Sở Tài chính Phú n có Giám đốc và 02 Phó Giám đốc.
Sở Tài chính Phú n có 08 tổ chức, phịng ban chuyên môn trực thuộc:
- Văn phòng Sở;
- Thanh tra;
- Phòng Quản lý Ngân sách;
- Phịng Tài chính – Hành chính sự nghiệp;
- Phịng Đầu tƣ;
- Phịng Tài chính doanh nghiệp;
- Phịng Quản lý Cơng sản – Vật giá;
- Phòng Tin học – Thống kê.
Văn phòng Sở: Tham mƣu, giúp Giám đốc Sở trong công tác tổ chức cán bộ, bảo vệ nội bộ của Sở; quản lý cán bộ, công chức; quản lý biên chế quỹ tiền lƣơng; thực hiện chế độ chính sách theo quy định; tổng hợp, thống kê, kế hoạch, thông tin, báo cáo ; theo dõi công tác thi đua, khen thƣởng; quản lý công tác văn thƣ lƣu trữ và quản trị văn phòng.
Thanh tra: Tham mƣu, giúp Giám đốc Sở thực hiện thanh tra chuyên ngành tài chính trong phạm vi, quyền hạn đƣợc giao. Thanh tra có con dấu riêng để hoạt động.
Phòng Quản lý ngân sách: Tham mƣu, giúp Giám đốc Sở thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nƣớc về lĩnh vực tài chính ngân sách.
Phịng Tài chính – Hành chính sự nghiệp: Tham mƣu, giúp Giám đốc Sở về cơng tác quản lý, cấp phát kinh phí, thẩm định quyết tốn tài chính của các đơn vị quản lý hành chính và các đơn vị sự nghiệp trong tỉnh.
Phòng Đầu tƣ: Tham mƣu, giúp Giám đốc Sở về công tác quản lý, cấp phát, quyết toán vốn đầu tƣ xây dựng cơ bản đƣợc đầu tƣ bằng nguồn vốn ngân sách nhà nƣớc.
Phịng Tài chính doanh nghiệp: Tham mƣu, giúp Giám đốc Sở thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nƣớc về tài chính doanh nghiệp.
Phịng Quản lý Cơng sản – Vật giá: Tham mƣu, giúp Giám đốc Sở thực hiện nhiệm quản lý, sử dụng tài sản nhà nƣớc, và phân cấp quản lý nhà nƣớc về tài sản nhà nƣớc, về quản lý giá thuộc phạm vi quản lý của tỉnh.
Phòng Tin học và Thống kê: Tham mƣu, giúp Giám đốc Sở thực hiện nhiệm vụ ứng dụng công nghệ tin học trong lĩnh vực tài chính; thực hiện cơng tác thống kê.