Nội độc tố -endotoxin được sản sinh trong quá trình hình thành bào tử. Chúng tồn tại ở dạng tinh thể, mỗi tinh thể thường gồm nhiều loại - endotoxin cùng họ gắn với nhau bằng cầu disufua và các liên kết kỵ nước. Khi ở trong môi trường kiềm, tinh thể bị hoà tan thành các tiền độc tố sau đó bị proteaza phân cắt thành các nhân độc. Nhân độc của protein tinh thể cấu tạo gồm 3 vùng (hình a).
Vùng 1
Là vùng đầu Nitơ có 2 mặt, mặt háo nước và mặt kỵ nước, mặt háo nước quay ra ngoài, tiếp xúc với nước còn mặt kỵ nước tiếp xúc với vùng 2 và vùng 3. Vùng 1 có chức năng phá hủy và tạo lỗ dò trên niêm mạc ruột côn trùng khi tinh thể độc đã bám dính. Về cấu trúc thì vùng 1 bao gồm một bó
gồm 7 đường xoắn trong đó có 6 đường xoắn tạo thành bó hình trụ 6 cạnh (là lỗ dò sau này) đường xoắn ốc số 5 gọi là đường xoắn kỵ nước trung tâm, nó nằm ở tâm hình trụ.
Sau khi tạo thành lỗ dò mặt ngoài của lỗ dò sáu cạnh tiếp xúc với màng photpholipit (gọi là mặt kỵ nước) mặt trong của lỗ dò cho dòng ion K+
và Na+ chảy qua và gọi là mặt háo nước. Cấu trúc trên tạo nên tính bền vững của lỗ dò và vùng 1 được xem là vùng ít biến đổi [7].
Vùng 2
Bao gồm các tấm [hình a], xếp song song ngược chiều nhau. Mỗi tấm kết thúc bằng một cấu trúc móc, đây là vùng không bền vững của độc tố. Vùng 2 có chức năng gắn nhận đặc hiệu tinh thể độc với một số điểm thụ cảm nhất định trên niêm mạc ruột côn trùng đích, đây là yếu tố chính, xác định côn trùng đích của Bti [7].
Vùng 3
Cũng chứa các tấm , nhưng có dạng hình bánh kẹp (sanwich) [hình a] đây là vùng chứa đầu cacbon và có cấu trúc bền vững. Vùng 3 có chức năng trong việc nhận biết các thụ điểm trên màng tế bào.
Những nghiên cứu gần đây cho biết trình tự axit amin bao từ cuối vùng 2 đến đầu vùng 3 liên quan chặt chẽ đến tính gắn của tinh thể độc vào niêm mạc ruột côn trùng. Khi trình tự này biến đổi làm mất đi tính gắn đó côn trùng có hiện tượng kháng thuốc. Vì thế vùng 2 và 3 được coi là vùng quyết định đến tính kháng thuốc của côn trùng [7].