Ổ chứa tự nhiên của Henipah là loài dơi , đặc biệt ở dơi quả -
Pteropodidae. Các thử nghiệm huyết thanh cho thấy NiV phân tán rộng rãi trong các loài dơi Pteropus ở Malaysia , đặc biệt là dơi quả Island (Pteropus hypomelanus) và dơi qu ả Malayan (Pteropus vampyrus). NiV đƣợc phân lâ ̣p lần đầu tƣ̀ nƣớc tiểu của dơi qu ả Island và nƣớc bo ̣t của các cá thể ăn quả khác và gần đây đã phân lập đƣợc từ dơi qu ả Lyle (Pteropus leyei) tại Campuchia [68, 108]. Dơi nhiễm HeV khơng có biểu hiện lâm sàng, trong khi
ngựa sẽ biểu hiện suy hô hấp cấp và các triệu chứng về hệ thần kinh trung ƣơng xuất hiện từ những ngày đầu của bệnh. Phƣơng thƣ́c lan truyền virus trong quần thể dơi vẫn chƣa đƣ ợc giải thích rõ ràn g, tuy nhiên kháng thể kháng HeV đƣợc tìm thấy trong một số lồi dơi quả lƣu hành tại Queensland, nơi xuất hiện bệnh dịch năm 1994, ngồi ra, HeV cịn phân lập đƣợc từ một lồi dơi quả tại khu vực này khơng có sự khác biệt nhiều với các virus phân lập từ ngựa hoặc ngƣời [75, 77]. Kết quả trên gợi ý một sự lây truyền virus từ dơi sang động vật (ngựa) thông qua thức ăn bị nhiễm nƣớc tiểu, phân ... của dơi quả. Những kết quả trên cũng ủng hộ cho giả thuyết về sự mang virus tự nhiên trong lồi dơi quả và khơng có biểu hiện lâm sàng. Sự nhiễm HeV trên ngựa tại Úc (1994) và nhiễm NiV trên lợn ta ̣i Malaysia (1998), đƣợc ghi nhận là nguồn lây nhiễm đầu tiên của ngƣời [77, 100]. Chƣa tìm thấy bằng chứng virus lây truyền trƣ̣c tiếp tƣ̀ dơi sang ngƣời ta ̣i Úc hoặc Malaysia nhƣng trong vụ dịch ở Bangladesh dơi quả có thể đã truyền bệnh trực tiếp cho ngƣời [77, 134].
Sự lây truyền tác nhân virus từ vật nuôi (ngựa, lợn) sang ngƣời đƣợc xác định thông qua tiếp xúc trực tiếp gần với dịch tiết (nƣớc mũi, nƣớc bọt) của ngựa nhiễm bệnh (HeV) hoặc dịch tiết (mũi, họng..), nƣớc tiểu của lợn nhiễm bệnh (NiV). Cho dù virus đƣợc phát hiện trong dịch tiết đƣờng hô hấp, nƣớc tiểu của bệnh nhân (NiV), nhƣng chƣa chứng minh đƣợc khả năng lây truyền từ ngƣời sang ngƣời của những virus này.