Trong những năm qua, bên cạnh những mặt tích cực khẳng định vai trị của Đồn thanh niên trong việc tham gia quản lý giáo dục học sinh như đã trình bày ở trên, Đồn TN nhà trường cịn một số hạn chế nhất định trong các hoạt động của mình.
Một là các hoạt động giáo dục ngoài giờ lên lớp của Đồn thường diễn ra khơng đều, thường rộ lên và tập trung vào những ngày kỷ niệm lớn trong năm như chào mừng 20 - 11, 22 - 12, 26 - 3. Sau đó thường chững lại hoặc hoạt động cầm chừng. Việc giáo dục học sinh bằng hoạt động và thông qua hoạt động cịn ít.
Hai là sự phối hợp hoạt động giữa Đoàn TN và giáo viên chủ nhiệm còn chưa chặt chẽ. Một số giáo viên chủ nhiệm hết tuổi Đoàn thường ngại hoạt động, phó mặc hoạt động Đồn cho cán bộ lớp và có người cịn cho rằng chỉ đạo hoạt động cơng tác Đồn khơng phải là việc của họ. Cán bộ Đoàn trường thường là giáo viên trẻ, ngại va chạm nên khơng dám nói. Thậm chí có giáo viên cịn cho rằng Đồn trường muốn hoạt động phải “nhờ” thì họ mới làm, mặc dù theo quy định thì giáo viên chủ nhiệm phải chịu mọi trách nhiệm về hoạt động tồn diện của lớp mình.
Ba là hình thức tổ chức hoạt động của Đồn cịn đơn điệu, khô cứng, chậm đổi mới nên một số hoạt động ít hấp dẫn thanh niên vì thế hiệu qủ giáo dục của một số hoạt động còn thấp.
Bốn là các Chi đồn học sinh của các lớp hoạt động cịn yếu, chỉ có bộ khung ban chấp hành, sức hút kém nên chưa tạo ra được động lực cho thanh niên phấn đấu vào Đoàn.