theo Tamura-Nei [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [1] Châu Âu 0,000 [2] Châu Phi 0,008 0,000 [3] Ấn Độ 0,060 0,061 0,000 [4] Nhật Bản 0,007 0,013 0,065 0,000 [5] Hàn Quốc 0,007 0,011 0,063 0,009 0,000 [6] H’mông 2 0,058 0,060 0,004 0,064 0,062 0,000 [7] H’mông 1 0,007 0,012 0,058 0,009 0,010 0,057 0,000 [8] Bò rừng Mỹ 0,135 0,133 0,140 0,139 0,139 0,137 0,133 0,000
Bảng 3.8 cho thấy khoảng cách di truyền giữa bò rừng Mỹ và các quần thể bò khác (Châu Âu, Châu Phi, Ấn Độ, Việt Nam, Hàn Quốc, Nhật Bản) đều lớn hơn 0,1. Trong khi đó, khoảng cách di truyền giữa bị Ấn Độ, H’mơng 2 (thuộc loài phụ
Bos indicus) và các quần thể bị thuộc lồi phụ Bos taurus của Châu Âu, Nhật Bản,
Hàn Quốc, Châu Phi và H’mông 1 lớn hơn 0,05. Khoảng cách di truyền giữa quần thể bò Châu Âu, Châu Phi, Nhật Bản, Hàn Quốc và H’mông 1 dao động trong khoảng 0,007–0,012. Khoảng cách di truyền giữa nhóm bị H’Mơng 2 và bị Bos indicus Ấn Độ là 0,004.
Ở cây phân loại di truyền (hình 3.10) cho thấy quần thể bị H’mơng nhóm 1 và Châu Âu, Châu Phi, Hàn Quốc, Nhật Bản đều thuộc bò Bos taurus và có mối quan
Trong khi đó nhóm bị H’mơng 2 có mối quan hệ di truyền rất gần với quần thể bò
Bos indicus Ấn Độ.
Mặc dù kết quả tính tốn cho thấy mối quan hệ di truyền giữa nhóm bị Bos
taurus ở Hà Giang (H’mơng 1) và bị Bos tarus của Châu Âu, Hàn Quốc, Nhật Bản
gần hơn (0,007 - 0,01) so với nhóm bị Châu Phi (0,012), tuy nhiên, sự khác nhau này là rất nhỏ. Do vậy ở cây phân loại (Hình 3.10) khơng cho thấy có sự tách biệt hẳn giữa các nhóm bị Châu Phi và H’mơng 1, Châu Âu, Hàn Quốc, Nhật Bản. Kết quả nghiên cứu này của chúng tôi cũng tƣơng tự với các kết quả nghiên cứu của tác giả Kim và cộng sự (2003) [63], khi nghiên cứu mối quan hệ di truyền của một số giống bò của Hàn Quốc cũng khơng cho thấy sự tách biệt giữa bị Hàn Quốc, Châu Âu và Châu Phi. Trong khi đó, Mannen và cộng sự (1998) khi nghiên cứu nguồn gốc của giống bò đen Nhật Bản (Bos taurus) dựa trên phân tích trình tự ADN ty thể đã cho thấy sự tách biệt giữa bò Châu Âu với bò Châu Phi. Đặc biệt, tác giả đã chỉ ra một số cá thể bò đen của Nhật Bản có mối quan hệ di truyền gần với bò Bos taurus của Châu Âu hơn là bò Bos taurus của Châu Phi. Nhƣ đã trình bày ở trên,
một số giả thiết cho rằng các giống bị ngày nay có khả năng có nguồn gốc thuần hố từ 3 khu vực khác nhau: Khu vực Tây Á là nơi thuần hố bị Bos indicus bao gồm các giống bị có u Ấn Độ hiện nay, vùng Cận Đơng là nơi thuần hố bị Bos taurus (tổ tiên của các giống bò Bos taurus ở Châu Âu ngày này), ngồi ra, Châu
Phi cũng có thể là nơi thuần hố của bị Bos taurus khác (Bradley và cộng sự, 1996; Loftus và cộng sự, 1994; Troy và cộng sự, 2001).
