Quá trình hình thành và phát triển hệ thống KBNN bao gồm KBNN Trung ương và KBNN Nghệ An được chia làm các giai đoạn như sau:
Nha Ngân khố quốc gia (1946-1951)
Cách mạng tháng Tám năm 1945 thành công, chính quyền dân chủ nhân dân được thành lập. Việc đảm bảo tài chính cho hoạt động của bộ máy nhà nước trong điều kiện khó khăn của nền kinh tế sau chiến tranh là trách nhiệm nặng nề, là thách thức to lớn của Ngân khố quốc gia.
Nhằm giải quyết những yêu cầu cấp bách trước mắt và xây dựng nền tài chính, ngân sách của chính quyền Nhà nước, Chính phủ nước Việt Nam độc lập nhận thấy phải thành lập cơ quan chuyên trách quản lý thu, chi của Nhà nước. Ngày 29/5/1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh với tư cách là người đứng đầu Chính phủ đã ký Sắc lệnh số 75 quy định tổ chức, bộ máy Bộ Tài chính. Theo đó, Nha Ngân khố là một bộ phận tổ chức cấu thành trong bộ máy Bộ Tài chính. Nhiệm vụ của Nha Ngân khố được Bộ Tài chính quy định, cụ thể là:
Tập trung quản lý các khoản thu về thuế, đảm phụ quốc phòng, phát hành công trái và công phiếu kháng chiến; Quản lý và giám sát các khoản cấp phát theo dự toán; chịu trách nhiệm việc xác nhận và thanh toán kinh phí cho các đơn vị thụ
hưởng; làm thủ tục quyết toán với cơ quan tài chính; Phát hành tiền Việt Nam và đấu tranh chống lại chính sách tiền tệ của địch; Thực hiện nhiệm vụ kế toán.
Trong điều kiện đất nước vừa kháng chiến, vừa kiến quốc, Nhà Ngân khố đã có nhiều đóng góp xây dựng và bảo vệ chính quyền nhân dân, chống lại những hoạt động của địch trên lĩnh vực tài chính- tiền tệ, bước đầu tạo ra nền tài chính non trẻ của chế độ mới. Nha Ngân khố đã hoàn thành những nhiệm vụ được giao khi được giao khi cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp chuyển sang giai đoạn mới.
Cơ quan quản lý quỹ ngân sách nhà nước thuộc Ngân hàng Nhà nước (1951-1989)
Trước yêu cầu và tình hình mới của cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp, giữa năm 1951, Chính phủ quyết định giải thể Nha Ngân khố, chuyển chức năng quản lý quỹ NSNN sang Ngân hành quốc gia và thành lập Kho bạc Nhà nước. Về mặt tổ chức, Kho bạc Nhà nước đặt tại Ngân hàng quốc gia nhưng nhiệm vụ của KBNN chịu sự quản lý, chỉ đạo của Bộ Tài chính. KBNN tiếp tục thực hiện nhiệm vụ thu, chi quỹ NSNN, bảo đảm các yêu cầu chi của bộ máy nhà nước, phục vụ công cuộc kháng chiến, xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc và đấu tranh thống nhất đất nước.
Từ năm 1964, hoạt động quản lý quỹ NSNN do Vụ quản lý quỹ ngân sách nhà nước thuộc Ngân hàng Nhà nước đảm nhiệm. Cơ quan KBNN không tồn tại với tư cách là một tổ chức nhưng nhiệm vụ của nó vẫn là quản lý quỹ NSNN, tập trung các khoản thu, cấp phát các khoản chi, tổ chức theo dõi và thống kê về tình hình hoạt động quản lý quỹ ngân sách nhà nước không biểu hiện rõ nét. Tuy vậy, vai trò, nhiệm vụ của cơ quan quản lý quỹ NSNN không vì vậy mà mất đi, ngược lại nó có điều kiện phát triển, khẳng định trong điều kiện mới, điều kiện nhà nước quản lý nền kinh tế bằng cơ chế thị trường.
