Chu trình bán hàng và ghi nhận doanh thu là một chu trình tương đối phức tạp, nó liên quan đến nhiều chu trình nghiệp vụ, trong quá trình kiểm toán thì
kiểm toán viên phải kết hợp với các khoản mục, chu trình khác nhau mới có thể hạn chế tối đa đựợc rủi ro có thể gặp phải. Trong kiểm toán doanh thu, những rủi ro lớn nhất mà kiểm toán viên phải đối mặt là việc doanh nghiệp hạch toán doanh thu trên sổ sách lớn hơn so với thực tế và ngược lại, doanh thu được doanh nghiệp phản ánh thấp hơn so với thực tế. Có nhiều nguyên nhân của sự sai lệch này, có cả chủ quan lẫn khách quan, nhưng nói chung đều làm cho báo cáo tài chính bị sai lệch và vì vậy kiểm toán viên phải hạn chế tối đa rủi ro này. Ngoài ra kiểm toán doanh thu còn có nhiều rủi ro trong việc phản ánh đúng kỳ đối với các khoản doanh thu được ghi nhận và các khoản hàng bán bị trả lại.
Thứ nhất, trường hợp doanh thu trên sổ sách được ghi nhận thấp hơn so với thực tế. Trường hợp này xảy ra khi doanh nghiệp không hạch toán các khoản thu đã đủ điều kiện để ghi nhận là doanh thu hoặc có thể hạch toán nhầm sang các tài khoản khác dẫn đến tình trạng doanh thu trên sổ sách nhỏ hơn doanh thu trên các chứng từ kế toán. Nguyên nhân có thể là do doanh nghiệp muốn giảm lãi, giãm thuế phải nộp cho ngân sách nhà nước, hoặc cũng có thể do sự sai xót trong việc ghi chép số liệu và sự yếu kém về năng lực chuyên môn của kế toán phụ trách dẫn đến việc phản ánh không đủ. Trường hợp này thường xảy ra với các công ty tư nhân.
Thứ hai, trường hợp doanh thu trên sổ sách được ghi nhận cao hơn so với thực tế. Trường hợp này cũng hay xảy ra đối với các doanh nghiệp mới được thành lập những doanh nghiệp đang trong thời gian được miễn thuế hoặc ưu đãi về thuế, Kế toán có thể phản ánh các khoản doanh thu chưa đủ điều kiện ghi nhận là doanh thu theo quy định ví dụ như các khoản ứng trước của khách hàng mà doanh nghiệp chưa giao hàng, chưa cung cấp dịch vụ, hoặc trong những trường hợp doanh nghiệp đã xuất hàng, đã cung cấp dịch vụ nhưng đang còn khúc mắc nào đấy trong thủ tục mua bán mà đối tác khách hàng chưa chấp nhận thanh toán. Ngoài ra còn có thể xảy ra trường hợp với các doanh nghiệp có nhiều đơn vị trực thuộc thì doanh thu có thể bị ghi trùng thay vì hạch toán vào
tài khoản doanh thu nội bộ. Cũng có thể do sai sót trong việc ghi chép các số liệu dẫn đến tình trạng số doanh thu phản ánh trên sổ sách cao hơn so với doanh thu trên các chứng từ kế toán.
Thứ ba, có thể tồn tại các khoản doanh thu được ghi nhận không đúng kỳ. Kế toán có thể phản ánh các khoản doanh thu không đúng kỳ đối với các khoản thu vào những ngày gần kề với ngày khoá sổ kế toán. Có thể những khoản mà khách hàng đã chấp nhận thanh toán nhưng doanh nghiệp chưa nhận được tiền thì có thể bị hạch toán nhầm sang doanh thu của kỳ sau, hoặc cũng có thể các khoản doanh nghiệp đã tiến hành cung cấp dịch vụ hoặc đã gửi hàng đến cho khách hàng nhưng chưa được chấp nhận thanh toán mà doanh nghiệp đã tiến hành xuất hoá đơn và ghi chép như là một khoản doanh thu trong kỳ này.
Thứ tư, doanh thu hàng bán bị trả lại có thể không chuẩn so với thực tế, mà thưòng là thấp hơn, đặc biết là với những doanh nghiệp có nhiều hàng bị trả lại.
Việc kế toán doanh thu hạch toán không chính xác như những trường hợp trên là do kế toán chưa nắm bất đựoc hết các quy định hiện hành về việc ghi nhận doanh thu, cũng có thể do kế toán trình độ nhận thức và trình độ nghiệp vụ chưa cao, quá trình phản ánh lên sổ có thể có sai sót. Ngoài ra có một nguyên nhân mang tính chủ quan cũng rất cần lưu tâm đó là doanh nghiệp có chủ ý làm vậy để dấu doanh thu, làm giảm khoản thuế phải nộp cho nhà nước hoặc ghi tăng doanh thu để làm đẹp hơn bản báo cáo tài chính cuối kỳ, kiểm toán viên trong quá trình kiểm toán cần phải nhận thức được những vấn đề này.