Bên cạnh những ưu điểm, công tác cán bộ Đoàn trên địa bàn xã Vĩnh Chấp- Vĩnh Linh- Quảng Trị còn có những hạn chế, tồn tại cần rút kinh nghiệm:
Một là: Các cấp uỷ Đảng, chính quyền chưa thực sự quan tâm đến công tác đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ Đoàn, nhất là đội ngũ Bí thư chi đoàn, do đó khó khăn cho công tác cán bộ nguồn từ chi đoàn.
Hai là: Cán bộ Đoàn ở cơ sở chỉ làm việc bằng sự nhiệt tình từ sự tự nguyện của bản thân, chưa có sự quan tâm tạo điều kiện về kinh phí, chế độ chính sách đãi ngộ, do đó không tạo được sự ràng buộc, bắt buộc phải làm việc với tinh thần trách nhiệm cao mà chủ yếu là “Thích thì làm, không thích thì nghỉ”.
Ba là: Tác động của cơ chế thị trường, ảnh hưởng của việc làm, thu nhập, do đó cán bộ Đoàn chưa thực sự chú tâm, chưa coi đây là một nghề, bởi nó không đem lại thu nhập cao mà thường là không ổn định (có sự bầu bán, cơ cấu…) và tâm lý chán nản không tha thiết với phong trào.
Bốn là: Sự luân chuyển, thuyên chuyển công tác mặc dù có nhưng còn rất chậm, do đó đội ngũ cán bộ Đoàn cơ sở thường lớn tuổi hơn nhiều so với độ tuổi của đoàn viên thanh niên.
Năm là: Năng lực của cán bộ Đoàn còn hạn chế, chưa được trang bị kịp thời, chính xác những thông tin, kiến thức về công tác của mình để làm phong phú thêm những nội dung, hình thức sinh hoạt, do đó vẫn thụ động, ỷ lại, trông chờ vào sự chỉ đạo của cấp trên.