Thành lập Kho bạc Nhà nước Trung Ương trực thuộc Bộ Tài chính và KBNN các tỉnh (1990 đến nay)
Từ cuối những năm 80 của thế kỷ XX, yêu cầu đổi mới cơ chế quản lý diễn ra mạnh mẽ. Tách bạch hoạt động kinh doanh tiền tệ với nhiệm vụ quản lý nhà nước về tài chính – ngân sách đòi hỏi tất yếu khách quan. Để nắm chắc tình hình thu, chi và sử dụng có hiệu quả nguồn NSNN, việc chuyển chức năng quản lý quỹ NSNN về Bộ Tài chính đã được Chính phủ nhận thấy là cần thiết. Ngày 4/1/1990 Chính phủ ban hành Quyết định số 07/HĐBT thành lập KBNN trực thuộc Bộ Tài chính. Hệ thống KBNN được thành lập, đi vào hoạt động từ ngày 01/4/1990 với những nhiệm vụ như sau:
Quản lý quỹ ngân sách Nhà nước và tiền gửi của các đơn vị dự toán. Thực hiện nhiệm vụ tập trung các nguồn thu ngân sách Nhà nước, chi vốn ngân sách Nhà nước cho các Bộ, ngành, địa phương, các đơn vị theo kế hoạch ngân sách đã được duyệt; Trực tiếp giao dịch với khách hàng (về thu, chi ngân sách) bằng tiền mặt hoặc chuyển khoản của các đơn vị kinh tế, đơn vị hành chính sự nghiệp thuộc các cấp ngân sách; Tổ chức huy động và quản lý các nguồn vốn vay dân và trả nợ dân; Tổ chức quản lý, hạch toán kế toán, hạch toán nghiệp vụ, hạch toán thống kê các hoạt động thu, chi ngân sách Nhà nước, tiền gửi kho bạc và các nguồn vốn tài chính khác của Nhà nước gửi tại Ngân hàng, bao gồm quỹ ngoại tệ tập trung, quỹ dự trữ tài chính Nhà nước (kể cả vàng, bạc, kim khí quý, đá quỹ, ngoại tệ), các tài sản và tiền tạm giữ chờ xử lý, các khoản tịch thu đưa vào tài sản của Nhà nước...
Sau 5 năm hoạt động, KBNN đã hoàn thành tốt những nhiệm vụ được Chính phủ và Bộ Tài chính giao. Hoạt động quản lý và điều hành quỹ NSNN thực hiện có kết quả đã góp phần làm lành mạnh nền tài chính quốc gia đồng thời tạo điều kiện ổn định và tăng trưởng kinh tế. Để khẳng định vị trí và vai trò của KBNN trong nền tài chính nhà nước đồng thời tiếp tục giao thêm cho KBNN những nhiệm vụ mới, năm 1995, Chính phủ ban hành Nghị định số 25/CP quy định chức năng, nhiệm vụ và tổ chức của KBNN. Nghị định khẳng định chức năng, nhiệm vụ và tổ chức của KBNN. Nghị định khẳng định chức năng quản lý nhà nước về quỹ NSNN của KBNN; quỹ dự trữ tài chính nhà nước; tiền, tài sản tạm thu, tạm giữ; huy động vốn cho NSNN và cho đầu tư phát triển. KBNN có những nhiệm vụ chính sau đây:
Soạn thảo các dự án, văn bản pháp qui về quản lý quỹ Ngân sách Nhà nước, quỹ dự trữ tài chính Nhà nước, tiền và tài sản tạm thu, tạm giữ để Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành theo thẩm quyền hoặc trình Thủ tướng Chính phủ quyết định; Tập trung và phản ánh các khoản thu ngân sách Nhà nước (bao gồm cả thu viện trợ, vay nợ trong nước và nước ngoài). Thực hiện điều tiết số thu Ngân sách Nhà nước cho các cấp ngân sách theo qui định của cấp có thẩm quyền; Thực hiện chi trả và kiểm soát chi Ngân sách Nhà nước theo từng đối tượng thụ hưởng theo dự toán Ngân sách Nhà nước được duyệt; Kiểm soát và thực hiện nhập, xuất các quỹ dự trữ tài chính Nhà nước; tiền tài sản tạm thu, tạm giữ, và các khoản tịch thu đưa vào tài sản Nhà nước theo quyết định của cấp có thẩm quyền; Tổ chức huy động vốn cho Ngân sách Nhà nước và cho đầu tư phát triển. Thực hiện nhiệm vụ phát hành trái phiếu Chính phủ trong nước và ngoài nước theo qui định của Chính phủ.
