Việt Nam sẽ cam kết lấy thuế quan làm công cụ bảo hộ chính, đa ra một lộ trình cắt giảm dần hàng rào thuế quan, tạo điều kiện thuận lợi cho thơng mại. Việc xây dựng lộ trình cắt giảm thuế quan sẽ dựa trên cơ sở:
Xác định rõ những mặt hàng cần bảo hộ để có những biện pháp, chính sách về thuế và phi thuế quan cho thích hợp, giúp cho các ngành sản xuất những mặt hàng đó có đủ thời gian chuẩn bị lực lợng để vơn lên cạnh tranh bình đẳng. Những mặt hàng còn lại chỉ dùng biện pháp thuế với thuế suất giảm dần.
Những mặt hàng cần đợc bảo hộ sẽ đợc phân định thành những danh mục khác nhau có mức thuế tơng ứng, thời hạn cắt giảm thuế thích hợp với từng loại theo hớng những mặt hàng cần bảo hộ cao sẽ có mức thuế cao, thời gian bảo hộ dài và ngợc lại. Căn cứ vào việc phân loại hàng hoá nói trên, Việt Nam sẽ cam kết mức thuế trần để định giới hạn từ đó giảm dần, phù hợp với trình độ phát triển và nhu cầu của nền kinh tế.
Hệ thống thuế hiện tại sẽ đợc phân thành ba loại: Loại thuế phổ thông, Loại thuế Đãi ngộ Tối huệ quốc (MFN), Loại thuế u đãi riêng dành cho các khu vực kinh tế mà Việt Nam tham gia là thành viên, áp dụng trên cơ sở có đi có lại và là công cụ để đàm phán với các nớc nhằm mở cửa thị trờng.
Về cụ thể cần phải điều chỉnh thuế nhập khẩu, theo hớng giảm bớt mức thuế và giảm dần thuế suất. Hiện nay, thuế suất của Việt Nam còn dàn trải quá rộng. Về mặt kinh tế, thuế suất dàn trải là có hại, thậm chí có hại hơn thuế suất cao mà thống nhất, vì chúng có thể đa các nguồn lực vào những hoạt động không hiệu quả. Về mức thuế chỉ nên áp dụng 5-6 mức: 0%, 5%, 10%, 20% và 30%. Thuế suất cao nhất đánh vào hàng nhập khẩu chỉ nên là 50%. Bộ Tài chính đã và đang điều chỉnh thuế nhập khẩu bằng cách một mặt giảm thuế suất đối với một số mặt hàng có thuế suất cao và quá cao (trên 50%), mặt khác nâng mức thuế suất các mặt hàng có thuế suất dới 5%.
Theo luật thuế hiện hành thì các hàng hoá nhập khẩu vào Việt Nam sau đây đ- ợc miễn thuế: 1) Hàng hoá của các doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài nhập vào Việt Nam để tạo tài sản cố định hoặc mở rộng quy mô dự án; 2) Hàng viện trợ không hoàn lại, tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập để dự hội trợ triển lãm, hàng trả nợ nớc ngoài của chính phủ, hàng nhập khẩu chuyên dùng cho an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học, giáo dục và đào tạo, hàng xuất nhập của các doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài, hàng gia công xuất khẩu, hàng là quà biếu.
Việc quy định miễn, giảm thuế là cần thiết nhng nh vậy là áp dụng cho quá nhiều đối tợng, cơ chế áp dụng cha thống nhất và bình đẳng. Do vậy, nên quy định là: 1) Hàng gia công xuất khẩu, hàng tạm nhập tái xuất và nguyên vật liệu để làm hàng xuất khẩu phải nộp thuế nhập khẩu nh bình thờng, khi xuất khẩu sẽ đợc hoàn
thuế; 2) Việc miễn thuế cho hàng gia công cần áp dụng cho mọi đối tợng hàng gia công; 3) Hàng hoá nhập khẩu theo các dự án đầu t nớc ngoài cho hởng u đãi theo chế độ MFN. Các dạng miễn, giảm theo Luật Đầu t nớc ngoài trái với nguyên tắc phải đợc loại bỏ vì nó không phù hợp với thông lệ quốc tế.