Một trong những ưu điểm cơ bản của luật thuế GTGT là tác động, bắt buộc các DN tự giác thực hiện chế độ hoá đơn chứng từ, nếu không có hoá đơn mua bán hàng hóa hợp lệ thì không được khấu trừ thuế đầu vào. Kiểm soát việc sử dụng hóa đơn, chứng từ thuế là biện pháp ngăn chặn những hành vi gian lận về thuế của các DN NQD. Những năm vừa qua có những sai phạm phổ biến về hóa đơn, chứng từ được phát hiện như sau:
- Sử dụng hoá đơn in giả mẫu của Bộ tài chính để kinh doanh trốn thuế hoặc dùng để thanh toán, quyết toán tài chính trong các DN.
- Lập hoá đơn ghi liên 2 (là liên giao cho khách hàng) cao hơn liên 1 (liên được giữ lại đơn vị) sau khi bán hàng để chiếm đoạt tiền thuế.
- Bán hàng không sử dụng hóa đơn thuế GTGT để trốn thuế GTGT đầu ra. - Lập hoá đơn khống (không có giao dịch mua bán) thông đồng với đơn vị xuất khẩu để kê khai hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu.
- Thành lập DN nhưng thực tế không có hoạt động sản xuất kinh doanh mà chỉ để mua bán hóa đơn thuế.
Việc phát hiện các DN có những sai phạm về hóa đơn là kết quả của sự nỗ lực hết mình cũng như sự tận tâm ,tận lực của các cán bộ thuế. Bên cạnh đó, cũng có sự phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan thuế với các cơ quan như Công an, cơ quan Quản lý thị trường để xác minh tình trạng sử dụng hóa đơn thuế GTGT.
Sai phạm về sử dụng hóa đơn, chứng từ ở các DN NQD là sai phạm phổ biến nhất với rất nhiều hình thức gian lận, sai phạm như đã nêu ở trên về cả hóa đơn đầu ra thuế GTGT cho đến hóa đơn đầu vào. Những sai phạm này sẽ dẫn đến tình trạng số thuế các DN NQD tự tính, tự kê khai thấp hơn so với nghĩa vụ thuế thực tế của DN. Từ đó làm thất thu từ thuế GTGT làm giảm số thu cho ngân sách Nhà nước tạo gánh nặng về việc kiểm tra, thanh tra thuế GTGT ngày càng nâng lên. Cục thuế đã theo dõi quản lý nghiêm ngặt tình trạng sử dụng hóa đơn chứng từ thuế GTGT của các DN NQD.
Với hóa đơn GTGT đầu ra ở các DN NQD những DN đủ điều kiện để thực hiện tự in hóa đơn phải đăng kí với cơ quan thuế và được sự đông ý của cơ quan thuế về việc sử dụng hóa đơn tự in nhưng số DN NQD đủ điều kiện để tự in hóa đơn còn rất thấp. Phần lớn các DN sử dụng hóa đơn GTGT mua tại cơ quan thuế. Hóa đơn mua tại cơ quan thuế cũng phải đăng kí mua và phải chịu sự kiểm soát sử dụng của cơ quan thuế để tránh những gian lận trong sử dụng hóa đơn. Năm 2013 có nhiều DN trên địa bàn tỉnh có nhiều sai phạm trong sử dụng hóa đơn GTGT đầu ra bị cơ quan thuế phát hiện nhắc nhở, phạt và có những DN bị cưỡng chế hóa đơn thông báo hóa đơn của DN này không còn giá trị sử dụng như: Công ty Cổ phần Thực phẩm Xuất khẩu Bắc Giang, mã số thuế 2400119596 có trụ sở tai xã Phượng Sơn, huyện Lục Ngạn, tỉnh Bắc Giang. Công ty trách nhiệm hữu hạn Thế Cường có trụ sở tại xã Lịm Xuyên, xã Song Khê, thành phố Bắc Giang.
Việc quản lý hóa đơn GTGT đầu vào làm điều kiện khấu trừ thuế GTGT cũng được thực hiện nghiêm ngặt. Quá trình kiểm tra xác minh hóa đơn GTGT đầu vào của các DN phát hiện các DN NQD có xu hướng lập bảng kê mua hàng hóa của các cá nhân, hộ kinh doanh ở nhiều địa phương gây khó khăn cho công tác xác minh. Việc xác minh hóa đơn là một trong những khâu không thể thiếu trong quản lý hóa đơn chứng từ trong quản lý thuế GTGT, khâu này luôn được Cục Thuế Bắc Giang quan tâm chú trọng, tại phòng kiểm tra số 2 quản lý các đối tượng nộp thuế là DN NQD mỗi năm các cán bộ phải xác minh khối lượng rất lớn các hóa đươn GTGT đầu vào của các DN. Ví dụ năm 2013 phòng kiểm tra số 2 đã gửi phiếu xác minh cho 4.214 hóa đơn, số lượng hóa đơn gửi đi yêu cầu xác minh là 5.246 hóa đơn và đã nhận được kết quả xác minh của 4.785 hóa đơn, chiếm 91,2% và có tới 4.497 hóa đơn xác minh khớp với kết quả kê khai của DN.
Quản lý hóa đơn, chứng từ thuế GTGT là công việc phức tạp đòi hỏi sự phối hợp của Cục Thuế các địa phương và các cơ quan liên quan khác. Rất khó để có thể kiểm soát triệt để được việc sử dụng hóa đơn của các DN nên tình trạng gian lận sai sót về hóa đơn GTGT vẫn còn tồn tại nhiều. Nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên chủ yếu từ phía NNT chưa có ý thức chấp hành nghiêm chỉnh quy đinhị về hóa đơn chứng từ và sự phối hợp giữa các bộ phận chức năng từ bộ phận quản lý ấn chỉ, bộ phận đăng kí, kê khai thuế đến thanh tra, kiểm tra chưa có cơ chế phối hợp thống nhất, đồng bộ.