Năm 2005, chỉ số tổng hợp này bao gồm 09 chỉ số thành phần, mỗi chỉ số thành phần lý giải khá nhiều sự khác biệt về phát triển kinh tế giữa các tỉnh của Việt Nam. Do bước đầu thực hiện nên chỉ số PCI năm 2005 mới chỉ đánh giá và xếp hạng môi trường kinh doanh và chính sách phát triển khu vực KTTN của 42 tỉnh, thành phố trên cả nước.
Năm 2006, chỉ số PCI đã có thêm hai chỉ số thành phần mới (Thiết chế pháp lý và Đào tạo lao động) được đưa vào để phản ánh hai khía cạnh quan trọng khác về nỗ lực của chính quyền tỉnh nhằm cải thiện mơi trường kinh doanh ở địa phương. Ngồi ra, hệ thống chỉ tiêu của các chỉ số thành phần hiện có cũng được xây dựng với quy mơ dữ liệu lớn hơn, chất lượng phân tích tốt hơn và tồn diện hơn với đủ 64 tỉnh, thành phố trên cả nước.
Chỉ số Năng lực Cạnh tranh Cấp tỉnh (PCI) (– A)năm 2007 tiếp tục đo lường và đánh giá thực tiễn điều hành kinh tế của chính quyền tỉnh và qua đó thúc đẩy sự phát triển khu vực KTTN của 64 tỉnh/thành phố ở Việt Nam. Phương pháp luận của PCI 2007 vẫn gần giống như năm 2006. Tất cả các chỉ tiêu, chỉ số thành phần và trọng số đều giống hệt như năm trước, ngoại trừ tỉ trọng nợ của DNNN đối với các Ngân hàng Nhà nước. Tuy nhiên chỉ tiêu này phải lược bỏ do một số ngân hàng đang cổ phần hóa. Ngồi ra, để có thể sánh giữa các năm, quy trình tính theo thang điểm có chút thay đổi. Đó là cơng thức tính điểm:
A = {9*[Điểm của tỉnh – Điểm nhỏ nhất của mẫu)/(Điểm lớn nhất của mẫu – Điểm nhỏ nhất của mẫu)] +1}
Nếu như năm 2006, chỉ tiêu cao phản ánh chất lượng điều hành khơng tốt thì năm 2007 thay vì lấy điểm nhỏ nhất hoặc lớn nhất trong mẫu của một năm sẽ lấy giá trị của hoặc năm 2006 hoặc năm 2007. Do đó, điểm sau khi được chuẩn hóa có thể cho
thấy ngay bước tiến hay bước lùi theo thời gian. Ngồi ra, q trình thu thập số liệu trong năm 2007 được đặc biệt chú ý để thu được số liệu đáng tin cậy nhất. Quá trình này bao gồm việc nhập số liệu, có kiểm tra chéo, cơ sở dữ liệu tự động không cho nhập những giá trị sai hoặc ngoàikhoảng cho phép. Chỉ số PCI 2007 một lần nữa khẳng định điều hành kinh tế tốt sẽ dấn tới sự khác biệt.
Tiếp theo những thành tựu thu được từ các chỉ số PCI 2006 và PCI 2007, chỉ số PCI 2008 đã phản ánh khá chân thực và rõ nét về môi trường kinh doanh của các tỉnh, thành phố trên cả nước với nhiều biến động đáng ngạc nhiên trong bảng xếp hạng. Với vị thế dẫn đầu trong bản xếp hạng PCI trong 3 năm liền, Bình Dương đã để mất danh hiệu quán quân vào tay Đà Nẵng. Ngoài ra, điểm số của năm 2008 ở tất cả các nhóm xếp hạng nhìn chung thấp hơn so với các năm trước.
Chỉ số PCI 2009, đánh dấu năm thứ năm xây dựng và công bố báo cáo, cũng là một mốc đặc biệt quan trọng. Do ảnh hưởng từ tình trạng suy thối tồn cầu, tâm lý lạc quan của doanh nghiệp đã giảm so với những năm trước. Tỷ lệ doanh nghiệp tư nhân tại Việt Nam dự định mở rộng hoạt động kinh doanh của mình trong hai năm tới giảm rõ rệt so với 2008. Cũng trong năm này, Chính phủ đã có một số chính sách có tác động đáng kể đến phân tích chỉ số PCI. Tiêu biểu là việc sáp nhập tỉnh Hà Tây và một số đơn vị hành chính thuộc các tỉnh lân cận với Hà Nội đã có những tác động lớn và toàn diện đến hoạt động của khu vực KTTN ở các địa phương này dẫn đến những thay đổi trong chỉ số PCI 2009. Ngoài việc thay đổi trong phương pháp luận (thay đổi lớn nhất ở phương pháp tính trọng số), với tình hình cổ phẩn hóa mạnh mẽ khối doanh nghiệp nhà nước, PCI2009 đã lược bỏ chỉ tiêu thành phần “Ưu đãi doanh nghiệp nhà nước” do không còn phù hợp.