Mặt khác, kết quả phân tích cho thấy tỷ lệ bị thuộc lồi phụ Bos indicus và Bos taurus ở quần thể bị ni ở Hà Giang tƣơng ứng là 54% và 46 %, kết quả này
cũng phù hợp với nhận định của Phillips (1961) và Payne (1995). Các tác giả cho rằng các giống bò bản địa của Trung Quốc và Việt Nam có nguồn gốc từ sự lai tạp giữa bị có u (Bos indicus) và bị khơng có u (Bos taurus). Đồng thời kết quả nghiên cứu của chúng tôi cũng phù hợp với kết quả nghiên cứu của Xin Cai và cộng sự (2006) khi nghiên cứu về phân loại tỷ lệ bị có nguồn gốc thuộc lồi phụ Bos taurus và Bos indicus trong mỗi giống ở 18 giống bò bản địa phân bố trên toàn lãnh thổ
Trung Quốc. Trong đó kết quả chỉ ra, tỷ lệ bị khơng u (Bos taurus) chủ yếu tập trung ở phía Bắc với tỷ lệ 81,8-100% ở các giống và đƣợc cho là do du nhập từ Mông Cổ trong khoảng thời gian giữa 3766-3122 năm trƣớc Công Nguyên. Trong khi đó tỷ lệ bị có u (Bos indicus) chủ yếu tập trung ở phía Nam Trung Quốc với tỷ lệ 63,3-100% ở các giống.
Nhƣ vậy, kết quả nghiên cứu của chúng tôi đã cung cấp bằng chứng ở mức độ phân tử về sự lai tạp giữa hai loài phụ Bos indicus và Bos taurus ở bị vàng Việt
Nam nói chung và ở quần thể bị vàng ở Hà Giang nói riêng, phù hợp với các nhận định trƣớc đây về nguồn gốc của bò vàng Việt Nam từ bò Bos indius của Ấn Độ và bò Bos taurus từ Trung Quốc (Lê Viết Ly và cộng sự 1999). Tuy nhiên để làm sáng tỏ nguồn gốc của bò Vàng Việt Nam và bị ni ở Hà Giang cũng nhƣ những sự khác nhau trong các nghiên cứu của chúng tôi và của Mannen và cộng sự (1998) cần thực hiện các nghiên cứu tiếp theo trong đó cần tiến hành phân tích với số lƣợng mẫu nhiều hơn ở tất cả các nhóm bị vàng khác nhau hiện có ở Việt Nam. Hơn nữa, ngồi việc tiến hành phân tích trình tự ADN vùng D-loop cần tiến hành kết hợp phân tích tính đa hình hệ gen nhân bằng kỹ thuật microsatellite.
Hình 3.10: Cây phân loại thể hiện mối quan hệ di truyền của 67 mẫu bò bao gồm: Việt Nam (VN), Hàn Quốc (KR), Nhật Bản (JP), Ấn Độ (IN), Châu Âu (EU), Châu Việt Nam (VN), Hàn Quốc (KR), Nhật Bản (JP), Ấn Độ (IN), Châu Âu (EU), Châu
phi (AF), 5 mẫu bò rừng Châu Mỹ (Bison) và 2 mẫu bị có u và khơng có u đối chứng tƣơng ứng là V00654, NC00597. Giá trị hoành độ của cây thể hiện khoảng
cách di truyền JP U87635 JP U87633 KR AF409056 JP U87639 JP U87638 JP U87637 JP U87636 VN8 JP U87634 Bos taurusV00654 VN22 VN5 VN13 VN14 JP U87640 EU L27716 EU L27726 JP U87650 EU L27734 EU L27717 EU L27735 KR AF409055 EU L27718 EU L27719 EU L27727 EU L27712 EU L27725 KR AF409057 EU L27713 VN23 VN17 VN19 VN1 VN15 VN25 EU L27724 AF L27730 AF L27731 AF L27728 AF L27720 AF L27721 AF L27729 VN11 KR AF409054 AF L27714 AF L27715 VN4 VN20 VN24 IN L27723 VN18 IN L27722 IN L27732 IN L27736 IN L27737 IN L27733 Bos indicusNC005971 VN2 VN43 VN6 VN7 VN9 VN10 VN12 VN16 VN21 VN26 Bison U12946 Bison U51848 Bison U12936 Bison U12955 Bison U12959 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 Bị khơng u Bos taurus Bị có u Bos indicus Bò rừng Mỹ Bison bison
3.2. ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ BÕ TÓT VÀ BÕ RỪNG HOANG DÃ DÃ
3.2.1. Kết quả tách chiết ADN
Đối với các quần thể vật nuôi, công việc tách chiết ADN từ các mẫu mô, mẫu máu hiện nay đã trở nên hết sức đơn giản, tuy nhiên đối với các quần thể động vật hoang dã thì điều này lại rất khó khăn do khơng thể có đƣợc trực tiếp các mẫu mơ và mẫu máu. Vì vậy cơng việc tách chiết ADN phải thực hiện trên các mẫu sinh học hiếm nguồn ADN nhƣ mẫu phân, lông.
