Niêm mạc của ruột già có một bề mặt trơn láng, không có các nếp tròn (hay van ngang như trong một số sách mô viết) cũng không có các nhung mao. Nó chứa nhiều tuyến ruột hình ống thẳng (crypts of Lieberkühn) kéo dài xuyên suốt bề dày niêm mạc. Các tuyến bao gồm biểu mô trụ đơn, cũng như bề mặt ruột mà từ đó chúng lõm vào. Sự khào sát bề mặt lòng ruột già ở mức hiển vi cho thấy các lỗ tuyến được sắp xếp trong một mô hình trật tự.
Các chức năng chính của ruột già là hấp thu các chất điện giải, nước và loại bỏ thức ăn không tiêu hóa và chất thải.
Chức năng chính của các tế bào hấp thu hinh trụ là hấp thu nước và các chất điện giải. Hình thái học của các tế bào hấp thu về cơ bản là giống với các tế bào ruột của ruột non. Sự tái hấp thu được thực hiện bởi cùng hệ thống vận chuyển Na+/K+ tích cực phụ thuộc ATPase như đã được mô tả ở phần ruột non.
Sự loại bỏ chất thải từ bán lỏng cho đến rắn được hỗ trợ bởi lượng lớn chất nhầy do nhiều tế bào goblet của tuyến ruột tiết ra. Các tế bào goblet có số lượng nhiều hơn ở ruột già so với ruột non. Chúng sản xuất ra mucin, chất mà được tiết ra liên tục để bôi trơn ruột hỗ trợ sự di chuyển của chất thải rắn dần đi qua khi càng tiến gần đến hậu môn.
Niêm mạc của ruột già.a. ảnh hiển vi của một mẫu nhuộm H&E cho thấy niêm mạc và phần dưới niêm. Biểu mô bề mặt liên tục với các tuyến ruột hình ống, thẳng, không phân nhánh (crypts of Lieberkühn). Các lỗ của các tuyến ở bề mặt ruột được nhận diện (mũi tên). Các tế bào biểu mô chủ yếu bao gồm các tế bào hấp thu và các tế bao goblet. Khi các tế bào hấp thu được theo sau vào các tuyến, số lượng chúng giảm đi, trong khi các tế bào goblet lại tăng số lượng. Lamina propria mật độ tế bào cao giàu lymphocytes và các tế bào khác của hệ miễn dịch. b. ảnh hiển vi điện tử của bề mặt biểu mô ruột già. Bề mặt bị chia cắt thành các vùng bởi các khe (mũi tên). Mỗi vùng chứa khoảng 25-100 lỗ tuyến.×240.
Biểu mô niêm mạc ruột già chứa các loại tế bào giống với ruột non ngoại trừ tế bào Paneth, những tế bào này thường không có ở ruột già người.
Các tế bao hấp thu hình trụ chiếm ưu thế so với các tế bào goblet (tỉ số khoảng 4/1) trong gần như toàn bộ kết tràng, mặc dù điều này không phải luôn đúng trên các lát cắt mô học. Tuy nhiên tỉ số này giảm dần đến 1:1, khi xuống đến trực tràng, nơi mà số lượng tế bào goblet tăng. Mặc dù các tế bào hấp thu tiết ra glycocalyx ở tốc độ cao ( chu chuyển tiết khoảng 16-24 giờ ở người), lớp chất này ở kết tràng không chứa các enzyme tiêu hóa. Tuy nhiên cũng giống ở ruột non Na/K-ATPase nhiều và nằm ở màng bên của tế bào hấp thu. Khoảng gian bào thường bị giãn ra, chứng tỏ có sự vận chuyển dịch tích cực.
Các tế bào goblet có thể trưởng thành sâu trong tuyến ruột thậm chí trong vùng sao chép (replication zone). Chúng tiết chất nhầy liên tục, kể cả các tế bào nằm ngay bề mặt biểu mô. Tại đây, bề mặt lòng ống, tốc độ bài tiết vượt quá tốc độ tổng hợp, và các tê bào goblet “kiệt quệ” xuất hiện trong biểu mô. Các tế bào này cao, mỏng và có một số ít các hạt mucinogen trong nguyên sinh chất đỉnh trung tâm. Một loại tế bào hiếm khi dược quan sát, đó là caveolated “tuft” cell ( tuft cell), tuy nhiên tế bào này có thể là một dạng thoái hóa của tế bào goblet kiệt quệ.