Đa hình đơn nucleotide rs1799796 nằm trên vùng intron 5 của gen
XRCC3, tại vị trí nucleotide số 17893. Tỉ lệ của allen G của những chủng tộc
khác nhau là không giống nhau. Tỉ lệ SNP rs1799796 trong nghiên cứu của Auranen là 0,33 trên người da trắng tại Anh, Hoa Kì và Đan Mạch. Tại Ả Rập Saudi, theo kết quả nghiên cứu của Alaa Mohammed Ali và cộng sự là 0.402[23].
Trên thế giới đã có nhiều nghiên cứu về đa hình gen XRCC3 rs1799796 với nguy cơ mắc bệnh UTV nhưng kết quả thu được khác nhau tuỳ từng nghiên cứu. Theo Bettina Kuschel (2002) nghiên cứu trên 2205 ca bệnh và
1806 phụ nữ Anh khỏe mạnh, cho thấy alen G làm giảm nguy cơ mắc ung thư vú, so sánh tỉ lệ AG/AA và GG/AA cho kết quả OR= 0,8 ; 95% CI lần lượt là 0,6 – 1,0 và 0,7 -0,9 ; p = 0,008[7 ]. Cũng tương tự kết quả, theo nghiên cứu của He (2012), kết quả cho thấy ở mẫu cộng hợp có OR = 0.90, 95% CI = 0.82-0.99 và mẫu trội hồn tồn có OR = 0.94, 95% CI = 0.89-0.99 [22]. Tại Ả Rập Saudi, theo nghiên cứu của Alaa Mohammed Ali và cộng sự, các kiểu gen và tần số alen của rs1799796 A>G đã không cho thấy một sự khác biệt khi so sánh giữa nhóm chứng và nhóm bệnh. Tuy nhiên, tần số của SNP rs1799796 A>G khác biệt đáng kể ở những bệnh nhân có độ tuổi phát hiện bệnh khác nhau, loại khối u, tình trạng ER và HER2. Allen A xuất hiện với tần số cao hơn trong nhóm ER- và HER2-. Kết quả cịn cho thấy một số thay đổi trong gen XRCC3 có thể góp phần vào độ nhạy của gen với ung thư vú [23].
Tại Việt Nam, cho đến nay chưa có nghiên cứu nào về đa hình đơn nucleotid rs1799796 của gen XRCC3 trên bệnh nhân UTV. Và đây cũng là lý do chúng tôi thực hiện đề tài này.
1.3. Các kỹ thuật sinh học phân tử phát hiện đa hình đơn nucleotide
1.3.1. Kỹ thuật PCR
Nguyên tắc của phản ứng PCR dựa trên cơ sở tính chất biến tính, hồi tính của DNA và nguyên lý tổng hợp DNA nhờ hoạt tính của các DNA polymerase. Với nguyên liệu là bốn loại nucleotide, enzyme DNA polymerase xúc tác sự tổng hợp một mạch DNA mới từ mạch DNA khn. Phản ứng địi hỏi sự có mặt của những mồi xi và mồi ngược có trình tự bổ sung với hai đầu của trình tự DNA khn.
Phản ứng PCR là một chuỗi nhiều chu kỳ nối tiếp nhau, mỗi chu kỳ gồm ba giai đoạn khác biệt nhau và được điều hòa bởi nhiệt độ :
DNA khn bị biến tính bởi nhiệt độ (thường là 940C - 95 0C), tách khỏi nhau thành 2 chuỗi đơn.
- Giai đoạn 2: là giai đoạn bắt cặp (annealing). Nhiệt độ được hạ thấp cho phép các đoạn oligonucleotide gắn với sợi DNA khuôn. Nhiệt độ dao động trong khoảng 400C - 700C tùy thuộc Tm của các mồi sử dụng. Trong quá trình gắn mồi, enzym DNA polymerase bền với nhiệt sẽ được hoạt hóa và bắt đầu giai đoạn kéo dài mồi.
- Giai đoạn 3: là giai đoạn tổng hợp hay kéo dài (extension). Nhiệt độ được tăng lên 72o- là nhiệt độ tối ưu của enzym xúc tác quá trình kéo dài. Thời gian phụ thuộc vào độ dài của trình tự DNA cần khuếch đại, thường kéo dài từ 30 giây đến nhiều phút.
Sau mỗi chu kỳ các chuỗi đôi DNA mới tạo thành sẽ tiếp tục được dùng để làm các DNA khuôn cho sự tổng hợp các DNA mới trong chu kỳ tiếp theo. Sản phẩm cuối cùng của phản ứng PCR là đoạn DNA chuỗi đơi có chiều dài bằng khoảng cách giữa hai đoạn gen mồi, và hai đầu tận cùng của sản phẩm được xác định bởi đầu tận cùng 5’ của hai đoạn gen mồi.