Tổ chức toà án Nam Triều tại Bắc Kì được quy định trong Bắc Kì pháp viện biên chế. Theo đó ở Bắc Kì có 3 cấp tồ án:
* Các toà đệ nhất cấp (toà sơ cấp):
Các toà này được lập ở phủ - huyện - châu. Chánh án thường là tri phủ hoặc tri huyện, hay tri châu và có một lục sự phụ tá.
Thẩm quyền của tồ sơ cấp bao gồm:
- Về dân sự và thương sự, tồ sơ thẩm có quyền hồ giải và xét xử những vụ kiện có giá trị từ 300 đồng trở xuống nếu là động sản, hoặc từ
100 đồng trở xuống nếu là bất động sản. Hoà giải là nhiệm vụ chính của tồ sơ thẩm. Khi có vụ kiện thuộc thẩm quyền thì trước hết tồ phải tiến
hành hồ giải, nếu khơng xong thì mới đem ra xét xử. Trong đó, nếu vụ kiện về động sản và có giá trị dưới 100 đồng thì tồ xử chung thẩm.
- Về hình sự, tồ sơ thẩm chỉ có quyền xét xử các tội vi cảnh. Đối với tội tiểu hình và tội đại hình, tồ sơ thẩm khơng có quyền xét xử nhưng có nhiệm vụ điều tra, lập hồ sơ và đệ trình lên tồ án cấp trên.
* Các tồ đệ nhị cấp:
Toà đệ nhị cấp được đặt ở từng tỉnh nên thường được gọi là toà án tỉnh. Tồ án tỉnh có chánh án thực thụ (do công sứ đảm nhiệm) và chánh án dự khuyết (bố chánh hoặc án sát). Chánh án thực thụ - cơng sứ Pháp kiểm sốt hoạt động của toà án và chỉ ngồi ghế chánh án để xét xử những vụ án quan trọng hoặc các vụ án chính trị. Các án khác do chánh án dự khuyết - Bố chánh hay án sát xét xử. Ngoài ra, ở tồ cịn có dự thẩm, lục sự, phụ thẩm giúp việc cho chánh án.
Thẩm quyền của toà đệ nhị cấp bao gồm:
- Về dân sự và thương sự, tồ án tỉnh có quyền chung thẩm các vụ kiện mà toà sơ thẩm đã xử nhưng bị chống án, xử sơ thẩm chủ yếu đối với các vụ kiện có động sản giá trị trên 300 đồng hoặc bất động sản có trị giá trên 100 đồng, đối với các vụ kiện về người (xem phần Bộ dân luật Bắc Kì).
- Về hình sự, tồ án tỉnh chung thẩm việc kháng cáo bản án mà toà sơ thẩm đã xử, xử sơ thẩm tội tiểu hình và đại hình.
* Toà đệ tam cấp:
Tồ đệ tam cấp cịn được gọi là tồ thượng thẩm hoặc viện kháng tố. Cả Bắc Kì chỉ có một tồ đệ tam cấp đặt ở
Hà Nội cùng trụ sở của toà thượng thẩm Pháp.
Toà đệ tam cấp gồm có chánh án do chánh nhất hoặc chánh án phịng của tồ thượng thẩm Pháp đảm nhiệm, một thẩm phán người Pháp và một quan lại người Việt ngồi ghế phụ thẩm. Như vậy, thực chất toà đệ tam cấp chỉ như là một phịng của tồ thượng thẩm Pháp tại Hà Nội.
Tồ đệ tam cấp có những thẩm quyền sau:
- Xử phúc thẩm các bản án sơ thẩm (dân sự, thương sự, hình sự) mà tồ đệ nhị cấp đã xử sơ thẩm nhưng bị chống án;
- Xét xử những vụ án mà các toà án cấp dưới đã xử chung thẩm nhưng đương sự làm đơn xin tiêu án và toà đệ tam cấp xét thấy toà án cấp dưới đã xử sai.
Đứng đầu tất cả các toà án Nam Triều tại Bắc Kì là viên thẩm phán người Pháp được gọi là quan Nam án thủ hiến Bắc Kì, trực thuộc Thống sứ
Bắc Kì chứ khơng phụ thuộc triều đình Huế. Hàng năm, viên Nam án thủ hiến đó phải làm tờ trình về cơng việc xét xử của các tồ án Nam Triều ở Bắc Kì gửi lên Tồn quyền Đơng Dương và có một bản sao gửi vào Viện cơ mật Huế để hoàng đế duyệt. Như vậy, quyền hành của triều đình Huế đối với các tồ án Nam Triều ở Bắc Kì chỉ cịn là hình thức.
Ở Bắc Kì tuy có 3 cấp tồ án nhưng án chỉ được xét xử tối đa là 2 lần
(sơ thẩm và phúc thẩm).