Ngành Ngân hàng nói chung và BIDV Hậu Giang nói riêng phải chịu nhiều rủi ro khác nhau. Rủi ro Ngân hàng bao gồm 4 loại rủi ro cơ bản gồm rủi ro tín dụng phát sinh từ phía khách hàng vay và do việc đối tác không thực hiện nghĩa vụ đến hạn của mình với BIDV. Rủi ro thanh khoản phát sinh do Ngân hàng khơng có khả năng thanh tốn hoặc phải huy động nguồn vốn có chi phí q cao để đáp ứng khả năng thanh toán. Rủi ro thị trường phát sinh do những thay đổi bất thường về giá như lãi suất, tỷ giá hối đoái, giá chứng khoán do Ngân hàng nắm giữ và giá các tài sản khác do Ngân hàng nắm giữ trong quá trình hoạt động kinh doanh dưới dạng tài sản bảo đảm hoặc các loại khác và rủi ro tác nghiệp. Các Ngân hàng thương mại Việt Nam nói chung và BIDV Hậu Giang nói riêng coi rủi ro tín dụng là rủi ro lớn nhất bởi các hoạt động tín dụng vẫn là hoạt động chủ yếu của các Ngân hàng thương mại Việt Nam
Về công tác huy động vốn cũng gặp khơng ít khó khăn, do đời sống của người dân còn nghèo, chủ yếu là nông nghiệp dẫn đến nguồn vốn huy động từ trong dân cũng không cao
Nguồn vốn huy động từ trong dân không đủ nên dẫn đến Ngân hàng phải sử dụng vốn điều chuyển và vốn từ các quỹ khác để hoạt động kinh doanh, nên lợi nhuận sẽ khơng được nhiều
Tình hình xuất nhập khẩu nơng – thủy sản thời gian qua gặp nhiều khó khăn, dẫn đến giảm hiệu quả kinh doanh của các Doanh nghiệp tên địa bàn, trong đó có nhiều khách hàng của Ngân hàng, làm ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của Ngân hàng
Công tác quản lý của cơ quan Nhà nước còn nhiều sơ hở, một số Doanh nghiệp các thể đã lợi dụng để lừa đảo
Điều kiện pháp lý trong hoạt động cho vay điển hình như việc thế chấp, xử lý tài sản thế chấp trong thi hành án gặp nhiều rắc rối, thời gian xử lý kéo dài hoàn toàn bị động, phụ thuộc vào các cơ quan pháp luật
Nguồn vốn của Ngân hàng có xu hướng giảm do vốn huy động có hạn, cịn vốn điều chuyển thì đang giảm, do đó vốn là vấn đề mà Ngân hàng quan tâm hàng đầu
Ngân hàng Đầu Tư và Phát Triển Hậu Giang là một Ngân hàng thương mại Nhà nước hoạt động chủ yếu là cho vay theo chính sách và theo chỉ đạo trực tiếp của Nhà nước. Mặc dù BIDV Hậu Giang đã tiến hành trích lập dự phịng đáng kể đối với các khoản nợ xấu, nhà đầu tư cần biết rằng BIDV Hậu Giang có thể phải trích lập dự phịng bổ sung và xóa bỏ khoản vay chính sách và các khoản nợ khác phụ thuộc vào việc Chính phủ Việt Nam có tiếp tục coi các khoản nợ đó có rủi ro tín dụng hay khơng. Ngồi ra BIDV Hậu Giang phụ thuộc vào Nhà nước về vốn tự có và các nguồn vốn khác nhằm đảm bảo có đủ vốn để thực hiện chiến lược kinh doanh của mình và đảm bảo các tỷ lệ thanh khoản và an toàn vốn theo quy định
Ngân hàng đang phải đối mặt trước sự cạnh tranh quyết liệt giữa các Ngân hàng thương mại khác trên cùng địa bàn tỉnh Hậu Giang, vì vậy hoạt động tín dụng của Ngân ngày càng khó khăn hơn. BIDV Hậu Giang hiện đang chịu áp lực cạnh tranh ngày càng tăng từ các Ngân hàng thương mại và các chi nhánh Ngân hàng khác tại Hậu Giang. Nếu Hậu Giang mở cửa thị thường đối với các Ngân hàng thương mại khác thì sự cạnh tranh từ các Ngân hàng sẽ ngày càng tăng mạnh
Hậu Giang là tỉnh được tách ra không lâu từ tỉnh Cần Thơ nên nền kinh tế còn chưa phát triển mạnh đã gây khó khăn khơng ít cho BIDV Hậu Giang trong việc triển khai các loại hình dịch vụ tín dụng của Ngân hàng