Về địa vực, các toà án phong kiến triều Nguyễn chỉ tồn tại ở vùng đất bảo hộ Trung Kì và Bắc Kì.
Về thẩm quyền, tồ án Nam Triều chỉ xét xử các vụ án là người Việt Nam sinh ra ở vùng đất bảo hộ (tức là thần dân của nhà vua), những người ngoại quốc sinh sống tại Bắc Kì và Trung Kì bị liệt ngang hàng với người Việt (như người Lào, Cao Miên). Ngay cả đối với những người này, khi kí kết khế ước nào đó với nhau mà họ đã thoả thuận rằng nếu xảy ra tranh chấp sẽ để cho tồ án Pháp xét xử thì tồ án Nam Triều cũng khơng có quyền xử.
Khác với tồ án Pháp ở Việt Nam, nhiều nguyên tắc tư pháp của chính quốc khơng được áp dụng ở toà án Nam Triều:
- Toà án Nam Triều khơng có ngạch thẩm phán riêng biệt với ngạch quan hành chính. Các quan cai trị đứng đầu các địa phương kiêm chức năng chánh án. Như vậy có thể nói triều Nguyễn ở thời Pháp thuộc bước đầu có sự tách tư pháp ra khỏi hành pháp nhưng mới ở mức độ rất hạn chế.
- Trong từng tồ án Nam Triều khơng có sự phân biệt thành ba cơ quan (ba loại thẩm phán): xử án, thẩm cứu, công tố như ở toà án Pháp. Chánh án thường kiêm nhiệm cả ba cơng việc đó;
- Ở hầu hết các toà án Nam Triều (trừ toà đệ tam cấp ở Bắc Kì), các đương sự khơng có quyền mượn luật sư biện hộ cho mình.
Trung Kì là đất bảo hộ, cịn Bắc Kì là đất nửa bảo hộ nửa thuộc địa nên về cách tổ chức, các toà án Nam Triều ở Bắc Kì và ở Trung Kì có một số nét khác nhau.