Thuốc BVTV được chia thành từng nhóm theo cơng dụng của chúng: thuốc trừ sâu, thuốc trừ nhện hại cây, thuốc trừ tuyến trùng, thuốc trừ ốc sên, thuốc trừ chuột, thuốc trừ chim hại mùa màng, thuốc trừ động vật hoang hại mùa màng, thuốc trừ sâu bệnh hại nông sản trong kho, thuốc trừ nấm (còn gọi thuốc trừ sâu bệnh), thuốc trừ cỏ dại, thuốc trừ thân cây mộc, thuốc làm rụng lá cây, thuốc làm khơ cây, thuốc điều hịa sinh trưởng.
Được sử dụng phổ biến nhất trong những nhóm thuốc BVTV trên là các nhóm thuốc trừ sâu, thuốc trừ bệnh và thuốc trừ cỏ dại. Tuy nhiên mỗi loại thuốc BVTV chỉ diệt trừ một số loại dịch hại nhất định, chỉ thích hợp vời những điều kiện nhất định như thời tiết, đất đai, cây trồng, kỹ thuật canh tác…
Thuốc trừ sâu: Dùng để phòng trừ các loại côn trùng gây hại cây trồng trên đồng ruộng, côn trùng gây hại nông sản trong kho. Một số ít thuốc trừ sâu có tác dụng phòng trừ đối với nhện đỏ hại cây.
Thuốc trừ nấm: Còn gọi là thuốc trừ bệnh cây được dùng để phòng trừ nhiều loại vi sinh vật gây bệnh cho cây trồng và nông sản. Tuy tên gọi là thuốc trừ nấm nhưng nhóm thuốc này khơng những có hiệu lực phịng trừ nấm ký sinh, mà cịn có tác dụng phòng trừ vi khuẩn gây hại cho cây trồng và nông sản.
Thuốc trừ cỏ dại: Dùng để diệt trừ các loại thực vật hoang dại (cỏ dại, cây dại)
mọc lẫn vời cây trồng, tranh chấp nước, chất dinh dưỡng, ánh sáng với cây trồng, khiến cây sinh trưởng và phát triển kém, ảnh hưởng xấu đến năng suất cây trồng và phẩm chất nông sản.