Hàm lượng protein toàn phần trong văcxin là một tiêu chí rất quan trọng đểđánh giá độ tinh khiết của văcxin. Có nhiều phương pháp xác định hàm lượng TCA-protein trong văcxin như: phương pháp đo độ hấp thụ thực của protein ở bước sóng 280 nm, phương pháp Bradford, phương pháp Biuret, phương pháp quang phổ huỳnh quang [19]. Tuy nhiên phương pháp Lowry vẫn là phương pháp được nhiều nước trên thế giới lựa chọn trong đó có Việt Nam. Xác định hàm lượng TCA- protein trong văcxin VNNB bằng phương pháp Lowry dựa trên nguyên lý protein có trong mẫu văcxin thử bị tủa với acid TCA. Xác định lượng tủa để tính ra lượng protein có trong văcxin. Phương pháp này dễ thực hiện và cho kết quả chính xác. Cả 6 loạt văcxin đều được kiểm tra hàm lượng TCA-protein bằng phương pháp Lowry theo SOP: HL01-10, 2005, NICVB[24]. Trên hình 3.1 cho ta thấy: các loạt văcxin JB011203 đến JB060305 biểu thị hàm
lượng protein từ 12,56-14,5 µg/ml (mẫu chuẩn là 11,1) đạt tiêu chuẩn Việt Nam [1] và tiêu chuẩn của WHO [64]. Chủng virut VNNB Beijing được tiêm vào não chuột. Khi chuột có dấu hiệu viêm não điển hình thì tiến hành gặt não ngay trước khi chuột chết. Sau đó não chuột được nghiền đồng nhất trong PBS (20%), rồi ly tâm thu nước nổi. Phần cặn còn lại được nghiền trong PBS rồi xử lý với protamin sulfate cho từng mẻ nước nổi sau đó ly tâm loại tủa, thu nước nổi. Nước nổi được hộn đều, lọc vô trùng rồi bất hoạt formalin (bảo quản ở 4oC) được gọi là huyền dịch văcxin thô đã bất hoạt. Huyền dịch này sẽ phải trải qua hàng loạt quy trình như cô đặc bằng siêu lọc, tủa Ammoni sulfate bão hoà, ly tâm loại tủa, siêu ly tâm (đệm sucrose), thẩm tích trong đệm PBS và cuối cùng là lọc vô trùng qua màng lọc Millipore mới ra được văcxin bán thành phẩm đậm đặc tinh khiết [5] .
Như vậy trải qua 20 công đoạn làm tinh sạch bằng phương pháp hoá lý cho ra một sản phẩm tinh khiết mà kháng nguyên bề mặt của hạt virut VNNB vẫn còn nguyên vẹn. Hình ảnh nhuộm âm bản soi và chụp trên kính hiển vi điện tử cho thấy không hề có Protein tạp ngoài những virut hình cầu có đường kính 45-50 nm [4]. Điều này càng chứng minh tính an toàn của văcxin VNNB sản xuất từ não chuột. Văcxin có nguồn gốc từ não chuột nhưng đạt độ tinh khiết rất cao < 15 µg/ml protein toàn phần, nhờ ứng dụng thành công công nghệ tinh chế bằng phương pháp hoá lý của Takaku [55], phương pháp này đã loại bỏ gần như hoàn toàn protein não chuột. Điều này cực kỳ quan trọng vì trong protein não có chứa các sợi myelin, nếu không được loại bỏ có thể sẽ dẫn đến liệt hoặc các phản ứng phụ không mong muốn. Sau tinh chế, chỉ thu hoạch những hạt virut sau siêu ly tâm, thẩm tích loại sucrose và pha bán thành phẩm đặc, theo kết quả hàm lượng kháng nguyên được định lượng so với văcxin mẫu chuẩn. Đây chính là hàm lượng protein toàn phần trong văcxin thành phẩm. Nhờ độ tinh khiết cao nên văcxin rất an toàn.