Bộ máy tổ chức hiện nay của Agribank gồm: Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát, Ban chuyên viên, Tổng giám đốc, Kế tốn trưởng, các phó tổng giám đốc, hệ thống kiểm tra kiểm tốn nội bộ và các phịng ban nghiệp vụ. Mạng lưới thì có Trụ sở chính, Sở giao dịch và các chi nhánh, các văn phòng đại diện trong nước và nước ngồi, các cơng ty liên doanh.
Nguồn: Website NHNo&PTNT Việt Nam www.agribank.com.vn
Trụ sở chính là nơi tổng điều hành, tại đây, tất cả các dữ liệu được lưu trữ tập trung, các chi nhánh hoạt động trong ngày và cuối ngày sẽ chuyển tất cả về Trụ sở chính. Trụ sở chính cũng là nơi điều phối vốn cho toàn bộ các chi nhánh, cung cấp vốn cho các chi nhánh thông qua cho vay và nhận huy động vốn của các chi nhánh khác khi chưa sử dụng, đồng thời cũng đưa ra các chính sách về lãi suất, tổ chức các chương trình ưu đãi, tiêu chí phân loại khách hàng… trong tồn hệ thống. Tuy nhiên, tại từng chi nhánh vẫn có thể áp dụng linh hoạt những chính sách này sao cho phù hợp với địa bàn của mình.
Mơ hình quản lý này có ưu điểm là thơng suốt, nhất quán chính sách làm việc từ trên xuống, cơng bằng giữa các chi nhánh và rất tốt cho khách hàng như khi giao dịch online mọi nơi, vì tại đâu cũng giống nhau. Số liệu cập nhật nhanh chóng, các chi nhánh có thể sử dụng tài nguyên lẫn nhau.
Tuy nhiên, chính vì mơ hình quản lý của Agribank từ trên xuống dưới nên cũng tạo ra những nhược điểm là bộ máy quản lý quá cồng kềnh làm mất đi tính linh hoạt, khả năng xoay chuyển khi có một chính sách mới, một sự thay đổi trong kinh doanh. Bên cạnh đó mối quan hệ giữa trụ sở và các chi nhánh chưa thực sự dựa trên sự liên kết, ràng buộc về trách nhiệm và quyền lợi, chỉ đơn thuần là quan hệ trên dưới theo qui định hành chính. Vấn đề chức năng đại diện và giám sát của Hội đồng quản trị cũng như Ban kiểm soát của Agribank chưa có sự phân định rõ ràng. Ban kiểm soát vừa như một cơ quan đại diện cho chủ sở hữu nhà nước vừa như một cơ quan trực thuộc Hội đồng quản trị gây ra sự xung đột quyền lực và chồng chéo về trách nhiệm. Chưa có sự phân tích chức năng giữa chức năng điều hành và chức năng giám sát để đảm bảo sự kiểm tra toàn diện và cân bằng về quyền lực.
Cách thức quản trị kinh doanh ở Agribank được thực hiện theo kinh nghiệm, các nhà quản trị Agribank hầu hết chưa được đào tạo nghề quản trị nên tính chuyên nghiệp trong quản trị điều hành còn bất cập, quản trị chưa
thật sự bài bản khoa học. Công tác điều hành hoạt động hằng ngày thường theo sự vụ, chưa bám sát được mục tiêu dài hạn, những kinh nghiệm về quản trị ngân hàng theo nguyên tắc thị trường tại Agribank cịn q ít. Trong khi đó năng lực quản lý kinh doanh của các chi nhánh NHNNg là rất cao, họ có một bề dày kinh nghiệm trong kinh doanh ngân hàng. Hơn nữa họ lại được đào tạo bài bản về nghiệp vụ kinh doanh, quản trị điều hành trong nền kinh tế thị trường.
Việc triển khai ứng dụng các công nghệ quản trị ngân hàng hiện đại vào thực tế cịn nhiều khó khăn vướng mắc. Agribank chưa thiết lập được hệ thống quản lý rủi ro hợp lý. Chưa xác định và xây dựng được các chính sách cũng như quy trình quản lý rủi ro, các mơ hình và cơng cụ đo lường rủi ro để đáp ứng yêu cầu dự báo, cảnh báo cũng như đảm bảo cho các hoạt động ngân hàng được thực hiện một cách có định hướng trong một khn khổ chấp nhận được.
Trình độ quản lý kinh doanh thấp và quản lý rủi ro còn non yếu: cho vay chủ yếu dựa vào tài sản đảm bảo, năng lực thẩm định tín dụng yếu, hiện tượng tiêu cực trong cho vay còn phổ biến, rủi ro về đạo đức không bị phát hiện kịp thời, nguyên tắc kiểm tra, kiểm sốt thiếu chặt chẽ dẫn tới việc khơng kịp thời phát hiện rủi ro trong các nghiệp vụ.