Chương 2 HỆ GEN - ĐẶC ĐIỂM CẤU TRÚC VÀ HOẠT ĐỘNG CỦA GEN
2.3. Hoạt động của gen
2.3.3. Dịch mã và kiểm soát quá trình dịch mã
- Mã di truyền là trình tự sắp sếp các nucleotid trong gen(trên mạch khuôn) qui định trình tự sắp sếp các amino acid trong phân tử protêin.
- Trong DNA có 4 loại nucleotid (A,T,G,C) nhưng trong protein có khoảng hơn 20 loại amino acid. Đo đó, mã di truyền phải là mã bộ ba (Hay gọi là codon).
- Đặc điểm của mã di truyền:
+ Mã di truyền là mã bộ ba
+Mã di truyền có tính đặc hiệu: Một bộ ba chỉ mã hóa cho một amino acid
+ Mã di truyền có tính thoái hóa: Nhiều bộ ba khác nhau cùng mã hóa cho một amino acid
+ Mã di truyền có tính phổ biến: Tất cả các loài đều chung một bộ mã di truyền + Mã di truyền có tính liên tục: Mã di truyền được đọc từ 1 điểm xác định, theo từng bộ ba không gối lên nhau (Bảng 2.1)
45 Bảng 2.1: Bảng mã di truyền
2.3.3.2. Quá trình dịch mã a. Giai đoạn khởi đầu
* Ở prokaryote
- Các yếu tố khởi đầu (IF: initiation factor) Có các yếu tố khởi đầu xúc tác cho tiểu đơn vị nhỏ trong việc hình thành phức hợpkhởi đầu. Đó là IF1, IF2, IF3. Mỗi yếu tố khởi đầu có tác dụng như sau:
+ IF1 giúp tiểu đơn vị nhỏ gắn vào mRNA và ngăn cản các tRNA gắn vào vùng thuộcvị trí A trên tiểu đơn vị nhỏ.
+ IF2 là một protein gắn và thủy phân GTP. IF2 thúc đẩy sự liên kết giữa fMettRNAifMet và tiểu đơn vị nhỏ, ngăn cản những aminoacyl-tRNA khác đến gắn vào tiểu đơnvị nhỏ.
+ IF3 ngăn cản tiểu đơn vị nhỏ tái liên kết với tiểu đơn vị lớn và gắn với các tRNAmang amino acid. IF3 gắn vào tiểu đơn vị nhỏ vào cuối vòng dịch mã trước, nó giúp táchribosome 70S thành tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ.
Khi tiểu đơn vị nhỏ đã được gắn ba yếu tố khởi đầu, nó se gắn tRNA khởi đầu vàmRNA. Sự gắn hai RNA này là hoàn toàn độc lập với nhau
- Bước 1: Tiểu đơn vị nhỏ gắn vào codon khởi đầu.Sự liên kết giữa tiểu đơn vị nhỏ với mRNA được thực hiện thông qua sự bắt cặp basebổ sung giữa vị trí gắn ribosome và rRNA 16S. Các mRNA của vi khuẩn có một trình tựnucleotide đặc hiệu gọi là trình tự Shine Dalgarno (SD) gồm 5-10 nucleotide trước codon khởi đầu. Trình tự này bổ sung với một trình tự nucleotide gần đầu 3' của rRNA 16S. Tiểu đơn vị nhỏ được đặt trên mRNA sao cho codon khởi đầu được đặt đúng vào vị trí P khi tiểu đơn vị lớn gắn vào phức hợp.
- Bước 2: tRNA đầu tiên mang methionine biến đổi đến gắn trực tiếp với tiểu đơnvị nhỏ
Một tRNA đặc biệt được gọi là tRNA khởi đầu đến gắn trực tiếp với vị trí P (khôngqua vị trí A). tRNA này có anti codon (bộ ba đối mã) có thể bắt cặp với AUG hoặc GUG.Tuy nhiên tRNA này không mang methionine cung như valine mà mang
46 một dạng biến đổi của methionine gọi là N-formyl methionine. tRNA khởi đầu này được gọi là fMet-tRNAi-fMet.
Trong hoặc sau quá trình tổng hợp polypeptide, gốc formyl được loại bỏ bởi enzyme deformylase. Ngoài ra, aminopeptidase sẽ loại bỏ methionine cũng như một hoặc hai aminoacid kế tiếp ở đầu chuỗi polypeptide.
