theo dự tốn:
Việc thanh tốn kinh phí NSNN trực tiếp qua hệ thống kho bạc được hầu hết các quốc gia trên thế giới áp dụng, ở nước ta thì cịn khá mới mẻ, vì hệ thống kho bạc mới được thành lập, các điều kiện trang bị kỹ thuật cịn nhiều chế. Vì vậy, việc đổi mới quy trình chi NSNN, cấp phát trực tiếp qua KBNN phải được thực hiện dần từng bước trên cơ sở nâng cao hơn nữa trình độ nghiệp vụ của cơ quan KBNN, đồng thời tổ chức có hiệu quả việc kiểm sốt trước và sau khi cấp phát.
Theo của Luật Ngân Sách năm 2002 (có hiệu lực thi hành vào năm 2004) thì chủ yếu sẽ cấp phát kinh phí theo dự tốn được duyệt, bỏ cấp phát theo hạn mức kinh phí. Vì thực tế, bản thân dự tốn đã là một hình thức hạn mức kinh phí, cấp phát như hiện nay sẽ làm phức tạp hoá vấn đề, làm cho việc cấp phát trở nên trồng chéo, khó kiểm sốt. Điều 56 Luật NSNN năm 2002 nêu rõ :"Căn cứ vào dự toán NSNN được giao và yêu cầu thực hiện nhiệm vụ, thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách quyết định chi gửi KBNN. KBNN kiểm tra tính hợp pháp của các tài liệu cần thiết theo quy định của pháp luật và thực hiện chi ngân sách khi có đủ các điều kiện quy định tại khoản 2 điều 5 của Luật này theo phương thức thanh tốn trực tiếp. Bộ trưởng Bộ Tài Chính hướng dẫn cụ thể phương thức thanh toán này phù hợp với điều kiện thực tế". Năm 2004 Luật NSNN bắt đầu được thi hành, đề nghị các ban nghành chức năng có những biện pháp cụ thể để chủ động xử lý khi cần thiết. Việc cấp phát kinh phí phải nhất thiết theo luật Ngân sách nhà nước và các văn bản thông tư hướng dẫn hiện hành.
Phải tiếp thu ý kiến của đơn vị về những khó khăn và vướng mắc dơn vị gặp phải do áp dụng luật mới, những vấn đề cịn chưa phù hợp để có thể đưa ra được phương án hợp lý giải quyết những tình trạng khó khăn do luật mới mang lại thật phù hợp