Ở một số nơi, cấp ủy và người đứng đầu vẫn chưa thật sự quan tõm đỳng mức đến cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ, chưa xỏc định được vị trớ, vai trũ và tầm quan trọng của cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ; quỏ trỡnh thực hiện thiếu sự kiểm tra, đụn đốc thường xuyờn dẫn đến hạn chế hiệu quả của cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ, đặc biệt trong một số lĩnh vực như nắm tỡnh hỡnh chớnh trị nội bộ, tỡnh hỡnh chớnh trị hiện nay của cỏn bộ, đảng viờn.
Cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ thời gian qua mới chỉ tập trung chủ yếu vào việc giải quyết vấn đề lịch sử chớnh trị, chưa quan tõm đỳng mức đến vấn đề chớnh trị hiện nay, trong khi đú, vấn đề “tự diễn biến”, “tự chuyển hoỏ” cú xu hướng ngày càng tăng và lan rộng trong xó hội núi chung và trong nội bộ Đảng núi riờng nhưng khụng nắm chắc, khụng được phỏt hiện sớm, nhất là ở cấp cơ sở. Cỏ biệt cú một số nơi quỏn triệt, thực hiện cỏc văn bản quy định, hướng dẫn của Đảng về cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ chưa sõu, chưa toàn diện, thậm chớ xử lý cú trường hợp chưa đỳng.
Quỏ trỡnh thực hiện cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ cũn cú sự vận dụng lỏng lẻo, hoặc mỏy múc những quy định và hướng dẫn của Trung ương dẫn đến cú những trường hợp cựng nội dung, bản chất vụ việc nhưng mỗi nơi lại giải quyết theo mỗi cỏch khỏc nhau.
Trong cụng tỏc phối hợp, việc tổ chức giao ban, trao đổi thụng tin chưa được thực hiện thường xuyờn, kịp thời; nội dung thụng tin trao đổi cũn hạn chế chưa cụ thể. Cỏc cơ quan phối hợp đó khụng chủ động cung cấp, trao đổi thụng tin cho cơ quan cú trỏch nhiệm dẫn đến cụng tỏc đấu tranh, phũng ngừa cũn nhiều hạn chế. Cụng tỏc phối hợp giải quyết đơn thư khiếu nại, tố cỏo liờn quan đến vấn đề lịch sử chớnh trị nhiều trường hợp cũn chậm so với yờu cầu. Mối quan hệ giữa cỏc cơ quan làm cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ và cỏc ban xõy dựng Đảng, cỏc cơ quan chức
năng liờn quan chưa được chặt chẽ, chưa thật sự gắn kết nhiệm vụ bảo vệ chớnh trị nội bộ với nhiệm vụ xõy dựng, chỉnh đốn Đảng .
Một số nội dung của Quy định số 57-QĐ/TW ngày 03/5/2007 và Thụng bỏo số 104-TB/TW ngày 27/9/2012 cũng như cỏc hướng dẫn của Ban Tổ chức Trung ương chưa được cụ thể dẫn đến mỗi nơi cú sự vận dụng khỏc nhau khi xem xột, xử lý và đưa ra kết luận đối với những trường hợp cú vấn đề về chớnh trị cần xem xột. Cỏc tiờu chớ về chớnh trị hiện nay chưa cụ thể, chưa định lượng rừ ràng, khú ỏp dụng nờn việc giải quyết vấn đề chớnh trị hiện nay cũn hạn chế.
Cụng tỏc quản lý cỏn bộ, đảng viờn cú liờn quan đến yếu tố nước ngoài, cỏn bộ, đảng viờn, lưu học sinh, người lao động làm việc ở nước ngoài cũn nhiều bất cập. Cỏc ngành chức năng khụng nắm được đầy đủ số lượng, ngành học, nơi học của lưu học sinh và người lao động ở nước ngoài. Chưa cú cơ chế phối hợp và phõn cụng, phõn cấp quản lý giữa bộ, ngành, địa phương dẫn đến chưa thống nhất và chưa cú cơ quan nào quản lý. Việc tuyển chọn, cử người đi học tập ở nước ngoài cũn chưa chặt chẽ, để lọt cỏc đối tượng bất món, cơ hội, tạo điều kiện cho cỏc thế lực thự địch lụi kộo tham gia vào cỏc hoạt động chống phỏ Đảng, Nhà nước.
Nguyờn nhõn của những tồn tại, hạn chế trong cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ:
Cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ nhiều nơi, nhiều lỳc cũn bị xem nhẹ. Ở nhiều nơi, cấp ủy đó khụng sử dụng đến hoặc khụng phỏt huy được chức năng của cơ quan bảo vệ chớnh trị nội bộ trong cụng tỏc xõy dựng Đảng, đặc biệt trong việc đỏnh giỏ, bố trớ, đề bạt, bổ nhiệm cỏn bộ.
Trong cụng tỏc bảo vệ chớnh trị nội bộ, vai trũ, trỏch nhiệm của cấp ủy và người đứng đầu cấp ủy, đặc biệt là ở cơ sở chưa được đề cao. Những vấn đề cũn tồn tại liờn quan đến chớnh trị nội bộ hiện nay chủ yếu phỏt sinh từ cơ sở, từ tổ chức đảng cơ sở nhưng khụng được phỏt hiện, uốn nắn và chấn chỉnh kịp thời.
Sau khi hợp nhất với Ban Tổ chức, tổ chức bộ mỏy, chức năng nhiệm vụ, thẩm quyền hoạt động của cơ quan Bảo vệ chớnh trị nội bộ bị thu hẹp. Hiện nay, cơ quan Bảo vệ chớnh trị nội bộ cỏc cấp chủ yếu vẫn chỉ được giao thẩm tra, xỏc
minh những trường hợp cú vấn đề về lịch sử chớnh trị cũn những vấn đề về chớnh trị hiện nay thỡ hầu như chưa được giao trỏch nhiệm, nhất là việc theo dừi, phỏt hiện và xử lý cỏn bộ, đảng viờn cú vấn đề về chớnh trị hiện nay.
Chưa xỏc định rừ được phạm vi trỏch nhiệm, quyền hạn của cơ quan bảo vệ chớnh trị nội bộ Đảng với cỏc cơ quan bảo vệ phỏp luật trong cụng tỏc bảo vệ Đảng, bảo vệ cỏn bộ, đảng viờn, nhất là việc theo dừi, xử lý cỏc trường hợp cỏn bộ, đảng viờn vi phạm quy định của Đảng, phỏp luật của Nhà nước. Cỏc cơ quan vỡ lý do giữ nguyờn tắc nghiệp vụ của mỡnh đó khụng thụng tin, trao đổi kịp thời với nhau về cỏc hiện tượng, đối tượng vi phạm, dẫn đến hạn chế hiệu quả việc phỏt hiện sớm để phũng ngừa, ngăn chặn.