Quan sát mẫu giải phẫu tươi có thể được thực hiện ngay tại trại ni hay chỉ cần có kính hiển vi và các dụng cụ tiểu phẫu đơn giản là có thể thực hiện được nhằm giúp đánh giá tình trạng sức khỏe tơm/cá ni và phán đốn những ngun nhân có thể gây bùng phát bệnh. Những phương pháp trình bày dưới đây thường được sử dụng trong chẩn đốn bệnh tơm. Ở cá, các kỹ thuật này cũng được áp dụng khá tương tự. Thông tin chi tiết về các phương pháp cơ bản trong chẩn đốn bệnh cá có thể tham khão thêm trong tài liệu hướng dẫn chẩn đoán bệnh thủy sản (Asia Diagnostic guide for aquatic animal disease, FAO fisheries technical paper 402/2) hoặc trong giáo trình bệnh học thủy sản (Khoa Thủy sản, 2005).
Kính phết huyết tương
Để kiểm tra hình thái của hồng cầu và sự hiện diện của vi trùng và ký sinh trùng trong máu. Những biến đổi như nhân bị co lại thường có liên quan đến bệnh Vibrio hoặc bệnh
nhiễm vi-rút gây bệnh đầu vàng (YHV). Vi khuẩn Vibrio thường phổ biến trong các trường hợp nhiễm khuẩn. Vi bào tử trùng (Microsporidium) cũng thường được tìm thấy trong máu. Có thể nhuộm mẫu huyết tương bằng phương pháp nhuộm Gram hay nhuộm Heamatocyline & Eosin (H&E) (xem phụ lục 4).
Kính phết mẫu gan tụy, cơ và cơ quan sinh dục đặt lên lam cho vào một giọt dung dịch cố định Davidson, phết đều, để khô và nhuộm bằng thuốc nhuộm H&E. Phương pháp này có thể phát hiện các thể ẩn của vi-rút trong trường hợp tơm bị nhiễm nặng. Ngồi ra cũng có thể phát hiện nhóm Vibrio và vi bào tử trùng.
Cố định mang tôm bằng dung dịch HCl Davidson và nhuộm bằng thuốc nhuộm H&E có thể phát hiện vi-rút gây bệnh đốm trắng (WSSV), YHV và vi-rút gây hoại tử cơ quan tạo máu và cơ quan lập biểu mơ (IHHNV). Vi khuẩn gây bệnh đóng rong, ngun sinh động vật, nấm mycosis và hiện tượng tiết hắc tố cũng được phát hiện bằng cách này (xem phụ lục 5).
Quan sát tiêu bản tươi bằng cách lấy mẫu của mang, phụ bộ, cơ quan gan tụy, cơ, cơ quan sinh dục và ruột giữa cho vào một giọt dung dịch 2.8 % NaCl hoặc nước biển vô trùng, đậy bằng lam và quan sát dưới kính hiển vi để phát hiện vi khuẩn dạng sợi, nguyên sinh động vật, vi khuẩn hình que có khả năng di động (thường là nhóm Vibrio), nấm mycosis, tảo khuê, tảo lục và cả mùn bã hữu cơ. Ở những chỗ bị đen dưới vỏ hoặc trong cơ có thể dùng dao tiểu phẫu để cắt mẫu và đặt mẫu lên phiến kính với một giọt dung dịch 2.8 % NaCl và quan sát dưới kính hiển vi để phát hiện vi khuẩn gây bẩn, nguyên sinh động vật và nấm Furasium.
Một số phương pháp nhuộm nhanh hiện đang được sử dụng để phát hiện vi-rút baculo ở tôm sú (Monodon baculovirus-MBV), YHV và WSSV (xem phụ lục 6).