn thấy lo ngại với chất lượng và mức độ an toàn của nụng sản Việt Nam. Giỏ nụng sản trong nước lại cao hơn giỏ nụng sản ngoại nhập cũng là một thỏch thức lớn đối với hàng nụng sản Việt Nam trong cuộc cạnh tranh ngày càng gay gắt trờn thị trường trong nước cũng như thị trường thế giới.
Thứ ba, cỏc nước phỏt triển thuộc WTO vẫn tiếp tục duy trỡ hỗ trợ cho ngành nụng nghiệp của họ rất cao và tạo rào cản đối với hàng nụng sản nhập khẩu. Theo bỏo cỏo của tổ chức Hợp tỏc và Phỏt triển kinh tế (OECD), cỏc nước phỏt triển trong khối hỗ trợ cho nụng nghiệp mỗi năm khoảng 360 tỷ USD, trong đú Mỹ và EU chiếm đến 80%. Sự hỗ trợ đú đó giỳp cho nụng dõn cỏc nước này cú thể bỏn nụng sản ra thị trường với mức giỏ thấp hơn giỏ thành sản xuất, làm ảnh hưởng nghiờm trọng đến quyền lợi của cỏc nước đang phỏt triển trong đú cú Việt Nam. Thờm vào đú là cỏc hàng rào kỹ thuật được dựng lờn để ngăn chặn nụng sản nhập khẩu. Với trỡnh độ sản xuất và chất lượng nụng sản của Việt Nam, đõy là cuộc cạnh tranh khụng cõn sức. Hàng nụng sản Việt Nam khú mà thắng lợi trờn sõn nhà chưa núi đến cuộc tranh khốc liệt để giành thị phần quốc tế.