Bước 3: Hình thành phức hợp khởi đầu 70S: Bước gắn thêm tiểu đơn vị lớn để tạo thành phức hợp khởi đầu 70S diễn ra như sau: khi codon khởi đầu và fMet- tRNAifMet bắt cặp với nhau, tiểu đơn vị nhỏ thay đổi hình dạng làm giải phóng IF3.
Sự vắng mặt IF3 cho phép tiểu đơn vị lớn gắn vào tiểu đơn vị nhỏ đang mang các thành phần trên. Nhờ có tiểu đơn vị lớn gắn vào, hoạt tính GTPase của IF2-GTP được kích thích để thủy phân GTP. IF2-GDP tạo thành có ái lực thấp đối với ribosome và tRNA khởi đầu dẫn đến sự giải phóng IF2-GDP cũng như IF1. Như vậy, phức hợp khởi đầu cuối cùng được tạo thành bao gồm ribosome 70S được gắn tại codon khởi đầu của mRNA, với fMet-tRNAifMet tại vị trí P, còn vị trí A đang trống. Phức hợp này sẵn sàng tiếp nhận một tRNA mang amino acid vào vị trí A để bắt đầu tổng hợp polypeptide (Hình 2.7)
* Ở Eukaryote
- Bước 1: Sự hình thành phức hợp tiền khởi đầu 43S
Giai đoạn khởi đầu đòi hỏi sự hỗ trợ của hơn 30 protein khác nhau, mặc dù eukaryotecũng có những yếu tố khởi đầu tương ứng với prokaryote. Các yếu tố khởi đầu này được ký hiệu là eIF. Khi ribosome của eukaryote hoàn thành một chu trình dịch mã, nó tách rời ra thành tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ tự do thông qua tác động của các yếu tố eIF3 và eIF1A (tương tự với IF3 ở prokaryote). Hai protein gắn GTP là eIF2 và eIF5B làm trung gian thu hút tRNA khởi đầu đã gắn methionine đến tiểu đơn vị nhỏ. Chính yếu tố eIF5B-GTP là tương đồng với IF2-GTP của prokaryote.
Yếu tố này liên kết với tiểu đơn vị nhỏ theo phương thức phụ thuộc eIF1A. Rồi eIF5B- GTP giúp thu hút phức hợp eIF2-GTP và Met-tRNAiMet đến tiểu đơn vị nhỏ. Hai protein gắn GTP này cùng nhau đưa Met-tRNAiMet vào vùng thuộc vị trí P của tiểu đơn vị nhỏ. Kết quả, hình thành phức hợp tiền khởi đầu 43S.
- Bước 2: Sự nhận dạng mũ 5’ của mRNA
Quá trình này được thực hiện thông qua eIF4F. Yếu tố này có ba tiểu đơn vị, một tiểu đơn vị gắn vào mu 5', hai tiểu đơn vị khác gắn với RNA. Phức hợp này lại được gắn với eIF4B làm hoạt hóa một enzyme RNA helicase của một trong những tiểu đơn vị của eIF4F. Helicase này tháo xoắn tất cả các cấu trúc bậc hai được hình thành ở đầu tận cùng của mRNA. Phức hợp eIF4F/B và mRNA lại thu hút phức hợp tiền khởi đầu 43S đến thông qua tương tác giữa eIF4F và eIF3
- Bước 3: Tiểu đơn vị nhỏ tìm thấy codon khởi đầu bằng cách quét xuôi dòng từ đầu 5' của mRNA và sự hình thành phức hợp khởi đầu 80S
Một khi được gắn vào đầu 5' của mRNA, tiểu đơn vị nhỏ và các yếu tố liên kết với nó di chuyển dọc theo mRNA theo hướng 5' → 3' cho đến khi gặp trình tự 5'- AUG-3' đầu tiên mà nó nhận dạng là codon khởi đầu. Codon được nhận dạng bằng sự bắt cặp base bổ sung giữa anticodon (bộ ba đối mã) của tRNA khởi đầu và codon khởi đầu. Sự bắt cặp này thúc đẩyphóng thích eIF2 và eIF3 cho phép tiểu đơn vị lớn gắn được vào tiểu đơn vị nhỏ. Sự gắn này dẫn đến phóng thích các yếu tố khởi đầu còn lại thông qua sự thủy phân GTP dưới tác dụng của eIF5B. Cuối cùng, Met-tRNAiMet
47 được đưa vào vị trí P của phức hợp khởi đầu 80S. Lúc này, ribosome ở trong tư thế sẵn sàng tiếp nhận aminoacyl-tRNA vào vị trí A (Hình 2.8).
