Trực tràng là phần xa giãn nở của ống tiêu hóa. Phần trên của nó được phần biệt phần còn lại của ruôt già bởi sự hiện diện các nếp gấp gọi là các nếp trực tràng ngang. Niêm mạc của trực tràng giống với niêm mạc phần kết tràng xa còn lại, có các tuyến ruột hình ống thẳng với nhiều tế bào goblet.
Phần xa nhất của ống tiêu hóa là ống hậu môn. Nó có chiều dài trung bình 4cm và mở rộng từ mặt trên hoành chậu đến lỗ hậu môn. Phần trên có những nếp gấp dọc gọi là các trụ hậu môn (anal columns). Những vùng thấp giữa các anal columns gọi là các xoang hậu môn ( anal sinuses). Ống hậu môn được chia 3 phần theo đặc tính cảu lớp biểu ô lót:
Vùng kết tràng trực tràng ( Colorectal zone) ở 1/3 trên chứa biểu mô trụ đớn với đặc tính giống với biểu mô của trực tràng.
Vùng chuyển tiếp hậu môn (Anal transitional zone (ATZ)), chiếm phần giữa. nó hiện diện ở vùng chuyển tiếp giửa biểu mô trụ của trực tràng và biểu mô lát tang của da quanh hậu môn. ATZ có một lớp biểu mô lát tầng, mở rộng đến vùng da hậu môn.
Vùng vảy, ở 1/3 dưới. vùng này được lót bởi biểu mô lát tầng liên tục với biêu mô da quanh hậu môn
ảnh hiển vi của ống hậu môn.a. lát cắt dọc qua thành ống hậu môn. Lưu ý 3 vùng; vùng lát (squamous
zone (SQZ)) chứa biểu ô lát tầng, vùng chuyển tiếp hậu môn (ATZ), chứa biểu mô trụ, vuông tầng hoặc lát
tầng và biểu mộ trụ đơn của niêm mạc trực tràng, vùng kết trực tràng (CRZ) chỉ chứa biểu mô trụ đơn.
Valve hậu môn phần chia ranh giới giữa ATZ và SQZ. Cơ thắt hậu môn trong xuất phát từ lớp cơ tròn dày của lớp cơ ngoài. Một phần nhỏ cơ hậu môn ngoài được nhìn thấy dưới da. b. hình phóng đại phần nằm trong ô hình chữ nhật của hình a, thể hiện vùng chuyển tiếp. lưu ý sự chuyển tiếp đột ngột giữa biểu mô vuông tầng và trụ đơn. Biểu mô trụ đơn của các tuyến mở rộng đến lớp dưới niêm mạc. những tuyến hình trụ tiết nhầy, thẳng này được bao quanh bởi mô lymph lan tỏa.