Bên cạnh việc mở ra nhiều cơ hội phát triển cho xuất khẩu thủy sản của Việt Nam, thị trường EU cũng ẩn chứa rất nhiều thách thức buộc các doanh nghiệp xuất khẩu Việt Nam phải vượt qua.
Sự thiếu kinh nghiệm thị trường, cùng với những thay đổi linh hoạt trong chính sách điều hành của Liên minh châu Âu (EU) khiến các doanh nghiệp xuất khẩu Việt Nam đối diện nhiều thách thức. Trong đó thách thức lớn nhất đối với xuất khẩu thủy sản là: An toàn vệ sinh thực phầm, truy nguyên nguồn gốc, và trách nhiệm với môi trường. Điển hình cho các thách thức trên là trong các quy định 2002/657/EC, 2003/181/EC, 2004/25/EC, Liên minh châu Âu quy định các dư lượng hóa chất cho phép đối với hàng thủy sản xuất khẩu vào thị trường EU, đặc biệt đối với mặt hàng xuất khẩu mang lại giá trị lớn nhất cho xuất khẩu thủy sản Việt Nam tại EU: là tôm và cá tra. Mặt hàng cá tra, và tôm xuất khẩu vào thị trường EU không được chứa các loại hóa chất như: Chloranphenicol, Nitrofuran, Malachite Green/ Leuco, Enrofloxacin
Tuy nhiên, theo Hiệp hội chế biến thuỷ sản ASEAN (AFA) thì việc không có clo- ramphennicol trong tôm gần như là không thể. Bởi nếu không dùng kháng sinh này tôm sẽ bị nhiễm khuẩn và lại vi phạm quy định của EU. Như vậy, có thể nói đây không chỉ là rào cản thương mại mà tiêu chuẩn chất lượng ngặt nghèo này sẽ gây nhiều khó khăn và tốn kém cho việc thực thi. Thứ nhất, sẽ phải tăng chi phí thương mại do phải chi thêm phí thanh tra - kiểm tra chất lượng. Thứ hai, sự gắt gao này có thể sẽ khiến các nước xuất khẩu sẽ phải tính đến con đường xuất khẩu vào
một nước khác không chịu quy định như vậy của EU rồi từ đó xuất khẩu vào khu vực này. Có thể nói, để tăng xuất khẩu vào EU, yêu cầu về tiêu chuẩn chất lượng có thể là một hạn chế và thách thức chính đối với Việt Nam. Ngoài các quy định khắt khe về dư lượng hóa chất, chất kháng sinh trong các mặt hàng thủy sản. Từ tháng 1/2010 lô hàng thủy sản khi xuất khẩu vào thị trường EU phải có thông tin về tàu khai thác, tên chủ tàu, phương tiện đánh bắt, vùng biển khai thác, loại sản phẩm và trọng lượng, giấy báo chuyển hàng trên biển... nhằm quản lý chặt chẽ đội tàu khai thác biển của các nước; bảo vệ đàn cá lớn, cá di cư từ biển này sang biển khác; bảo vệ môi trường biển.
Với đặc điểm các cơ sở nuôi trồng, và chế biến thủy sản ở Việt Nam có quy mô nhỏ lẻ nên việc thực hiện luật IUU gây rất nhiều khó khăn. Đặc biệt với các doanh nghiệp xuất khẩu mua nguyên liệu từ nguồn đánh bắt.
Người tiêu dùng EU ngày càng ưa chuộng, và có xu hưởng sử dụng các sản phẩm ăn liền, và chế biến nhanh. Trong khi hơn 70% sản phẩm XK từ Việt Nam là chế biến thô, hàm lượng các sản phẩm thủy sản giá trị gia tăng xuất khẩu sang EU thấp, khiến Việt Nam đang gặp không ít hạn chế khi XK thủy sản vào thị trường EU. Bởi vậy, việc nâng cao chất lượng sản phẩm, tập trung đẩy mạnh các sản phẩm thủy sản giá trị gia tăng là một thách thức đặt ra đối với các doanh nghiệp xuất khẩu, trong việc đầu tư ứng dụng công nghệ sản xuất tiên tiến vào sản xuất chế biến thủy sản.
Để thủy sản Việt Nam phát triển một cách bền vững, có năng lực cạnh tranh cao trên thị trường EU nói riêng, và trên thế giới, một phần không thể thiếu đó là sự định hướng, giám sát của các cơ quan quản lý, các nhà làm chính sách trong việc hoàn thiện khung pháp lý về an toàn vệ sinh thực phẩm theo chuỗi sản xuất và các tiêu chuẩn chất lượng của EU, thế giới. Cần xây dựng chiến lược dài hơi cho ngành thủy sản cả nước, các chiến lược tiếp thị, quảng bá sản phẩm tại các thị trường.