Hình 2.7: Khởi đầu dịch mã ở prokaryote Hình 2.8: Khởi đầu dịch mã ở eukaryote b. Giai đoạn kéo dài
- Tiến hành đơn giản trên cơ sở nguyên lý lặp lại. Sau khi Met được đặt vào vị trí đầu tiên của chuỗi peptide thì aminoacyl–tRNA kế tiếp có anticodon tương ứng với codon kế tiếp của mRNA sẽ đến xếp vào đúng vị trí trên ribosome nhờ một trong các tác nhân kéo dài EF.
- Có 2 vị trí đặc biệt trên tiểu ribosome nhỏ là vị trí A tiếp nhận aminoacyl-tRNA kế tiếp và vị trí P giữ phức hợp peptidyl-tRNA là chuỗi polypeptide đang hình thành vẫn còn gắn với tRNA ngay trước đó.
- Sự tiếp xúc giữa peptidyl-tRNA và aminoacyl –tRNA sẽ dẫn đến sự hình thành nên liên kết peptide gắnamino acido acid mới vào chuỗi polypeptide.
- Sự chuyển dịch (translocation): Một khi phản ứng peptidyl transferase xảy ra thì tRNA trong vị trí P không gắn với amino acid nữa, và chuỗi polypeptide đang hình thành được liên kết với tRNA trong vị trí A. Để một vòng kéo dài polypeptide mới xảy ra, tRNA ở vị trí P phải chuyển đến vị trí E và tRNA ở vị trí A chuyển đến vị trí P.
Đồng thời, mRNA phải di chuyển qua 3 nucleotide để ribosome tiếp xúc với codon tiếp theo. Những sự di chuyển này được gọi là sự chuyển dịch.
Bước đầu tiên trong chuyển dịch được song hành với phản ứng peptidyl transferase. Khi chuỗi peptide được chuyển sang tRNA ở vị trí A, đầu 3' của tRNA này hướng đến vùng vị trí P của tiểu đơn vị lớn, trong khi đầu anticodon vẫn còn nằm ở vị trí A. Tương tự, tRNA ở vị trí P nằm ở vị trí E của tiểu đơn vị lớn và vị trí P của tiểu đơn vị nhỏ.
48 Hình 2.9: Giai đoạn kéo dài dịch mã
Để hoàn thành sự chuyển dịch phải có sự tác động của một yếu tố kéo dài gọi là EFG. EF-G chỉ gắn vào ribosome khi được liên kết với GTP. Sau khi phản ứng peptidyl transferase xảy ra, sự thay đổi vị trí của tRNA ở vị trí A đã để lộ vị trí gắn cho EF-G.
Khi EF-G-GTP gắn vào vị trí này, nó tiếp xúc với trung tâm gắn yếu tố và kích thích thủy phân GTP. Sự thủy phân này làm thay đổi hình dạng của EF-G-GDP và cho phép nó với tới tiểu đơn vị nhỏ để thúc đẩy sự chuyển dịch của tRNA ở vị trí A. Khi sự chuyển dịch được hoàn thành, cấu trúc của ribosome giảm đáng kể ái lực với EF-G- GDP, điều này cho phép yếu tố kéo dài được phóng thích khỏi ribosome. Cùng với việc tRNA ở vị trí A chuyển đến vị trí P, tRNA ở vị trí P chuyển đến vị trí E và mRNA dịch chuyển ba nucleotide. Từ vị trí E, tRNA được phóng thích khỏi ribosome (Hình 2.9)
Hình 2.10: Giai đoạn kết thúc dịch mã c. Giai đoạn kết thúc
49 - Khi ribosome tiến đến và nhận biết dấu hiệu kết thúc dịch mã đó là vị trí của 1 trong số 3 codon UAG, UAA, UGA. Nhóm formyl của amino terminalmethionine thường bị loại bỏ nhờ enzyme deformylase trước khi tổng hợp chuỗi polypeptide kết thúc.
