Tại Việt Nam, hầu như trước đây chưa cĩ một chiến lược tổng hợp và một kế hoạch hành động chung cho ngành nước ở cấp quốc gia hay cho các vùng lưu vực. Tuy nhiên cũng đã cĩ các chiến lược hay kế hoạch hành động cho nhiều phân ngành liên quan. Luật tài nguyên nước thơng qua năm 1998, là một bước chuyển to lớn nhằm tiến tới quản lý tổng hợp tài nguyên nước. Bên cạnh việc từng bước triển khai thực thi luật này, cũng đã tiến hành sửa đổi một số điểm chưa phù hợp của luật. Tuy nhiên, các văn bản pháp luật cần thiết cho việc thực thi nhiều mục tiêu của Luật vẫn cịn chưa được xây dựng.
Ở cấp quốc gia, Hội đồng Quốc gia về Tài nguyên Nước đã được thành lập năm 2000, ở cấp địa phương, ba Ban Quản lý và Quy hoạch lưu vực sơng đã được thành lập năm 2001, là các cơ quan tư vấn, điều phối và quy hoạch của Chính phủ.
Cùng với việc thành lập Bộ Tài Nguyên và Mơi trường (TNMT) năm 2002, chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên nước đã được giao cho Cục Quản lý Tài nguyên Nước trực thuộc Bộ TNMT. Thay đổi quan trọng này đã cho thấy cĩ sự phân tách giữa các chức năng về quản lý và các chức năng về dịch vụ liên quan đến tài nguyên nước. Trước đây, cả các chức năng về quản lý và các chức năng về dịch vụ liên quan đến tài nguyên nước đều do Cục Quản lý nước và Cơng trình Thủy lợi trực thuộc Bộ NN&PTNT đảm nhiệm.
Trong thập kỷ qua, Chính phủ Việt Nam đã ban hành nhiều luật, thành lập nhiều cơ quan/tổ chức, tăng đầu tư và phân quyền nhiều hơn cho các cơ quan chức năng nhằm quản lý nguồn tài nguyên nước dồi dào của đất nước. Tuy nhiên, phát triển kinh tế nhanh chĩng, tốc độ gia tăng dân số cao, sự xuống cấp của các điều kiện mơi trường và thiên tai xảy ra thường xuyên đã phần nào vượt quá năng lực quản lý và điều tiết của hệ thống chính sách và thể chế hiện hành, vì vậy phần nào làm giảm đi hiệu quả của rất nhiều can thiệp từ phía Chính phủ. Để đạt được tầm nhìn và mục tiêu nhằm quản lý nguồn tài nguyên nước dồi dào của đất nước một cách bền vững, Việt Nam cần phải giải quyết những thách thức chính sau:
- Tăng cường hệ thống chính sách và thể chế phục vụ quản lý tổng hợp tài nguyên nước;
- Mở rộng và đa dạng hĩa đầu tư cho cơ sở hạ tầng ngành nước, đồng thời phải chú trọng hơn nữa tới việc đầu tư tài chính cho mảng quản lý;
- Tăng cường các hoạt động tuân thủ và cưỡng chế; - Tăng cường sự tham gia của người dân.
Các vấn đề mấu chốt trong giải quyết những thách thức này là áp dụng phương pháp quản lý tổng hợp các lưu vực sơng. Đây là xu thế và định hướng mà nước ta sẽ phải thực hiện trong các giai đoạn tới.Tuy nhiên đây là vấn đề rất mới và trong bối cảnh của nước ta nên việc thực hiện trong thực tế khơng phải dễ dàng, sẽ cĩ nhiều vấn đề cần phải nghiên cứu để từng bước giải quyết. Phương hướng chung là phải tiếp cận kinh nghiệm của các nước trên thế giới và nghiên cứu vận dụng với điều kiện tự nhiên, kinh tế xã hội của các lưu vực sơng ởnước ta, thơng qua trao đổi rộng rãi để tìm ra một mơ hình hợp lý. Điều 58 của Luật Tài nguyên nước của nước ta đã giao nhiệm vụ quản lý nước thuộc trách nhiệm của bộ máy hành chính các cấp từ trung ương đến địa phương. Tuy nhiên việc QLTHLVS khơng thể chỉ thực hiện trên ranh giới hành chính vì vậy Điều 64 của Luật Tài nguyên nước đã thể chế hố về quản lý lưu vực sơng bằng việc quy định nội dung quản lý quy hoạch lưu vực sơng và việc thành lập cơ quan quản lý quy hoạch lưu vực sơng đối với các lưu vực sơng lớn ở nước ta.