b. Thiết bị
3.2.3.Phương thức lai phân tử
Hiện nay nhiều hệ thống đã được thiết lập dựa trên DNA để định lượng vi sinh vật và độc tố. Tuy nhiên, chỉ có phương pháp lai phân tử (hay còn gọi là phương pháp mẫu dò, probes) và phương pháp PCR là được thương mại hóa dưới dạng các bộ kit phát hiện vi sinh vật gây bệnh trong thực phẩm. Phương pháp sử dụng mẫu dò để phát hiện vi sinh vật trong thực phẩm được dựa trên sự phát hiện một đoạn gen đặc trưng của vi sinh vật. Cơ sở của việc sử dụng mẫu dò là phương pháp lai phân tử. Quá trình này bao gồm sự tách rời 2 mạch đôi của chuỗi xoắn kép DNA khi
nhiệt độ vượt quá nhiệt độ nóng chảy(Tm) của phân tử DNA và sự tái bắt cặp các
trình tự nucleotide bổ sung với một vùng trình tự trên DNA mục tiêu gặp nhau do
chuyển động nhiệt và khi nhiệt độ môi trường thấp hơn Tm ít nhất vài độ. Quá trình
nhiệt độ và thời gian phản ứng, kích thước các trình tự lai và lực ion của môi trường.
Ví dụ: Ở hệ thống dò gen – trak, hệ thống này xử dụng que thử với mẫu dồ để phát hiện Listeria trong mẫu bơ sữa và mẫu môi trường. Mẫu dò là những đoạn oligomer AND đánh dấu bằng hóa chất phát quang. Quy trình phân tích chia làm 6 bước:
- Bước 1: Phá vỡ tế bào thu nhận rRNA.
- Bước 2: Mẫu dò phát hiện chứa fluorescein isothiocyanate ở đầu 5’ và 3’ của
phân tử được đặt vào phản ứng.
- Bước 3: Que thử được bao bọc bởi polydeoxythymidine (dT) để gắn được với
oligodA của mẫu dò.
- Bước 4: Que thử được đặt trong ống đo chứa mẫu dò phát hiện được đánh
dấu bằng enzyme.
- Bước 5: Sau khi rử loại phần enzyme thừa, qur thử được đặt vào ống đo chứa
cơ chất tạo màu.
- Bước 6: Sau khi ủ để hiện màu, màu được phát hiện ở bước sóng 450nm.