Từ ngày 01/01/2000, KBNN được Chính phủ giao nhiệm vụ kiểm soát thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản thuộc nguồn vốn NSNN.
Sau 9 năm hoạt động theo những quy định của Nghị định số 25/CP, cùng với việc đẩy mạnh cải cách nền hành chính Nhà nước, hệ thống KBNN tiếp tục được hoàn thiện, phát triển về chức năng, nhiệm vụ và bộ máy. số 108/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 26/8/2009 đưa hoạt động của KBNN đưa hoạt động của KBNN vào một thời kỳ mới, thời kỳ phát triển về mọi mặt. KBNN có những nhiệm vụ chính sau đây:
Trình Bộ trưởng Bộ Tài chính chiến lược phát triển, quy hoạch, kế hoạch dài hạn, năm năm, hàng năm của Kho bạc Nhà nước; Trình Bộ trưởng Bộ Tài chính các dự thảo văn bản quy phạm pháp luật về quản lý quỹ ngân sách nhà nước và các văn bản quy phạm pháp luật khác thuộc phạm vi thẩm quyền của Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật; Hướng dẫn nghiệp vụ công tác thu nộp, chi trả, thanh toán, quyết toán quỹ ngân sách nhà nước, nghiệp vụ hoạt động khác có liên quan và chỉ đạo việc tổ chức thực hiện nghiệp vụ thống nhất trong hệ thống Kho bạc Nhà nước; Tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật thuộc phạm vi quản lý của
Kho bạc Nhà nước và chiến lược, quy hoạch, kế hoạch sau khi được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; Tổ chức thực hiện và chịu trách nhiệm về quản lý quỹ ngân sách nhà nước, quỹ tài chính nhà nước và các quỹ khác của Nhà nước được giao theo quy định của pháp luật; Kho bạc Nhà nước có quyền trích từ khoản tiền gửi của tổ chức, cá nhân để nộp Ngân sách nhà nước hoặc áp dụng các biện pháp hành chính khác để thu cho Ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật; có quyền từ chối thanh toán, chi trả các khoản chi không đúng, không đủ các điều kiện theo quy định của pháp luật và phải chịu trách nhiệm về quyết định của mình.
Tổ chức hạch toán kế toán ngân sách nhà nước; hạch toán kế toán các quỹ và tài sản của Nhà nước được giao cho Kho bạc Nhà nước quản lý; định kỳ báo cáo việc thực hiện dự toán thu, chi ngân sách nhà nước cho cơ quan tài chính cùng cấp và cơ quan Nhà nước liên quan theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính; Tổ chức thực hiện công tác thống kê Kho bạc Nhà nước và chế độ báo cáo tài chính theo quy định của pháp luật.
Tổ chức huy động vốn trong nước và ngoài nước cho Ngân sách nhà nước và cho đầu tư phát triển thông qua phát hành công trái, trái phiếu theo quy định của pháp luật; Thực hiện một số dịch vụ tín dụng nhà nước theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc uỷ thác của các đơn vị.
Tổ chức kiểm tra, kiểm soát việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị thuộc hệ thống Kho bạc Nhà nước theo đúng quy định của pháp luật.