Khác với kết quả tách chiết ADN từ các mẫu sinh học nhƣ: máu, mô, kết quả tách chiết ADN từ mẫu phân sẽ thu đƣợc ADN tạp từ rất nhiều nguồn khác nhau nhƣ: vi sinh vật, thực vật và của bản thân vật chủ, hơn nữa chúng thƣờng bị thoái hoá (đứt gãy). Do đó khi dùng các phƣơng pháp thông thƣờng hay đƣợc sử dụng nhƣ điện di trên gel agarose và máy đo quang phổ hấp thụ để kiểm tra sẽ khơng thể khẳng định đƣợc sự có mặt ADN của vật chủ cũng nhƣ định lƣợng đƣợc nồng độ và chất lƣợng trong các mẫu ADN thu đƣợc sau khi tách chiết.
Vì vậy, khi tiến hành nghiên cứu di truyền trên động vật hoang dã thì ngồi việc sử dụng một số chỉ thị phân tử để đánh giá đa dạng di truyền, một số chỉ thị cũng đồng thời đƣợc dùng để đánh giá mức độ thành công của việc tách chiết ADN từ các mẫu phân, lông... Một số chỉ thị thƣờng đƣợc sử dụng bằng kỹ thuật PCR nhƣ nhân bản vùng ADN D-loop của ty thể, các locút microsatellite và locút gen giới tính. Tỷ lệ thành công đƣợc đánh giá thông qua kết quả thành công của phản ứng nhân gen PCR.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã sử dụng 2 cặp mồi (primer) để nhân bản vùng D-loop ty thể và cặp mồi xác định giới tính của bị bằng kỹ thuật PCR. Nhƣ vậy, chỉ mẫu nào cho kết quả PCR dƣơng tính với hai cặp mồi này thì có nghĩa là trong mẫu ADN sau khi tách chiết có chứa ADN của bị và đƣợc cho là thành công trong việc tách chiết ADN của bị từ các mẫu phân (Hình 3.11 và 3.12).
Hình 3.11: Điện di đồ kết quả sau khi nhân PCR vùng D-loop ở bò hoang dã
Các mẫu dƣơng tính (162, 164, 166, 167,169,170,171) có kết quả 1 băng 990 bp; neg: mẫu đối chứng âm tính khơng có ADN; M1kb: ADN thang chuẩn 1kb
Hình 3.12: Điện di đồ kết quả sau khi nhân PCR với cặp mồi giới tính ở bị
hoang dã
Bò đực gồm 2 băng 178 và 145 bp ( 3, 6, 7), bò cái cho 1 băng 145 bp (2, 4, 5, 8) CT1: mẫu ADN tách chiết từ máu bị tót; neg: mẫu đối chứng âm tính khơng có
ADN; ULR: ADN thang chuẩn (ultra low range)
178 bp 145 bp 990 bp
Tổng hợp kết quả phân tích phản ứng PCR đối với cặp mồi D-loop và xác định giới tính từ 555 mẫu phân bị hoang dã ở Việt Nam và 4 mẫu phân ở các vƣờn thú trên thế giới, chúng tơi thu đƣợc 218 mẫu có kết quả PCR dƣơng tính, trong đó có 214 mẫu ở Việt Nam và 4 mẫu ở vƣờn thú Tây Ban Nha (Bảng 3.9). Các mẫu này đều có kết quả PCR dƣơng tính đối với cả hai cặp mồi xác định giới tính và cặp mồi D-loop và kích thƣớc của các băng sản phẩm PCR hồn tồn giống với kích thƣớc sản phẩm PCR khi thực hiện trên mẫu ADN bị tót và bị rừng đƣợc tách từ mẫu mơ và mẫu bị ni. Qua đó cho thấy, tỷ lệ thành cơng các mẫu sau khi tách chiết có chứa ADN của bò là xấp xỉ 40%.