Bên cạnh những kết quả mà pháp luật trong tổ chức quản lý HTX đã đạt được, Luật HTX năm 2012 vẫn còn tồn tại một số hạn chế, bất cập liên quan đến tổ chức quản lý HTX như sau:
Thứ nhất, việc ban hành văn bản hướng dẫn thi hành còn chậm trễ.
Luật HTX 2012 có hiệu lực thì sau 7 tháng, Nghị định số 193/2013/NĐ-CP của Chính phủ “Quy định chi tiết một số điều của Luật hợp tác xã” mới có hiệu lực và sau 13 tháng Thông tư 03/2014/TT-BKHĐT của Bộ Kế hoạch và Đầu tư về hướng dẫn đăng ký HTX và chế độ báo cáo tình
hình hoạt động của HTX mới có hiệu lực nên khó khăn cho việc tổ chức thực hiện. Thực tế thì, trong khoảng thời gian từ tháng 7-2013 đến tháng 8-2014, các HTX thành lập mới đều được cơ quan đăng ký kinh doanh cấp theo mẫu cũ nhưng có nơi ghi chức danh mới là Chủ tịch Hội đồng quản trị, Giám đốc HTX, nhưng có nơi lại ghi Trưởng Ban quản trị và Chủ nhiệm như Luật 2003.
Thứ hai, chưa có sự đồng bộ, thống nhất trong các văn bản Luật và Nghị định hướng dẫn thi hành.
Về trình tự các bước chuyển tiếp, tại điều 62, khoản 1 trong Luật HTX ghi là “đăng ký lại”, trong khi tại khoản 2 và 3 Điều 32 của Nghị định 193/2013/NĐ-CP lại ghi “đăng ký thay đổi” để chỉ dẫn việc HTX tiếp tục đăng ký hoạt động theo Luật HTX 2012, nhiều HTX lúng túng về việc chuyển đổi, đăng ký lại hoạt động, nhất là việc đánh giá lại tài sản, xác định lại tư cách thành viên.
Do vậy, trên thực tế, trong quá trình tổ chức chuyển đổi, nhiều thành viên HTX chưa hiểu đầy đủ về ý nghĩa, mục đích, do vậy, để chuyển đổi thành cơng thì với một HTX đa dạng ngành nghề hoạt động, đông thành viên như Phương Nhung, Ban lãnh đạo HTX đã đặt quyết tâm cao, có sự thống nhất của các thành viên.
Thứ ba, một số quy định pháp luật trong tổ chức quản lý chưa bám sát thực tế.
Về việc góp vốn điều lệ, các thành viên tham gia HTX đã thực hiện thông qua tại Hội nghị thành lập HTX và các quy định hiện hành. Song, nguồn vốn hoạt động của một số HTX chủ yếu do 1 đến 2 cá nhân góp, thành viên tham gia chỉ góp cơng, góp sức.
Theo Điều 13 Luật HTX 2012 có nêu rõ, để trở thành thành viên tham gia HTX, các thành viên phải thực hiện góp vốn theo quy định tại Khoản 1 Điều 17 Luật này, không vượt quá 20% vốn điều lệ của HTX. Song trên thực tế, nhiều thành viên tham gia HTX để có thêm việc làm và thu nhập, khơng có khả năng góp vốn ban đầu.
Thêm vào đó, quy định trong Luật HTX tại Điều 39 về ban kiểm sốt, kiểm sốt viên có nêu rõ: “Ban kiểm sốt, kiểm soát viên hoạt động độc lập,
kiểm tra và giám sát hoạt động của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã theo quy
sốt hoặc kiểm sốt viên sẽ thực hiện khá khó khăn, do thực tế “Ban kiểm soát
hoặc kiểm soát viên do đại hội thành viên bầu trực tiếp trong số thành viên, đại diện hợp tác xã thành viên”. Cho đến nay, cơ chế kiểm soát ở nước ta mặc
dù được quy định “hoạt động độc lập” với cơ quan, tổ chức được kiểm soát, song cơ cấu thành viên của cơ quan kiểm soát lại được bầu, bỏ phiếu từ những cơ quan, tổ chức được kiểm soát. Do vậy, trên thực tế, việc kiểm soát của HTX hiện nay chưa thực sự đảm bảo được yên cầu khách quan, trung thực từ hoạt động kiểm soát này.
Những nội dung về Giám đốc (tổng giám đốc) của HTX (sau đây gọi chung là Giám đốc HTX) cũng được quy định cụ thể trong Luật HTX 2012. Điều 38 Luật HTX có quy định: “Giám đốc (tổng giám đốc) là người điều
hành hoạt động của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã”, đây là những người
hoặc là được bầu từ thành viên HTX, hoặc là được thuê do hợp tác. Mặc dù đây là một quy định mở về việc lựa chọn Giám đốc HTX, song thực tế chỉ ra rằng, Giám đốc HTX được thuê do hợp tác vẫn chưa hiểu rõ về phương hướng hoạt động cũng như mục tiêu của HTX để điều hành HTX hoạt động một cách có hiệu quả nhất.
Về tỷ lệ tiền lương chi trả cho người lao động trong HTX được quy định tại Điểm c, Khoản 2, Điều 5 của Nghị định số 193/2013/NĐ-CP: “Đối với trường hợp HTX tạo việc làm, tiền lương trả cho người lao động không phải là thành viên với hợp đồng lao động không thời hạn không quá 30% tổng tiền lương của HTX chi trả cho tất cả người lao động trong HTX với hợp đồng lao động không thời hạn”. Tuy nhiên, trên thực tế thì quy định này rất khó thực hiện do số lượng thành viên HTX ít, phải thuê lao động bên ngoài nhiều, nên việc quy định tỷ lệ tiền lương chi trả cho người lao động là không phù hợp.
Bên cạnh đó Luật HTX năm 2012 cịn có quy định: Nghĩa vụ của thành viên là sử dụng sản phẩm dịch vụ của HTX theo hợp đồng dịch vụ; tại Nghị định số 193/2013/NĐ-CP, quy định tỷ lệ cung ứng sản phẩm, dịch vụ cho khách hàng không phải là thành viên. Thực tế quy định này không phù hợp với thực tế, HTX có năng lực sản xuất lớn, nhưng số lượng thành viên ít, chủ yếu là người lao động, khơng thể sử dụng các sản phẩm do HTX sản xuất ra theo tỷ lệ quy định mà phải bán ra thị trường.
Đồng thời, quy định về thời gian giải quyết các thủ tục HTX còn dài. Tiến độ đăng ký lại hoạt động HTX còn chậm, việc củng cố, phát triển hoặc giải thể các HTX hoạt động yếu kém cũng chưa được thực hiện triệt để và hiệu quả. Một số địa phương đã thực hiện chuyển đổi và đăng ký lại hoạt động của các HTX nhưng kết quả không được như mong muốn.