Do các khóa bán dẫn hai chiều đều nằm dưới điện áp xoay chiều nên vấn đề chuyển mạch rất phức tạp. MC không sử dụng mạch snubber (RC song song với phần tử đóng cắt) để giảm tối đa kích thước và tổn thất trên phần tử. Đây là ưu điểm cơ bản của MC vì tạo ra khả năng chế tạo module mạch lực chỉ gồm các phần tử bán dẫn với khả năng chịu nhiệt độ cao và kích thước nhỏ gọn. Các biện pháp chuyển mạch phải được áp dụng không phụ thuộc vào quy luật biến điệu là quy luật nào trong bốn phương pháp cơ bản kể trên [2], [12]. Điều khiển quá trình chuyển mạch giữa các van bán dẫn trong MC phải có độ chính xác rất cao, hoạt động chuẩn xác trong những khoảng thời gian cỡ
µS. Các mảng mạch lôgic lập trình được (CPLD, FPGA) giúp ta giải quyết được vấn đề này. Quá trình chuyển mạch được phân biệt theo chuyển mạch theo áp, chuyển mạch theo dòng hoặc kết hợp cả hai. Tùy theo áp hay chiều dòng điện biết được, chuyển mạch có thể thực hiện theo 1, 2, 3, hoặc 4 bước, với mỗi bước bằng thời gian khóa của một IGBT, thường từ 1,5 đến 2,5 µS [22], [23], [33], [34]. Để tăng cường độ an toàn cho van bán dẫn, một số biện pháp chuyển mạch thông minh cũng được áp dụng [12], [31], tuy nhiên khi đó mức độ phức tạp của hệ thông điều khiển cũng tăng lên nhiều. Với công suất vừa và nhỏ thì chuyển mạch bốn bước theo chiều dòng điện là một biện pháp phù hợp hơn cả vì việc đo dòng đầu ra có dạng sin dễ thực hiện hơn. Với dải công suất lớn hơn cần phải chuyển sang kiểu chuyển mạch cộng hưởng. Đây là một vấn đề phức tạp và mới chỉ một số ít tác giả đề cập đến [28], chắc chắn cần nhiều công sức nghiên cứu hơn nữa đểđưa đến được các ứng dụng cụ thể. Điều khiển quá trình chuyển mạch cũng nhằm để loại bỏ mạch Clamp chống quá áp hay để giảm bớt yêu cầu đặt ra đối với mạch này [21], [27]. Để loại bỏ được mạch Clamp cần phải tạo ra hệ thống điôt ngược từ các điôt song song với các IGBT và lựa chọn một điện áp dây đầu vào có cực tính phù hợp có tác dụng làm giảm nhanh dòng tải mà không gây nên quá áp trong mạch.
Nói chung vấn đề chuyển mạch cho các van trong sơđồ MC có thể sẽ đơn giản hơn trong tương lai gần, khi các nhà sản xuất sẽ cho ra đời các phần tử khóa bán dẫn hai chiều thực sự.