Trờn cơ sở tỡnh hỡnh và nhiệm vụ của cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ, bộ mỏy cơ quan bảo vệ chớnh trị nội bộ được thành lập qua cỏc thời kỳ:
Ngày 12/9/1962, Ban Bớ thư Trung ương Đảng khoỏ III ban hành Nghị quyết số 57-NQ/TW, thành lập Ban Thẩm tra chớnh trị đội ngũ cỏn bộ, đảng viờn ở Trung ương (gọi tắt là Ban Thẩm tra Trung ương) do đồng chớ Lờ Đức Thọ, Uỷ viờn Bộ Chớnh trị, Trưởng Ban Tổ chức Trung ương làm Trưởng Ban. Nhiệm vụ của Ban Thẩm tra Trung ương là giỳp Trung ương định ra kế hoạch thẩm tra chớnh trị đội ngũ cỏn bộ, đảng viờn ở cỏc ngành, cỏc cấp; thẩm tra chớnh trị và đề nghị kết luận đối với cỏn bộ thuộc diện Trung ương quản lý, hoặc kết luận đối với cỏn bộ (cú vấn đề chớnh trị) do Trung ương uỷ quyền. Cơ quan chuyờn trỏch giỳp việc là Vụ Bảo vệ Đảng của Ban Tổ chức Trung ương. Ở cỏc ban tổ chức tỉnh, thành uỷ trực thuộc Trung ương, đồng chớ Trưởng ban trực tiếp phụ trỏch cụng tỏc bảo vệ Đảng. Khi thực hiện Chỉ thị số 192-CT/TW (ngày 26/10/1971) về “Đưa những người khụng đủ tư cỏch đảng viờn ra khỏi Đảng” thỡ cú thờm cỏn bộ chuyờn trỏch, giỳp việc trong Ban Tổ chức tỉnh, thành uỷ.
Ở miền Nam, sau chiến thắng 30/4/1975, ngày 26/7/1975, Thường vụ Trung ương Cục miền Nam ra Nghị quyết thành lập Ban bảo vệ Đảng ở Trung ương Cục và cỏc tỉnh. Sau Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ IV, ngày 15/3/1977, Ban Bớ thư Trung ương Đảng ra Quyết định số 01-QĐ/TW thành lập “Tiểu ban đặc biệt ở Trung ương và cỏc tỉnh, thành uỷ phớa Nam” để tiếp tục làm cụng tỏc bảo vệ Đảng.
Ngày 12/6/1993, Bộ Chớnh trị ra Quyết định số 70-QĐ/TW về việc thành lập Ban Bảo vệ chớnh trị nội bộ Trung ương. Ở địa phương: Thành uỷ thành phố Hồ Chớ Minh, Hà Nội, Hải Phũng, Thừa Thiờn Huế, Bà Rịa - Vũng Tàu, Cần Thơ, tổ chức Ban Bảo vệ chớnh trị nội bộ trực thuộc thành uỷ, tỉnh uỷ do một Uỷ viờn Thường vụ trực tiếp phụ trỏch. Ở thành phố Hồ Chớ Minh và thành phố Hà Nội, đồng chớ Bớ thư, hoặc phú bớ thư trực tiếp phụ trỏch... Cỏc tỉnh cũn lại và cỏc Đảng đoàn, Ban cỏn sự đảng chưa lập Ban Bảo vệ chớnh trị nội bộ, phõn cụng từ 3 đến 5 cỏn bộ, do một uỷ viờn thường vụ tỉnh uỷ hoặc một uỷ viờn đảng đoàn, ban cỏn sự đảng trực tiếp phụ trỏch.
Sau khi Bộ Chớnh trị ban hành Quyết định thành lập Ban Bảo vệ chớnh trị nội bộ Trung ương, ngày 15/6/1994, Ban Bớ thư Trung ương Đảng chỉ đạo thành lập Ban Bảo vệ chớnh trị nội bộ trực thuộc cỏc tỉnh uỷ, thành uỷ ở cỏc tỉnh phớa Nam (từ Quảng Trị trở vào) và cỏc tỉnh biờn giới phớa Bắc. Cỏc đảng uỷ khối, ban cỏn sự đảng, đảng đoàn trực thuộc Trung ương cú một số cỏn bộ chuyờn trỏch giỳp cấp uỷ làm cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ. Thực hiện Nghị quyết Trung ương 7, khoỏ VIII, ở cỏc tỉnh uỷ, thành uỷ cơ quan Bảo vệ chớnh trị nội bộ thu gọn lại thành Phũng Bảo vệ chớnh trị nội bộ, riờng Thành uỷ thành phố Hồ Chớ Minh cú Ban Bảo vệ chớnh trị nội bộ trực thuộc thành uỷ.
Quyết định số 42-QĐ/TW, ngày 15/7/2002 của Bộ Chớnh trị "về chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ mỏy của Ban Bảo vệ chớnh trị nội bộ Trung ương", quy định cơ cấu tổ chức của Ban gồm cỏc vụ và đơn vị: Văn phũng; Vụ nghiờn cứu tổng hợp; Vụ Địa phương I; Vụ Địa phương II; Vụ Địa phương III; Vụ IV; Vụ Hồ sơ; Bản tin Bảo vệ chớnh trị nội bộ. Lónh đạo Ban gồm Trưởng Ban và cỏc Phú trưởng ban.
Tổ chức bảo vệ chớnh trị nội bộ ở cỏc tỉnh uỷ, thành uỷ là phũng Bảo vệ chớnh trị nội bộ do đồng chớ Phú bớ thư thường trực hoặc Trưởng Ban tổ chức phụ trỏch, biờn chế từ 5 đến 7 cỏn bộ. Ở cỏc Ban Cỏn sự Đảng, Đảng đoàn, Đảng uỷ, một số nơi lập Ban, một số nơi lập Phũng bảo vệ chớnh trị nội bộ, biờn chế từ 3 đến 4 cỏn bộ.
Thực hiện Quyết định số 43-QĐ/TW của Bộ Chớnh trị, ngày 11/4/2007, hợp nhất Ban Bảo vệ chớnh trị nội bộ Trung ương với Ban Tổ chức Trung ương thành Ban Tổ chức Trung ương. Ban Tổ chức Trung ương là cơ quan thực