- Khi một trong ba codon kết thúc trên tiến vào vị trí A thì chuỗi polypeptide, tRNA ở vị trí P thì mRNA sẽ tách rời nhau khỏi ribosome và 2 tiểu đơn vị ribosome tách nhau ra. Quá trình kết thúc đòi hỏi cần có sự tham gia của 1 trong 2 protein, đó là nhân tố giải thoát kí hiệu là: RF-1 và RF-2. Hai tiểu ribosome tách rời nhau, trở về trạng thái tự do sẵn sàng bước vào một chu kỳ bắt đầu dịch mã mới (Hình 2.10)
d. Các nhân tố ức chế dịch mã
- Quá trình dịch mã bao gồm rất nhiều bước và tuân theo một quy tắc là không có một bước nào có thể xảy ra khi bước trước nó chưa hoàn thành. Tuy nhiên, điều này tạo ra một điểm yếu trong dịch mã là nếu chẳng may có một bước không hoàn thành thì toàn bộ quá trình phải bị ngừng lại. Vì vậy, dịch mã thường là điểm đích tác động của nhiều loại kháng sinh và các độc tố.
- Khoảng 40% các loại kháng sinh là những yếu tố ức chế dịch mã. Các kháng sinh này tiêu diệt vi khuẩn gây bệnh ở người hoặc động vật do nó tác động làm ngừng dịch mã ở vi khuẩn nhưng không ảnh hưởng đến dịch mã ở eukaryote, do quá trình dịch mã ở vi khuẩn và eukaryote có những điểm khác nhau có ý nghĩa, ví dụ ribosome khác nhau về kích thước và các thành phần. Nhiều kháng sinh gắn chọn lọc với ribosome của vi khuẩn và ức chế nhiều bước trong dịch mã nhưng không ảnh hưởng đến ribosome của eukaryote. Ví dụ tetracycline gắn vào vị trí A của ribosome vi khuẩn và ức chế sự đi vào của các aminoacyl - tRNA nhưng không hiệu quả trên ribosome của eukaryote. Những kháng sinh khác nhau thì ức chế các bước khác nhau trong quá trình dịch mã nên chúng thường được sử dụng để nghiên cứu sự hoạt động của bộ máy dịch mã, đặc biệt là puromycin. Do cấu trúc ba chiều của puromycin giống với đầu 3' của aminoacyl - tRNA nên nó có thể gắn vào vị trí A và ức chế sự đi vào đây của các aminoacyl - tRNA. Cầu nối peptide có thể được hình thành giữa puromycin tại vị trí A và chuỗi polypeptide tại vị trí P. Tuy nhiên, puromycin không gắn vào vị trí P nên sự chuyển dịch không xảy ra và chuỗi polypeptide gắn puromycin rời khỏi ribosome dù quá trình tổng hợp chưa kết thúc. Do cấu trúc của tRNA là tương tự nhau ở mọi sinh vật nên puromycin ức chế dịch mã ở cả vi khuẩn và tế bào eukaryote, hậu quả là nó tiêu diệt cả tế bào vật chủ cùng với vi khuẩn. Puromycin cũng được dùng để điều trị ung thư nhằm tiêu diệt tế bào khối u.
Câu hỏi ôn tập
Câu 1: Trình bày đặc điểm hệ gen ở prokaryote.
Câu 2: Trình bày đặc điểm hệ gen ở eukaryote.
Câu 3: So sánh hệ gen ở prokeryote và eukaryote?
Câu 4: Trình bày cấu trúc chung của một gen. Vẽ hình minh họa.
Câu 5: So sánh cấu trúc gen ở prokaryote và eukaryote?
Câu 6: Quá trình tái bản là gì? Trình bày các giả thiết của quá trình tái bản.
Câu 7: Mô tả quá trình tái bản DNA theo okazaki.
50 Câu 8: Trình bày quá trình phiên mã ở prokaryote.
Câu 9: Trình bày quá trình phiên mã ở eukaryote.
Câu 10: Trình bày quá trình thành thục mRNA
Câu 11: So sánh quá trình phiên mã ở prokaryote và eukaryote?
Câu 12: Quá trình dịch mã là gì? Nêu đặc điểm và chức năng của các thành phần tham gia quá trình dịch mã.
Câu 13: Trình bàydiễn biến của quá trình dịch mã.
Câu 14: So sánh quá trình dịch mã ở prokaryote và eukaryote
51
Chương 3