Một trong những sai sót, gian lận hay xảy ra đó là khai báo sai về phân loại hàng hóa để hưởng thuế suất thấp, giảm số thuế phải nộp cho nhà nước. Có nhiều mặt hàng không thể trực tiếp phân loại được bằng thủ công mà phải qua phân tích phân loại bằng các thiết bị kỹ thuật mới xác định đủ căn cứ để thực hiện như mặt hàng vải, hóa chất, thép hợp kim… Đối với những loại hàng hóa này thì cơ quan hải quan thực hiện trưng cầu phân tích phân loại tại các trung tâm phân tích phân loại của ngành để xác định mã số, thuế suất hàng hóa XNK việc này ảnh hưởng đến thời gian thông quan hàng hóa và kế hoạch sản xuất, kinh doanh của DN.
Việc kiểm tra thực tế hàng hóa, lấy mẫu phân tích phân loại áp dụng theo nguyên tắc quản lý rủi ro do đó để đảm bảo việc kiểm tra được chính xác, giảm tỷ lệ kiểm tra thực tế hàng hóa đòi hỏi công tác thu thập thông tin thiết lập tiêu chí rủi ro đối với những loại hàng này cần được chú trọng. Phải có sự phối hợp đồng bộ giữa Chi cục - Phòng Nghiệp vụ - Đơn vị quản lý rủi ro cấp Tổng cục.
Ví dụ: mặt hàng vải lọc bụi công nghiệp DN khai báo vào mã số 5911400000, thuế suất NK 0%. Sau khi thiết lập tiêu chí rủi ro yêu cầu kiểm tra thực tế lấy mẫu hàng hóa để phân tích phân loại thì Chi cục hải quan cửa khẩu đã thực hiện kiểm tra và kết quả sau khi phân tích mặt hàng này được áp vào mã số 5407710000 thuế suất 12%.