Sau 4 năm gia nhập WTO, hệ thống ngân hàng Việt Nam đã có bước chuyển biến rõ rệt theo hướng tạo ra một thị trường mở cửa và có tính cạnh tranh cao hơn, thúc đẩy khu vực dịch vụ ngân hàng tăng trưởng cả về quy mô và loại hình hoạt động, thích ứng nhanh hơn với những tác động từ bên ngoài, từ đó có khả năng đóng góp nhiều hơn và chủ động hơn vào sự phát triển chung của nền kinh tế. Tất nhiên, bên cạnh những tác động tích cực, quá trình hội nhập kinh tế quốc tế cũng đặt ra khá nhiều thách thức cho hệ thống ngân hàng, cần phải được nhận diện đầy đủ và có những giải pháp phù hợp.
Thứ nhất, sự bùng nổ thành lập ngân hàng mới. Ngày nay, ở các đô thị chỉ cần đi ra đường một lần là có thể nhìn thấy rất nhiều cái tên liên quan đến chữ “bank” (ngân hàng - NH), từ những tên cũ như Vietcombank, Sacombank, Techcombank... đến các tên mới như VPBank, GPBank, EximBank... Bên cạnh các NH trong nước đó, chúng ta còn thấy xuất hiện khá nhiều NH nước ngoài khác như HSBC, ANZ, TrustBank, MayBank... Các NH liên doanh cũng ra đời và phát triển nhanh chóng như NH Việt – Nga, Việt - Thái, Lào - Việt... Hiện tượng bùng nổ thành lập ngân hàng mới do một số nguyên nhân như tâm lý đón đầu cơ hội khi Việt Nam gia nhập WTO, hay do sự cởi mở của Nhà nước sau một thời gian dài quản lý chặt chẽ. Tốc độ phát triển của con số các ngân hàng mới cũng đồng nghĩa với việc đem lại những xáo trộn trong ngành ngân hàng và sự nảy sinh những lo ngại về năng lực quản lý và cạnh tranh của các ngân hàng mới.
Thứ hai, cạnh tranh về nhân lực, năng lực quản trị. Nhân lực là yếu tố then chốt với từng ngân hàng. Ngân hàng thành lập nhiều, tăng vốn nhiều nên cần
có nguồn nhân lực đáp ứng được yêu cầu sử dụng vốn hiệu quả, đặc biệt là nhân lực cao cấp. Trong tình hình các ngân hàng nước ngoài luôn có chế độ đãi ngộ tốt hơn so với ngân hàng trong nước thì sự khan hiếm về nhân lực sẽ là bài toán khó giải đối với các ngân hàng mới thành lập.
Thứ ba, các ngân hàng thiếu sức mạnh và thiếu tính chuyên nghiệp, do đa phần các ngân hàng trong nước có quy mô nhỏ nên mỗi ngân hàng chỉ chiếm một thị phần nhỏ hoặc chỉ đáp ứng được một vài dịch vụ đơn lẻ. Ví dụ như hệ thống ATM hiện nay đều do các ngân hàng tự xây dựng riêng lẻ, dẫn đến tốn nhiều chi phí nhưng không thuận lợi đối với khách hàng.
Thứ tư, chiến lược kinh doanh của một số ngân hàng dễ nhận thấy là do yếu tố cổ đông lớn chi phối (ngân hàng An Bình tăng vốn mạnh vì có hàng loạt các dự án của ngành điện, EVN nắm 30% vốn của ABBank) hoặc theo phong trào trên thị trường như lập công ty tài chính, công ty bất động sản, công ty chứng khoán…. Do vậy, hiệu quả kinh doanh của các ngân hàng này chịu ảnh hưởng từ tình hình kinh doanh của cổ đông lớn, hoặc tình hình tài chính, chứng khoán, bất động sản.
Thứ năm, cạnh tranh với các ngân hàng nước ngoài. Đến nay, có 5 ngân hàng liên doanh, 5 ngân hàng 100% vốn nước ngoài, 48 chi nhánh ngân hàng nước ngoài, 8 công ty cho thuê tài chính, 56 văn phòng đại diện nước ngoài đang hoạt động tại Việt Nam. Các tổ chức này đều là những ngân hàng và tổ chức tài chính lớn, có uy tín và độ an toàn cao, có khả năng cạnh tranh tốt. Tăng trưởng nhanh, sinh lời, và thâm nhập sâu vào thị trường - đó là những dấu hiệu khởi sắc của các chi nhánh Ngân hàng nước ngoài tại Việt Nam thời gian qua. Mới đây, HSBC – Ngân hàng nước ngoài lớn nhất tại Việt Nam đã chính thức mua lại 10% vốn điều lệ của Techcombank để trở thành nhà đầu tư chiến lược của NHCP này. Xu hướng này đang tiếp diễn rất khả quan với việc một số Ngân hàng nước ngoài khác cũng đang tiếp cận và sẽ sớm tham gia các NHTMCP khác. Thêm vào đó, năm 2011, các ngân hàng nước ngoài tại Việt Nam sẽ được hưởng chính sách như các NHTM trong nước. Đây là thử thách rất lớn với các ngân hàng trong nước, bởi các ngân hàng nước ngoài có tiềm lực lớn hơn, có trình độ nghề nghiệp cao hơn và độ tín nhiệm
cũng dày hơn. Cho nên khi các ngân hàng nước ngoài vào Việt Nam lại được cạnh tranh như nhau, ngân hàng Việt Nam kém thế hơn. Chỉ một số ngân hàng lớn có thể chống chọi được, còn lại phần lớn là kém lợi thế. Đây là một khó khăn, đòi hỏi các ngân hàng Việt Nam phải vươn lên để cạnh tranh, khắc phục tình trạng yếu kém của mình, kể cả về công nghệ, trình độ, nguồn lực, khả năng chiếm lĩnh khách hàng, khả năng kiểm soát và tính hiệu quả trong tín dụng.
Thứ sáu, mạng lưới ngân hàng còn thiếu và yếu: ngoài một số ngân hàng mạnh có khả năng mở rộng mạng lưới, các ngân hàng khác chủ yếu tập trung tại TPHCM và Hà Nội (gần đây có thêm Đà Nẵng), những ngân hàng mới thành lập cũng như các ngân hàng nông thôn chuyển thành đô thị cũng không thoát khỏi tình trạng này. Việc các ngân hàng “dồn cục” vào Hà Nội và TPHCM sẽ dẫn đến tình trạng “dư thừa” đối với hai thành phố này nhưng ở các đô thị còn lại nhu cầu vốn vẫn cao.